Il dottor Jonathan Michael "J.D." Dorian inizia il suo primo giorno da specializzando all'ospedale Sacro Cuore. Anche per Chris Turk (detto semplicemente Turk), specializzando in chirurgia, è il primo giorno. J.D. e Turk sono migliori amici, hanno legato fin dal college. I due conoscono la dottoressa Elliot Reid, anche lei specializzanda in medicina, l'infermiera Carla Espinosa, il sarcastico medico Percival "Perry" Cox e il primario dell'ospedale, Robert "Bob" Kelso.

Fin dal primo giorno, l'ospedale spaventa il giovane J.D. che si trova ad affrontare una realtà che finora aveva solo mitizzato.

Dopo due settimane dall'inizio del tirocinio J.D. sta cominciando a prendere il ritmo giusto sul lavoro e a fare amicizia con i suoi colleghi, arrivando perfino ad ospitare Elliot a casa sua. Turk pensa subito che l'intenzione di J.D. sia quella di provarci con la bella dottoressa, ma J.D. smentisce la cosa, anche se con un po' di incertezza.

Nel frattempo continua l'antipatia tra Elliot e l'infermiera Carla. Elliot ha infatti fatto la spia con il primario Kelso sul fatto che Carla si sia dimenticata di prendere le consegne di un paziente, attirandosi l'astio di Carla e delle altre infermiere.

J.D. prende in cura un paziente di 31 anni, Will Forte, affetto da polmonite multilobare, una situazione grave per una persona della sua età. La malattia è provocata dal vizio del fumo di Will, che in una giornata arriva a fumare due o tre pacchetti di sigarette. I medici fanno al paziente una tac ad alta risoluzione per cercare un eventuale cancro ai polmoni.

Poco dopo Turk fa notare a Carla i suoi interessi verso di lei, anche se questi non sono corrisposti. Elliot cerca di far finta che il litigio con Carla non abbia mai avuto luogo, ma le infermiere la trattano male e la dottoressa prova a difendersi chiedendo l'aiuto del dottor Kelso. Lui non è però intenzionato a prendere le sue difese e anzi le dice che, anche se ha apprezzato il fatto che lei abbia fatto la spia, dovrà pagarne da sola le conseguenze. Tuttavia poco dopo Elliot, su consiglio di J.D., chiede scusa a Carla e le due si riappacificano.

Dopo, il dottor Kelso elogia Elliot per una diagnosi, ma lei passa il merito a Carla, dichiarandogli che è stata lei ad avere l'intuizione.

J.D. crede che Turk abbia commesso un errore nell'operare un paziente che è poi passato sotto le sue cure. Dopo aver notato i continui peggioramenti del paziente, pensa subito ad una possibile infezione causata dall'intervento chirurgico del suo amico. Intanto un tentativo di bacio con Elliot andato male lo spinge a cercare di fare tutto il possibile per non rischiare di essere relegato nella friend zone. Elliot invece ha una discussione con il dottor Kelso per via dell'appellativo che lui usa verso le giovani dottoresse e che la infastidisce. J.D., distratto da Elliot e convinto dell'errore di Turk, si renderà conto solo grazie a Carla che in realtà l'errore è stato suo e che il paziente è salvo proprio grazie all'attenzione del suo amico Turk.

J.D. prende in cura un'anziana donna con un'insufficienza renale, Turk segue un ragazzo che deve farsi togliere un'ernia ed Elliot ha in cura una donna affetta da lupus che è arrivata in ospedale dopo un attacco d'asma. Tutti e tre finiscono per legare con i propri pazienti. J.D., quando la donna esce dall'ospedale per andare al compleanno della nipote al parco, va a cercarla e resta con lei e con la sua famiglia per poi farla tornare in ospedale. Turk per la prima volta fa amicizia con un suo paziente, guarda insieme a lui una partita in TV e gioca con lui per i corridoi dell'ospedale. Elliot si fa aiutare da Carla a comunicare con la paziente e spiegarle come sta procedendo la sua malattia, poiché la paziente parla solo lo spagnolo. Le condizioni di tutti e tre i pazienti però peggiorano e i medici sono costretti a dar loro brutte notizie: l'anziana signora deve iniziare la dialisi, durante l'operazione per la rimozione dell'ernia del ragazzo i chirurghi scoprono un linfoma e la paziente di Elliot peggiora. I tre medici sono sconvolti quando i tre pazienti vengono a mancare. L'anziana signora rinuncia alla dialisi, decidendo di andarsene in maniera naturale. Gli altri due pazienti si spengono in seguito a complicazioni. Tutti e tre si sentono in colpa e pensano di aver sbagliato qualcosa, ma i loro superiori li rassicurano dicendo loro che hanno svolto correttamente tutto il loro dovere.

