Plusieurs années après la victoire de Claudette au Queen's Blade, son armée sème la terreur sur le continent. À Lavat, l'alchimiste Yuit et son automate Vante attirent l'attention de la Stratège de la reine…

Alors qu'elle cherche des réponses à ses questions, Annelotte croise soudain la route de Sigui l'Inquisitrice…

Alors qu'elle cherche l'origine de la brume de la forêt de Calibara, Annelotte tombe sur une mystérieuse tribu…

Ymir a terminé son armure ultime et utilise Mirim comme cobaye…

Annelotte, Yuit et Vante s'infiltrent dans le château de Gainos…

Yuit est déterminée à sauver Mirim, mais celle-ci souhaite rester au service d'Ymir…

Annelotte et Yuit sont à la poursuite de Liliana, qui a dérobé Vante.

Déterminée à vaincre Annelotte, Ymir décide de recruter Aldra, qui souffre d'amnésie.

Annelotte arrive dans un village uniquement peuple d'enfants, défendu par Izumi, la samouraï sans merci.

Annelotte et ses amies décident de s'introduire dans le château de Gainos pour confronter la reine…

Annelotte et ses alliées combattent les sbires de la reine dans le château de Gainos.