Une nouvelle année scolaire commence pour Yûta, Rikka et leurs camarades. Chacun s'est préparé à sa façon pour cette entrée en Première. Ce qui est sûr, c'est que cette année sera celle du changement !

C'est officiel, Rikka habite désormais chez Yûta. Toutefois, ils sont maintenant trois, depuis que Kuzuha, la petite sœur de Yûta, est rentrée de Jakarta. Ils se partagent les tâches quotidiennes, ce qui n'est pas le fort de Rikka. Néanmoins, le jeune couple tient à conserver le secret sur cette cohabitation, au moins au lycée.

Yûta se réveille aujourd'hui suite à un rêve qui provoque le doute en lui. Il semble qu'inconsciemment, il désire que sa relation avec Rikka franchisse un nouveau stade. Cette dernière, quant à elle, avance à sa façon dans cette relation, et s'est mis en tête de réveiller le Dragon obscur qui sommeille en Yûta.

Shinka Nibutani a pris une grande décision, celle de s'impliquer dans la vie du lycée. Elle se présente au poste de déléguée du conseil des élèves. Hélas, elle n'a pas le soutien de tout le monde. Dekomori, qui lui reproche d'avoir voulu usurper le nom de Mori Summer, compte bien lui mettre des bâtons dans les roues.

L'instant est grave. Le conseil des élèves organise une assemblée réunissant tous les clubs du lycée. En effet, il y a un sérieux manque de locaux, et les clubs jugés inutiles se verront privés de leur salle.

C'est le voyage scolaire, pour les élèves de première. Tout le monde a hâte de partir, Yûta et Rikka y compris. Toutefois, il semble que le jeune couple attire contre son gré l'attention des autres élèves. Tout le monde met la pression sur les jeunes amoureux maladroits. Leur relation va prendre un tournant inattendu...

Les élèves de première sont revenus de leur voyage scolaire. L'heure est aux retrouvailles, notamment pour Dekomori qui s'ennuyait de sa maîtresse. Mais quelque chose a changé, pendant que Rikka, Yûta et Nibutani étaient absents. Dekomori n'est plus la même. Elle aurait retrouvé la vraie Mori Summer. Tout du moins, selon elle...

Ces derniers temps, Rikka ne semble pas être au mieux de sa forme. Les membres de la ligue, accompagnés de Shichimiya, se rendent chez la tante de Kumin pour l'aider à tenir son restaurant en bord de plage. L'air de la mer va permettre à tout ce petit monde de se rafraîchir les idées. Rikka, notamment, va devoir faire un choix crucial pour son avenir avec Yûta...

Yûta, Rikka et leurs camarades vont enfin pouvoir profiter des vacances d'été. Cela commence par une matinée bien méritée à la piscine. Toute la bande est réunie, y compris Tooka, revenue temporairement au Japon. Cette dernière remarque le comportement singulier de Shichimiya lorsqu'elle est en présence de Yûta.

Les vacances d'été arrivent à leur terme. Yûta a finalement compris que Shichimiya éprouvait des sentiments pour lui, mais le jeune homme inexpérimenté et en couple avec Rikka ne sait comment réagir. De son côté, Rikka, qui n'avait pas pris son parapluie lors du festival et partait régulièrement à la recherche de quelque chose, se retrouve fiévreuse et clouée au lit.

Les grandes vacances sont terminées, un nouveau semestre commence pour Rikka et ses amis. Mais cette dernière a changé. Son comportement envers Yûta est différent. La relation entre les deux adolescents s'en retrouve affectée... Que va-t-il advenir du jeune couple ?