Elliot ha in cura un ragazzino tredicenne che non è affatto entusiasta del fatto che il padre gli abbia organizzato una visita di The Rock, al contrario desidererebbe vedere i seni di una bella ragazza. J.D. si accorge che è stato prescritto un cateterismo a un paziente ormai deceduto e lo riferisce al dottor Kelso. Poco dopo scopre dal dottor Cox che in realtà quel cateterismo doveva essere eseguito ad un signora senza assicurazione sanitaria e che in questo modo le spese avrebbero potuto essere coperte. Elliot intanto esaudisce il desiderio del ragazzino, che si riprende improvvisamente e viene dimesso, e comincia così a pensare che i suoi seni abbiano un effetto curativo. Turk regala una penna a Carla presa da quella che crede essere la cassetta degli oggetti smarriti, per poi scoprire di averla presa dalla cassetta degli oggetti sfilati dal sedere dei pazienti. Il dottor Kelso invita J.D. a giocare a golf e lui accetta. Sul campo scopre che anche Cox gioca con Kelso ogni settimana, nonostante dica di odiarlo. J.D. si ritrova a dover decidere da che parte stare: da quella di Cox, aiutando i pazienti anche a rischio di andare contro il regolamento, o da quella di Kelso, che pensa solo al lato economico per portare avanti l'ospedale. Decide infine di stare con il dottor Cox, che viene tuttavia sospeso da Kelso, venuto a sapere che il cateterismo alla paziente è stato eseguito nonostante l'assenza di copertura assicurativa.

Kelso affida a J.D. per delle analisi una paziente, Jordan Sullivan, che è un importante membro del consiglio d'amministrazione dell'ospedale. J.D. ci finisce a letto per poi scoprire che lei è l'ex moglie del dottor Cox. Nel frattempo Turk è alle prese con la madre di Carla, che si infuria dopo aver scoperto che lui e la figlia hanno passato la notte assieme a casa di lei, che non vuole lasciare sola la madre di salute cagionevole. Quando invece Turk e Carla dormono da lui, la madre di Carla si rompe una gamba e Carla si arrabbia con Turk ritenendolo il responsabile. Elliot invece ha un paziente analista che non può parlare e si sfoga con lui parlandogli dei suoi problemi. Cox si rifiuta di chiedere l'aiuto di Jordan nella riunione che deciderà della sua sospensione e così è J.D. a farlo al posto suo. Sebbene in un primo momento Jordan sembri rifiutare, alla fine decide di aiutare l'ex marito, che riesce a mantenere il posto di lavoro.

J.D. inizia a prendere confidenza con il mestiere, riesce a rispondere sempre prontamente a tutte le domande del dottor Kelso durante il giro visite e si sente il re. Un altro specializzando, Nick Murdoch, buono, gentile e molto capace, inizia tuttavia a rubargli la scena: il dottor Cox lo sceglie come suo assistente per una relazione, Elliot lo invita a uscire e il dottor Kelso ha per lui attenzioni particolari. J.D. soffre moltissimo per la situazione, ma quando finalmente riconosce la superiorità di Nick le cose iniziano a mettersi male per quest'ultimo. Le condizioni di salute di un paziente di sette anni in cura a Nick non migliorano e, quando lui si rende conto che il bambino è destinato a morire, non riesce a sopportare il senso di oppressione e decide di lasciare l'ospedale. Intanto Turk è soggetto ad un blocco psicologico che gli impedisce di operare i pazienti. Carla si lamenta con Cox perché il suo ragazzo non è in grado di aprirsi con lei e di parlarle dei suoi problemi. Cox convince però Carla ad aiutare il suo ragazzo e Turk risolve il suo problema grazie al suo sostegno.

