Elliot vuole essere solo amica di JD, che si finge d'accordo pur essendone ancora innamorato. Elliot non fa che ostentare la loro nuova "amicizia" così JD per farla ingelosire esce nuovamente con la ragazza dello spaccio, piantando Elliot in asso nel momento del bisogno (le avevano rubato il furgone con dentro tutto ciò che possedeva). JD chiede scusa e le cose sembrano sistemarsi, ma alla fine capisce che Elliot per non sembrare vulnerabile stava portandosi dietro un pesante fardello. Allora non va all'appuntamento con la ragazza dello spaccio ma va a trovare Elliot, come amico (anche se a malincuore). Nel frattempo Cox e Carla si occupano del signor Corman, un uomo che si presenta molto frequentemente all'ospedale convinto di avere malattie esotiche e rarissime. Cox decide di strapazzarlo un po' con inutili controlli molto dolorosi, ma questo lo porta a scoprire che il paziente ha un rara forma di cancro. Cox chiede a Carla perché gli avesse impedito di fare le analisi inutili a Corman, dato che lei è l'unica che riesce a rimettere in riga il dottor Cox. Entrambi scoprono che la loro amicizia non è più affiatata e trovano un po' di tempo da dedicarsi. Intanto Turk e Kelso si occupano di un'anziana signora appena operata al cervello a cui Turk deve far ritirare la patente. Lui non lo fa, disobbedendo a Kelso, ma la sua paziente perde il controllo della macchina e per un pelo non investe Turk e Kelso, andando poi a schiantarsi contro la macchina del primario, da lui molto amata. Kelso allora impartisce una lezione a Turk: tutti i pazienti mentono.

In ospedale è tornata Elaine, in lista per il trapianto di cuore da molto tempo, tanto che lei e JD sono diventati amici. JD si occupa con il Dr. Cox anche di una donna incinta con un problema di cuore dovuto alla gravidanza. Quando il marito dovrà scegliere se far nascere pericolosamente presto il bambino per salvare la moglie, JD lo aiuterà nella scelta. Intanto Turk è deciso a chiedere a Carla di sposarlo. Ma la stessa sera Carla riceve la telefonata di sua madre, che le dice che è morta sua zia. Carla deve partire per 5 giorni per Chicago e Turk non trova il modo di fargli la grande proposta (anche perché l'anello viene mangiato da un bambino dell'ospedale, Ralphie). Prima che parta, senza anello, Turk glielo chiede lo stesso. Carla risponde che lo ama ma che ci deve riflettere. Nel frattempo Elliot combatte contro Kelso per avere due spogliatoi separati invece di uno misto. Grazie ai consigli legali di Ted ed al sostegno di tutte le donne dell'ospedale, Kelso cede. Alla fine la filosofia di JD (in ospedale per ogni persona che muore una continua a vivere, mantenendo l'equilibrio) si dimostra esatta: madre e figlio sopravvivono, ma Elaine va in arresto cardiaco e muore.

J.D., Turk e Elliot sono alle prese con un gruppo di specializzandi. Elliot cerca di difenderne uno dagli stessi soprusi che il dott. Kelso riservava a lei tre anni prima. Sean capisce che J.D. è ancora innamorato di Elliot, ma non lo considera una vera minaccia e non se la prende. Il dottor Cox ingaggia una battaglia con un pediatra del suo stesso ospedale quando il piccolo Jack contrae il raffreddore.

