Relaties tussen personeel van het Sacred Heart ziekenhuis zijn een gevoelig onderwerp sinds Jordan's onthullingen.

Na constant geklaag over hun gebrek aan respect, zien J.D., Elliot en Turk zichzelf plotseling opgezadeld met de verantwoordelijkheid van het ziekenhuis tijdens een nachtdienst, zonder dat er een supervisor is. Gelukkig is Carla er om ze door de nacht heen te loodsen.

Dr. Kelso belooft degene die het beste presteert tijdens een medisch testmoment te belonen met een tripje naar een conferentie in Reno. J.D. weigert hier aan mee te doen, waardoor hij het respect afdwingt van Dr. Cox.

J.D. wil dat Carla zich openstelt voor hem. Wanneer ze dat eindelijk doet, verpest hij het door het te vertellen aan Turk. Elliot probeert de aandacht te treken van dr. Cox.

Elliot slaapt met een knappe dokter die ze amper kent, waardoor ze de sloerie van het ziekenhuis word. Turk heeft last van zijn rug nadat hij een operatie heeft uitgevoerd met dr. Amato, een kleine chirurg. J.D. ontdekt dat je niet meteen een goede dokter bent omdat je een witte jas draagt.

J.D.'s oudere broer is in de stad. Turk word er bij een begrafenis uitgegooid omdat hij de naam van de overleden patiënt niet weet.

Alle mannelijke dokters zijn in de zevende hemel als de knappe Julie Keaton op bezoek komt, behalve dr. Cox. Hij wil zijn patiënten helpen in plaats van aandacht krijgen van mevrouw Keaton. J.D. en Elliot discussiëren over een riskante beslissing.

Als Jordan onaangekondigd opduikt moet Cox kiezen tussen haar en zijn nieuwe liefje, Julie. Ondertussen gebruiken J.D. en Turk de voorraadkast om te slapen tussen hun extra diensten door.

Elliot heeft een zware last op haar schouders sinds ze niet meer financieel ondersteund word door haar vader. Ze zoekt een nieuw onderkomen en ze loopt de kans aangeklaagd te worden door een patiënt. Ondertussen proberen J.D. en dr. Cox beiden de beste behandeling te geven aan twee patiënten met dezelfde diagnose.

Elliot heeft nog steeds geen appartement om te wonen. J.D. denkt dat hij zijn 'mojo' kwijt is, wanneer hij op een date met het meisje van de cadeauwinkel haar niet eens mag zoenen.

Sex met J.D. heeft Elliot goed gegaan. Ze vecht tegen persoonlijke en professionele dilemma's.

Cox, Kelso en JD krijgen hun verdiende loon van respectievelijk een hypochonder, een chirurgische patiënt en Elliot, die meer wil met JD dan alleen sex...

J.D. krijgt een band met een patiënt die wacht op een harttransplantatie en ze discussiëren over de dood. Turk besluit dat het tijd is om Carla ten huwelijk te vragen, maar een kind slikt de ring door.

Turk wacht nog steeds op het antwoord van Carla. Dr. Townshend, een oude vriend van dr. Kelso, raakt bevriend met J.D. Elliot komt erachter wat de sekse van Jordan's baby is.

Elliot ontmoet een aardige man bij de bar, maar raakt in paniek als ze erachter komt dat hij ook werkt in Sacred Heart. Turk wil dolgraag met Carla trouwen, maar ze heeft nog steeds geen antwoord gegeven.

Een persoonlijk geheim over dr Cox wordt onthuld tijdens ziekenhuisbezoeken door een eigenwijze arts (Jay Mohr), die een band opbouwt met JD.

J.D. flirt met de vrouw van een patiënt dat in coma ligt. Hij voelt zich schuldig. Ondertussen kan hij het niet uitstaan om naar relatieproblemen te moeten luisteren.

Turk neemt J.D. mee naar chirurgie. J.D. zet Turk voor schut tegenover de chirurgen omdat hij niet de nerd wil zijn. Paul hoort Elliot "I love U2" zeggen en denkt dat ze zegt dat ze van hem houdt.

Jamie's man is overleden en J.D. worstelt met de ethische kwesties die betrokken zijn bij het ​​starten van een relatie met haar. Dr. Cox past op zijn zoon en ontdekt dat hij niks voelt voor de baby.

J.D. heeft een relatie met Jamie, maar ontdekt dat ze een drama queen is. Dr. Kelso wil dat dr. Cox een les geeft over hoe je je patiënten goed moet benaderen om rechtszaken te voorkomen.

Het is het einde van hun tweede jaar en alles begint te vervelen. Dr. Kelso geeft Elliot de schuld omdat hij bijna blind werd door haar, waardoor ze bijna ontslag neemt. Cox komt erachter dat hij de vader is van Jordan's kind.