J.D. e Turk salvano un operatore televisivo che ha un malore improvviso di fronte alle telecamere e ottengono una notevole pubblicità. Kelso convince J.D. a dargli l'autorizzazione per usare la loro immagine per fare pubblicità all'ospedale. Sfrutta poi la situazione per promuovere l'ospedale puntando sulla solidarietà razziale. Turk tuttavia si sente offeso dalla campagna, si arrabbia con J.D. e minaccia Kelso di denunciarlo. Durante una chiacchierata tra Carla ed Elliott, J.D. suggerisce a Carla di invitare anche Elliot all'uscita che aveva in programma con un'amica. Carla non è per nulla contenta, così mente ad Elliot dicendole di avere un impegno e finge che la serata sia rimandata. La stessa sera però le due si incontrano in un locale ed Elliot rimane molto offesa. Carla chiede poi scusa ad Elliot e le due si riappacificano, così come J.D. e Turk. Kelso invece fa ritirare tutti i manifesti pubblicitari per evitare la denuncia di Turk, dopo che l'avvocato Ted, consulente dell'ospedale, lo informa dei rischi.

È la settimana del Giorno del ringraziamento e J.D. ha un forte dolore dalle parti della milza. Si trova quindi in ospedale, questa volta come paziente, dove gli viene prescritta un'appendicectomia. J.D. ha così l'occasione di vedere per un giorno cosa si prova a essere un paziente invece che un medico. Elliot lo visita e J.D. si lamenta delle sue maniere. Lei si offende e si fa dire la verità da tutti gli altri suoi pazienti, che la ritengono brava ma molto manesca. J.D. inoltre scopre che deve essere Turk ad operarlo, ma non vuole che sia lui. Quella notte J.D. si sveglia di soprassalto con la febbre alta e così i medici decidono di operarlo subito. Il chirurgo di turno che effettua l'operazione è Turk. Al mattino dopo J.D. si sveglia e capisce di aver sbagliato quando pensava di non voler essere operato da Turk. Elliot intanto ha imparato che deve essere più delicata e gentile con i pazienti.

Kelso ha un'abitudine: ogni giorno alle 12.30 va a sedersi sulla panchina di fronte all'ospedale e si rilassa mentre mangia il suo pranzo. Questa routine che va avanti da anni viene interrotta da Turk che, casualmente, scopre che la panchina ha un effetto rilassante. Kelso cerca allora di intimidirlo per avere la panchina tutta per sé, ma senza riuscirci. J.D. intanto subisce una ramanzina dal dottor Cox. Carla allora lo difende e per questo il dottor Cox lo mette in ridicolo di fronte agli altri perché non sa difendersi da solo. Così quando Carla lo chiama Bambi, il solito soprannome che lei utilizza, J.D. si arrabbia con lei e le dice di non chiamarlo più con quel soprannome e di trattarlo come un dottore. Intanto l'Inserviente sta cercando di inventare un soprannome per far irritare J.D. e comincia a chiamarlo Golosino. Turk non demorde e riesce a far capire a Kelso che non mollerà facilmente. J.D., più tardi, va a scusarsi con Carla per quello che le ha detto, lei sembra capire e accettare le scuse, ma poi si capisce che non è così e che è invece profondamente offesa. J.D. pensa che alla fine il suo soprannome rimarrà per sempre Bambi, ma proprio in quel momento il dottor Cox arriva e lo saluta chiamandolo Golosino. Lì vicino J.D. vede l'Inserviente esultare per la vittoria ottenuta.

