貴族としての生活に嫌気がさし、自由を求め旅に出たレイナ。そこに現れた沼地の魔女の手下、“千変の刺客・メローナ”がレイナに容赦なく襲いかかる。メローナの変幻自在の攻撃に、レイナは成す術もなく気を失いかけたその時、目の前に颯爽と現れた“荒野の義賊・リスティ”がメローナを叩きのめす!寸前のところで命拾いをし胸をなでおろすレイナ。だが、リスティがレイナを助けた本当の理由は、懸賞金のかかったレイナを捕らえ、貴族のもとへ連れ戻す為であった。

大陸の極東にある島国・ヒノモト。マサカド神社ではミカドに仕える巫女達が神社を厳重に警備をしている。“武者巫女・トモエ”はクイーンズブレイドに参加する為、禊ぎを済ませていた。トモエはクイーンズブレイドで女王となり、その力を持って、ヒノモトを蝕む悪政官を一掃することを心に誓っていた。そんなさなか甲魔忍軍がマサカド神社を襲う。卑劣な攻撃のなか次々と倒されていく巫女達…。トモエは神主から授かった御神刀を持って甲魔忍軍に立ち向かう!

リスティの助けをえて城を抜け出したレイナは、無事町に辿り着く。リスティを慕うレイナは町の闘技場で勝ち抜き賞金を稼ぐことを計画。その背後では体に蛇を巻いた女エルフ、エキドナが二人の会話に耳を傾けていた。

リスティと別れ、1人街を出たレイナ。森で野宿をしていると“光明の天使・ナナエル”に出会う。レイナに執拗にクイーンズブレイドへの参加を勧めるナナエルをあしらい出発しようとした矢先、レイナを追っていた姉“雷雲の将・クローデット”に見つかってしまう。城に戻るよう説得するクローデットとそれを頑なに拒否するレイナ。対峙する二人がお互い剣を抜いたその時、ここぞとばかりにナナエルがクイーンズブレイドを宣言する!ヴァンス家長女クローデットと次期後継者レイナのプライドをかけた闘いがいま幕を開ける!!

砂漠にそびえ立つピラミッド。そこでは“古代の王女・メナス”が没落したアマラ王国復活させる為、気を失っているレイナに奴隷化の儀式を行っていた。メナスは奴隷と化したレイナにオイルマッサージの奉仕をさせ悦に入っていると、新たな侵入者に気づく。その侵入者こそ、クイーンズブレイド出場の為、女王の都・ガイノスを目指し旅に出ていたトモエと“抜け忍・シズカ”であった。メナスは二人を新たな奴隷に加えようと、トモエとシズカにレイナをけしかける!!

川辺に打ち上げられたレイナとナナエル。目覚めるとエルフの森へ向かう“冥土へ誘うもの・アイリ”を発見する。アイリを追って二人が森へ到着すると、“森の番人・ノワ”とアイリが対峙していた。ここぞとばかりにクイーンズブレイドを宣言するナナエル。アイリの一方な攻撃に見るに防戦一方のノワ。みかねたレイナが助けに加わるが…。

クイーンズブレイドを捏造したとして天使長に呼び出されるナナエル。数々の不正行為を指摘されこのままでは冥界落ちといわれ動揺するナナエル。天使長はナナエルに沼地の魔女の動向を探れば冥界落ちは大目にみることを約束する。ナナエルはお供の天使ハチエルを引き連れ沼地の魔女の領土に潜入するが、さっそくメローナ・メナス・アイリの三人組に捕まってしまい…。

女王の都ガイノスへ向かうトモエとシズカ。トモエの方向音痴のため、名も無い温泉に辿りつく。旅の疲れを癒そうと温泉で療養するトモエとシズカ。するとレイナを捜索する為、小隊を引き連れていたエリナと遭遇してしまう。一触即発のトモエとエリナだったがトモエが身を引き事なきを得る。だが、その頃、シズカはエリナお付のメイドと対峙していた…。

“武器屋・カトレア“は息子のラナを残し配達に出かけると、道中、レイナとナナエルに出会う。その頃、“鋼鉄姫・ユーミル”が武器屋にやってくる。近頃、安価な武器がでまわり鋼鉄山の武器が売れ残ってしまっていた。その元凶がカトレアの営む武器屋にあると考えたユーミルは偵察にきたのであった。ところがカトレア不在の為、店番をしていたラナに悪態をつくユーミル。それを見ていたエキドナはユーミルに食ってかかると…。

トモエ達と女王の都・ガイノスへの道を共にするリスティにレイナとナナエルが追いつく。リスティとの再会を喜ぶレイナとそんなレイナの気持ちを無視するリスティ。それでもレイナは自分を自由へと導いてくれたリスティへ感謝を述べる。そして、旅のなかで成長した自分を見て貰うため、リスティへクイーンズブレイドを申し込む。だが圧倒的な実力差の為、レイナは一撃で倒されてしまう。するとエキドナが現れ、リスティとの睨み合いに…。

クイーンズブレイドが宣言され遂に剣を交えることとなったクローデットとリスティ。実力が拮抗する二人は攻防を繰り広げるが、エキドナとの一戦で負傷したリスティにクローデットが放つ雷撃が直撃する。勝者宣言を受けるクローデット、そこにリスティを追っていたレイナが駆けつけ、クローデットに戦いを挑む。ナナエルはクイーンズブレイドを宣言し、遂に因縁の姉妹対決が繰り広げられる!!

クローデットとの戦いに勝利を収め、女王の都・ガイノスを目前とするレイナ。そのには同じくクイーンズブレイドに参戦する為、闘士達が集結していた。するとそこに立ち込める不穏な影。クイーンズブレイド開催を阻止せんと、沼地の魔女の手下・メローナ、メナス、アイリが、死霊の大群を引き連れ、レイナ達に襲い掛かる!!闘士達が乱戦を繰り広げる中、逢魔の女王・アルドラはその様子を冷静に見つめていた…。