Elliott fa una visita ginecologica a una paziente facendola godere, Elliott si rende conto che il sesso la imbarazza e i colleghi la prenderanno in giro per tutta la giornata; le cose tra Cox e la moglie non vanno bene ma a fine puntata affideranno il figlio a J.D. E avranno rapporti sessuali, dimenticandosi dei loro problemi per qualche istante; Carla decide di non avere un rapporto sessuale con Turk per i restanti sei mesi prima del loro matrimonio, Turk la prende malissimo; per tutta la puntata si mette in evidenza il fatto che Carla sia una saputella che si fa sempre gli affari degli altri, i colleghi le evidenziano il fatto che è impossibile prenderla in giro per via del suo carattere; alla fine, proprio quando Turk accetta di non avere un rapporto sessuale con lei fino al matrimonio, lei cambia repentinamente idea, facendo felice Turk; Elliott alla fine cerca di superare l'imbarazzo riguardo al sesso; per tutta la puntata J.D. Si rende conto che l'inserviente non sa più come offenderlo, quindi prende di mira Turk.

Cox ha iniziato a vedersi con uno psicologo e riflette sul fatto che sta diventando più buono; J.D. Continua a pensare a come lasciare la sua ragazza, un giorno glielo sta per dire al telefono ma chiude la comunicazione (almeno, crede di chiudere la comunicazione, infatti a fine puntata si scopre che l'ha lasciata aperta) per interessarsi subito ai problemi di Elliott, la quale teme che la prendano in giro per il suo look. A fine puntata si scopre che quello con cui stava parlando Cox non era uno psicologo, ma non era altri che suo figlio piccolo; a un certo punto la moglie di Cox viene a dire a J,D, che la sua ragazza l'ha lasciato, a quel punto J.D. Improvvisamente si comporta come se gli dispiacesse, vuole sapere a tutti i costi perché lo ha lasciato... A fine puntata si scopre appunto che la comunicazione fu rimasta aperta mentre J,D. Si interessava ai problemi di Elliott, al che la ragazza capisce che J.D. È ancora innamorato di Elliott, così lo lascia definitivamente... J.D. È contento ma finge di essere deluso.

Jack, il figlio di Cox, sta per compiere un anno e, per celebrare il suo primo compleanno, Jordan invita tutta la sua famiglia, compreso Ben, suo fratello malato di leucemia e migliore amico di Cox che negli ultimi due anni ha saltato i controlli sulla sua malattia. I due infatti stanno tutto il giorno a parlare. Turk intanto è arrabbiato con Carla perché quest'ultima non vuole prendere il suo cognome dopo il matrimonio. Elliot invece ha un problema al piede e vorrebbe sottoporsi ad un'operazione chirurgica. Carla per sbaglio dice a Turk di odiare il suo neo sotto il naso ed entrambi fanno un patto: se Turk si farà rimuovere il neo, Carla prenderà il cognome del marito. Turk comunque non vuole sottoporsi all'intervento ma alla fine cede alla volontà di Carla. Quest'ultima per tutto il tempo ha parlato a Kelso di questa situazione malgrado quest'ultimo ribadisse di non volerla ascoltare. In un inatteso momento di empatia e dolcezza, Kelso le fa capire che anche il più insopportabile difetto della persona che ama potrebbe mancarle terribilmente nel momento in cui venisse a mancare. Carla si rende conto di non volere che suo marito si faccia togliere il neo e poco dopo gli dà un bacio proprio su di esso, per fargli capire che non le dà più fastidio. Al suo posto si fa operare Elliot al piede. È pomeriggio e sembra che Cox stia andando al compleanno del figlio, quando J.D. lo fa ragionare e questi capisce di non essere al compleanno ma al funerale di Ben, in realtà morto poco dopo averlo visto quella mattina (Cox ha parlato tutto il tempo da solo immaginando che lui fosse ancora vivo). Tutto il Sacro Cuore è presente al funerale.