È arrivato il Natale e l'ospedale del Sacro Cuore è tutto addobbato a festa. Il dottor Cox affida a J.D. il compito di registrare su una videocassetta il parto di una coppia di suoi amici. J.D. lo riprende con una videocamera, per poi accorgersi di non aver registrato nulla sulla videocassetta. Cox, dapprima arrabbiato, accetta poi di mentire sul fatto della registrazione ai neo genitori. Elliot intanto ha in cura una giovane ragazza incinta, che è però scappata dall'ospedale. Turk è l'unico ad essere speranzoso sul Natale, dato che è credente e ha sempre avuto una grande fede, che tuttavia viene ben presto fatta vacillare. In ospedale vede molta gente che soffre, così comincia a sentirsi scoraggiato e a dubitare della propria fede. Venuto al corrente della scomparsa della paziente di Elliot, Turk ha però un'illuminazione su dove possa essere fuggita, si dirige quindi sotto l'albero di Natale nel parco della città e riesce a trovarla. Anche J.D., Carla ed Elliot giungono lì assieme ai soccorsi e il bambino della ragazza nasce sul posto.

Alex, un'assistente sociale, scivola sul pavimento bagnato dell'ospedale e batte la testa, viene quindi ricoverata per una commozione cerebrale e le viene fatta una TAC. Kelso affida a J.D. il compito di assisterla. Mentre lei è all'interno della macchina però questa si guasta e lei non può più uscire finché non sarà riparata. J.D. inizia quindi a fare la sua conoscenza, senza poterla vedere. Elliot intanto è preoccupata e arrabbiata con il dottor Cox perché la prende sempre in giro e non le dà fiducia. Turk invece non parla con Carla. Turk ed Elliot vanno a chiedere aiuto a J.D., che dice al primo di andare a parlare con Carla e alla seconda di non aver paura di affrontare il dottor Cox. Turk e Carla parlano e si chiariscono. Elliot cerca assieme a Cox di rianimare un paziente in arresto cardiaco, che però muore. Allora Cox, che nel frattempo ha cominciato a darle fiducia, le dice che non sempre si può vincere. Alla fine della giornata J.D. rientra nella stanza della TAC dove è rimasta Alex. Il macchinario è stato riparato, ma lui lo blocca e prima di riuscire a vederla in volto le chiede di uscire con lui a cena. Lei accetta.

Alex esce dalla TAC dov'era rimasta bloccata e vede J.D. per la prima volta. Lei non è affatto brutta come lui temeva e i due escono assieme a cena fuori. Il dottor Kelso ordina al dottor Cox di fare il giro visite con gli specializzandi al posto suo. A differenza di Kelso lui non rimprovera gli specializzandi quando non riescono a rispondere alle domande e confida loro che Kelso non può punirli se sono impreparati. Intanto Turk e Carla, dopo essersi confidati il loro amore, hanno un rapporto ma non riescono a concluderlo. J.D. ha un paziente con degli strani sintomi a cui non riesce associare nessuna malattia. Passa l'intera giornata a cercare sui libri e salta persino l'appuntamento con Alex per occuparsene, così lei lo lascia. Gli specializzandi invece ora non hanno più paura di Kelso, questo affida quindi i giri visite a Cox, che però fa in modo che le cose tornino presto alla normalità. Carla e Turk riescono poi a risolvere il loro problema, mentre J.D. riesce a riconquistare Alex.

All'ospedale viene ricoverato il signor Burns, un ex-tossicodipendente, e i medici decidono di non somministrargli farmaci che potrebbero farlo ricadere nella dipendenza. Nel frattempo Carla perde l'autobus e ottiene un passaggio verso l'ospedale dal dottor Kelso. L'infermiera, trascorrendo del tempo con lui, inizia a scoprire il suo lato più gentile. Intanto Turk, su ordine di Carla, cerca di socializzare con il dottor Cox e continua a incontrarlo al gabinetto. Poco dopo all'ospedale spariscono dei narcotici e tutti sospettano di Burns dati i suoi precedenti, eccetto Alex che lo difende dai sospetti di Elliot. Anche J.D. prende le sue difese, soprattutto per fare buona figura con Alex come suggerito da Turk, ma Elliot si offende con lui per avere preferito la sua nuova ragazza. Il giorno dopo Turk capisce che Cox è ancora innamorato di Carla ma decide di non dirle niente. Tornati a casa, J.D. sta per andare a letto con Alex ma scopre nella sua borsa i narcotici rubati. I due ne parlano, ma da quel giorno non si sentiranno più. J.D. decide poi di scusarsi con Elliot e lei gli dichiara il suo amore.

Elliot e J.D., dopo aver passato insieme la notte, sono imbarazzati ma poi passano insieme l'intera giornata a letto. I due decidono di non dire nulla circa la loro relazione ai colleghi ma tutti se ne accorgono. Lo staff dell'ospedale parla con uno psicologo, e così si conoscono le ragioni di alcuni comportamenti dei protagonisti. Alla fine J.D. e Elliot capiscono di non essere adatti come coppia e si lasciano. Alla fine dell'episodio si vede un dialogo avvenuto dopo il loro primo giorno di coppia, in cui J.D. si dice sicuro del fatto che la loro relazione andrà bene.

J.D. e Elliot, avendo appena rotto, non vogliono passare del tempo insieme, perciò Turk chiede a quest'ultima di aiutarlo in una ricerca. Elliot però si arrabbia quando le viene riferito da Todd che in realtà tutti i chirurghi hanno scelto un secchione di medicina che facesse i loro progetti. Nel frattempo il Dr. Cox sembra essere uscito fuori di testa: distrugge un laboratorio, e nessuno sembra riuscire a compatirlo, tranne J.D. Una sera il Dottore lo prende alla sprovvista e lo porta con lui in un bar, ubriacandosi, fino alle 2 di notte. Il giorno dopo sembra però che egli faccia come se non fosse successo nulla, e J.D. lo rimprovera del fatto che lui non "gestisce i problemi come farebbe una persona normale". Ma il Dr. Cox lo fa riflettere sul fatto che lui riesce a esprimere le proprie emozioni, al contrario dell'assistente.

Nel frattempo Carla deve assistere un paziente in coma, e cerca di rispettare le sue volontà: ascoltare una canzone dei Poison ogni giorno. Kelso, però, è contrario a ciò. Inoltre al suo diretto parente non interessa altro se non i soldi. Nonostante tutto, però, Carla si farà aiutare da Ted (che nel frattempo si infatua di lei per la gentilezza nei suoi confronti) per riuscire a compiere le sue volontà.

Alla fine, Turk confessa ad Elliot che le ha chiesto aiuto per la ricerca solamente per far migliorare i rapporti tra lei ed il suo migliore amico. Alla fine i due si riappacificano, e il giorno dopo, insieme a Turk e Carla, buttano cose dal tetto, come Letterman.

J.D., Turk ed Elliot arrivano al punto in cui anche loro saranno degli insegnanti per i nuovi arrivati. A J.D tocca Josh, un ragazzo strambo con cui il ragazzo non si trova a suo agio; a Elliot un maschilista e arrogante ragazzo di nome Philipp il cui padre è il proprietario dell'ospedale, e a Turk Christine, una ragazza bella e dal carattere forte. Cox si infatua di Christine e Turk lo aiuta a conquistarla, ma lui le rivela che la usa solo per dimenticare Carla. Christina però accetta comunque di andare a letto con lui. J.D si sfoga con il suo studente, dicendogli che non è portato per fare il medico, ma vedendo che il giorno dopo se ne sta per andare, lo convince a restare e a continuare a credere di potercela fare. Kelso parla con Elliot per dirle che deve farsi rispettare da Philipp, nonostante il lavoro di suo padre.

Turk ed Elliot hanno finito la loro relazione sulle arteriopatie periferiche, e adesso devono solo esporla in pubblico, e sono molto turbati poiché dovranno arrivare i loro genitori. Ironicamente, quando J.D. telefona a suo padre e gli comunica che arriveranno i genitori dei suoi amici per assistere alla loro esposizione, decide anch'egli di andare a trovare suo figlio. Si viene a sapere che i genitori di J.D. si sono separati quando aveva 7 anni, e che con suo padre ha un rapporto "particolare". Successivamente arrivano anche i genitori di Elliot e di Turk: il padre di Elliot è il primario di un ospedale, ed è per questo che quando il Dr. Kelso lo viene a sapere, si creeranno delle ostilità, che si ripercuoteranno su Elliot: e nonostante egli la punti come obiettivo per farla sbagliare su domande riguardanti il campo medico, lei risponde sempre correttamente, rendendo fiero suo padre. Successivamente si chiederà se è diventata medico per sua scelta o per volere dei suoi genitori, ma arriverà la conferma della prima ipotesi, quando un paziente le vomiterà addosso e, nonostante l'accaduto, lei continua ad avere sorriso.