J.D. e Neena ora sono fidanzati e Turk non è felice della cosa, dato che Neena è l'avvocato che ha assunto un suo paziente per farlo licenziare. Turk dice quindi a J.D. che deve lasciare Neena e J.D. pensa tutto il giorno sul modo in cui farlo. Intanto in ospedale è arrivato uno dei più ricchi uomini del paese, il signor Summers, che vuole fare una donazione consistente all'ospedale. Il suo medico curante è Elliot e quando va a visitarlo questo vuole vedere il suo medico, credendo che Elliot sia solo un'infermiera. Questa allora per continuare a visitarlo senza intoppi chiede all'Inserviente se può impersonare il Dr. Elliot Reid davanti a Summers. Nel frattempo J.D., Neena, Turk, Carla, Kelso e Ted sono in sala congresso per la sentenza giudiziaria. Ted sviene dalla tensione e Carla scopre che l'unico motivo per cui il signor Corman ha denunciato Turk è per fare quattro chiacchiere con qualcuno. Carla quindi spaventa Harvey e questo ritira la denuncia. Jordan intanto è tornata in ospedale e J.D. le chiede se può lasciare Neena al posto suo. Jordan spaventa Neena al punto che questa se ne va dall'ospedale. Alla fine Elliot dice a Summers che era lei il vero dr. Reid davanti al Dr. Cox, per fargli capire che non è più la giovane insicura di un tempo.

Durante un pranzo, J.D. chiede a tutto lo staff del Sacro Cuore di dire il loro momento migliore che abbiano mai vissuto. Tutti se ne vanno per non voler dirlo. Pian piano vengono fatti vedere tutti i momenti migliori di ognuno e si capisce che sono tutte cose banali e senza una vera importanza. All'ospedale arriva un uomo con il figlio di 10 anni. L'uomo sta bene e J.D. gli promette che uscirà di lì entro Natale, ovvero entro 2 giorni. Il Dr. Cox gli fa subito capire che non può fare promesse, e infatti l'uomo sviene e va in arresto cardiaco. Il figlio viene portato in giro per l'ospedale da Elliot. Turk intanto è sotto pressione perché in questi periodi le famiglie dei pazienti possono assistere alle operazioni chirurgiche e Turk non sopporta di essere fissato. Come se non bastasse, l'uomo in cura da J.D. non ha l'assicurazione sanitaria e Kelso dice che appena si sarà stabilizzato lo dovranno lasciare fuori dall'ospedale. Nessuno capisce ancora cos'abbia il signor Milligan, il paziente di J.D. Quest'ultimo allora ripassa tutti i libri e scopre la cura senza bisogno di nessuno e cura il paziente. Cox rimane positivamente impressionato da questo. Il ragazzo intanto ha incontrato Kelso e i due si sono messi a chiacchierare, tanto che lo stesso Kelso lo ha preso in simpatia e ha deciso di pagare lui stesso l'assicurazione al padre. Alla fine arriva Natale e Milligan e il figlio escono dall'ospedale, in modo che J.D. mantenga la promessa. Inoltre ogni persona dello staff ora ha cambiato il suo momento migliore. Tutti hanno aiutato il signor Milligan e tutti sono felici di averlo fatto. Ogni loro momento migliore nuovo è quindi collegato a lui. Di J.D. quello di averlo curato da solo e di aver mantenuto una promessa, di Cox quello di aver visto J.D. farlo senza aiuto, di Kelso quello di aver aiutato un bisognoso, per Carla è essere stata ascoltata in un parere medico dagli altri, per Turk di aver operato Milligan e per Elliot quello di aver aiutato il ragazzo a superare lo stress.