Turk è molto competitivo, e per ogni cosa realizza una sfida con J.D. e in ognuna il chirurgo vince. All'ospedale, Turk convince (anche con l'aiuto dell'inserviente) un paziente di Dorian a sottoporsi ad un intervento chirurgico al posto di farsi curare con le cure prescritte da J.D. Questo gesto fa arrabbiare quest'ultimo che, sta volta, è veramente intenzionato a non farlo vincere. J.D. chiede aiuto a a Cox, senza risultati. Inoltre Turk convince altri pazienti a sottoporsi a interventi chirurgici. Questo fa molto arrabbiare J.D. Alla fine l'amico ammette di essere competitivo, ma dice anche alle volte è positivo esserlo, perché bisogna credere in propri stessi. Turk e Dorian si rappacificano.

Nel frattempo Cox si arrabbia con Kelso perché ha licenziato due valide infermiere, e per questo motivo quest'ultimo ne licenzia un'altra. Affinché facesse tornare l'ultima infermiera licenziata senza motivo, il Dr. Cox è costretto a chiedere scusa a Kelso davanti a molti assistenti. Successivamente Kelso si prenderà il merito di aver riassunto l'infermiera, ma nonostante ciò Cox è comunque felice di aver fatto la cosa giusta.

Durante un prelievo di sangue ad un paziente con Epatite B, per sbaglio la siringa vola e va a finire nel braccio di J.D. Quest'ultimo è spaventato, e quattro pazienti (che per professione sono medici) lo fanno spaventare ancora di più. Successivamente dovrà occuparsi di un paziente con Meningococco, ed è intimorito dal contagio. Ma successivamente affronterà questa paura.

Turk sembra aver messo su qualche chilo, e Dorian e Carla lo prendono un po' in giro per questo fatto. Allora lui decide di farsi aiutare dal Dr. Cox, che sembra essere sempre in forma. Turk si allenerà sempre con lui (seguito a ruota da Todd), ma Carla si sentirà trascurata. Turk capisce allora che Cox è sempre in forma poiché non ha nessuno con cui passare del tempo, e piuttosto che allenarsi per ritornare in forma, decide di trascorrere più tempo con la sua ragazza.

Elliot intanto esce con Sean, ed ogni giorno è molto stanca al lavoro, poiché esce fino a sera tarda ed ha rapporti sessuali. Qualche giorno dopo, di sera, mentre lui la aspetta all'uscita dell'ospedale, lei arriva, e per sbaglio gli accenna al fatto che non è pronta ad impegnarsi. Lei dovrà fare tardi in ospedale, ma lui cerca comunque di aspettarla Quando esce alla fine del suo turno, egli se n'è andato. Finisce così la storia tra Elliot e Sean.

Dopo essersi bucato la mano con una sparachiodi arriva all'ospedale Ben, fratello di Jordan e grande amico di Perry. Intanto, mentre sia Elliot che Turk commettono degli errori dovuti a degli scambi fortuiti di cartelle, la mano di Ben non smette di sanguinare e degli esami consigliati da J.D. rivelano che la causa della continua emorragia è la leucemia.

Ben, fratello di Jordan, si sottopone alla chemioterapia per combattere la leucemia ma Cox non assiste alla prima seduta poiché ha paura per la sorte del suo amico. Fortunatamente il tumore di Ben regredisce ma J.D., che ha sempre visto Cox come un eroe, lo vede per la prima volta come una persona vera anche se per lui resterà sempre il "suo eroe".

Dopo aver passato un anno all'ospedale Jd, Turk e Elliot capiscono di non essere più emozionati dal loro lavoro e decidono quindi di curare un loro paziente in modo rischioso. Intanto, dopo che Cox la aveva criticata per la sua prevedibilità, Jordan rivela a tutti i protagonisti dei segreti imbarazzanti che si tenevano nascosti l'un l'altro.