In ospedale arrivano due irlandesi, uno dei due ferito e svenuto e il secondo sostiene di essere il fratello (interpretato dalla guest star Colin Farrell) Billy. Questo riesce ben presto a farsi amare da tutte le donne dall'ospedale grazie alla sua simpatia e al suo fascino, e in una conversazione con J.D. e Turk gli consiglia di godersi la vita, viaggiare, parlare a sconosciuti. Intanto Elliot e Carla finiscono per litigare perché entrambe inventano una scusa per evitare una serata da passare insieme, mentre il Dr.Cox si sottopone a una vasectomia senza dirlo a Jordan, che verrà messa al corrente da Kelso, ma non ne darà peso. Billy confessa che in realtà il paziente di Turk e J.D. non è suo fratello, ma l'uomo che egli ha colpito nella rissa la sera precedente. Turk e J.D. non sanno se denunciare il fatto, ma alla fine decidono di farlo. La polizia arriva al Sacro Cuore e arresta Billy. Ma il giorno dopo, ugualmente, Billy torna in ospedale per stare vicino all'uomo da lui colpito. Quando però il paziente si risveglia, Billy va via e dice a J.D. e Turk che non serba rancore, ma che comunque anziché chiamare la polizia sarebbero dovuti andare a parlare direttamente con lui. Elliot e Carla finiranno per fare pace, e Cox, che aveva subito la ripicca di Jordan che aveva iscritto Jack a danza, finirà prima per "ripristinare" tutto e poi per ri-sottoporsi alla vasectomia dopo aver chiarito i problemi con Jordan. Tutta la puntata è arricchita da Jerry, un paziente sofferente di una sindrome per la quale si crede un morto che cammina.

La relazione tra J.D. e Julie comincia a diventare instabile per un motivo: Julie non ride mai ed al posto delle risate dice: "quant'è divertente", cosa che J.D. detesta. Turk ed Elliot aiutano J.D. a non perdere Julie per motivi stupidi e lo incoraggiano a presentare Julie alle persone a cui lui tiene. J.D. accetta e presenta Julie al dottor Cox, a Turk, ad Elliot e a Carla. Carla, Elliot, Julie e Jordan vanno al bar e dopo aver bevuto diversi bicchieri di super alcolici diventano grandi amiche. Carla nonostante l'allegria, continua a pensare alle difficoltà che ci saranno quando diventerà madre ed è seriamente spaventata dal futuro. J.D. e Julie, comunque, rompono il fidanzamento per un motivo: Julie non vuole avere figli e non vuole sposarsi, cosa che invece J.D. desidera. J.D. si sente ora molto solo, ma grazie ad Elliot la solitudine comincia a diminuire.

Brian Dancer, il soldato ricoverato, viene dimesso dalla clinica del Sacro Cuore ma poco dopo viene ritrovato svenuto nel suo letto, facendo credere ai medici che abbia provato a suicidarsi. Una volta sveglio si scopre il perché del gesto: non è stata accettata la sua richiesta di rientrare nell'esercito. Nonostante tutti vogliono aiutarlo, lui non accetta il loro aiuto dicendo che non riesce a fidarsi di persone che non riescono ad essere sinceri l'uno con l'altro. Ma alla fine, maggiormente grazie all'aiuto di Elliot, riesce a reagire e andare via dall'ospedale.

Il dottor Cox non riesce a capire di cosa sia affetto un suo paziente e JD e Turk cercano di ridurre l'autostima del dottor Cox. Carla ed Elliot fanno di tutto per convincere il presidente della commissione a non far andare in pensione Kelso. Quest'ultimo passa tutta la giornata a parlare con uno specializzando di ciò che è stato per lui il Sacro Cuore. Cox intanto affida un campione delle urine del suo paziente a J.D. che, dopo aver parlato con Turk, lo dimentica sulla ringhiera dell'ingresso. Le urine esposte al sole diventano viola. Dopo aver fatto una ricerca con Google, i due scoprono che il paziente è affetto da porfiria acuta intermittente e trovano il modo di rinfacciarlo al dottor Cox. I rappresentanti riescono a convincere la commissione a ritirare la richieste di dimissioni ma con grande sorpresa Kelso decide di concludere egualmente la sua carriera con un sorriso stampato in volto.

All'interno della facoltà si sono formate delle coppie fisse, amici, colleghi o fidanzati. Coppie che funzionano a meraviglia, perfettamente complici in ogni loro diabolico piano, oppure coppie che scoppiano ma poi fanno la pace... seppur con qualche piccola rivincita.