告別中二病的過去，勇太準備以新姿態迎接高中新生活。然而，就在開學前夜，他遇上了落在自家陽台上的一名神秘少女。原來，這名叫做小鳥遊六花的少女就是新班級的同學，剛剛搬到勇太家樓上。沒想到六花竟然是現役中二病患者，她意外地得知了勇太以往的中二病身份，並主動接近勇太。雖然勇太略為抗拒與她來往，但眼見少女冒失又不能不管，帶她到保健室，護送不認路的她回家，幫她搬運行李......看來真正脫離中二病的路還遠呢。

勇太的高中生活已經開始了一段時間，雖然他還在小心翼翼以免暴露自己的中二病過去，身邊也有六花這樣的現役中二病，但他還是順利地融入到新班級。在一色誠的推薦下還成為了班長，與森夏一起打理班級的大小事務。某一個晚上，六花見到了一隻貓，礙於姐姐十花的過敏症而無法在家中收養。聽聞二年級有人在尋貓，六花在勇太的陪同下來到了二年級的教室，找到了茴香學姐。結果此貓非彼貓，於是圍繞養貓的問題，六花的姐姐發生了爭端，結果貓最終還是被勇太家收養了。

高一的新生們出席了社團介紹的說明會後，紛紛開始選擇適合自己的社團。就在這時，六花也打算在校園內設立自己的社團，並且打算邀勇太入團當社長。雖然勇太馬上拒絕，但後來還是半推半就地與六花開展了招募工作。在招募過程中，他們與茴香的午睡社合併。為了填補人員不足的問題，六花「召喚」了學妹，自稱是邪王真眼僕從的凸守早苗來助陣參與。在七瀨老師的安排下，同好會「極東魔術午睡結社」終於成立了。

六花秘密發起的同好會「極東魔術午睡結社」隨著森夏的加入而改名「極東魔術午睡結社之夏」。對於這個全班第一美少女的加入，勇太不由得各種遐想。某個週日，森夏以「有事相談」的藉口到了勇太家做客。結果，在勇太家裡，森夏暴露了自己中二病的過去，她加入這個同好會的目的原來是為了銷毀自己在中二病時期胡亂製作的「暗黑聖典」的影本，而影本的持有者就是現役中二病的凸守早苗。森夏與早苗圍繞聖典的爭鬥就這樣開始了。

「極東魔術午睡結社之夏」這個不知道幹什麼的同好會迎來了解散危機，原因是發起人六花數學考試的成績過於惡劣，激怒了數學老師，如果下次考試成績提不上去，同好會必須解散。為了挽救危機，六花打算以幫忙打理學校雜物的形式抵消解散的危機，卻反而使事態惡化。要挽救這次危機，還是要老老實實地的學習。於是，勇太再次出手相助，輔導六花學習。結果，勇太連哄再騙地經過數日的奮鬥，終於幫助六花度過危機。

勇太、一色、森夏、茴香和凸守在六花的邀請下來到了小鳥遊的老家。本應是享受陽光和海灘的充實校園暑假生活，勇太卻從六花與其家人之間的微妙的氣氛當中，察覺了此行有些不尋常。原來六花的父親在三年前去世，而此行的真正目的是讓六花前往祭拜父親。可是，六花並不願意接受父親去世的事實，並且一直逃避著。知道了事情真相的勇太，決定陪伴在六花身邊，在夏日的晚上，與少女一起前往需找「不可視境界線」。

無法接受眼前現實的六花打算逃離了老家乘坐列車回去。勇太拚命追尋後，終於趕上了六花的列車。兩人回到家後發現六花忘記帶鑰匙，結果六花只好在勇太家借宿。此時，勇太的媽媽和妹妹正好各自有事不在家中。在六花的要求下勇太把她逮到了附近的便利商店，以解決晚餐的問題。在這裡，六花第一次嚐到了吃便利商店便當的滋味，此時原本的憂鬱情緒早已煙消雲散。夏日的長夜，只有二人的世界，勇太和六花各自的心境再一次出現變化。

轉眼第二學期也過半，大家都在為學園祭忙碌著，「極東魔術午睡結社之夏」在森夏的主張下，決定以游擊戰形式參加學園祭。自那個夏天的晚上，勇太與六花一直保持著尷尬的氣氛，至今還是一次都沒有好好談上話。察覺了變化的森夏決定在背後推他們一把，在準備學園祭的同時，也為勇太與六花製造了各種獨處的機會。雖然六花不得要領，好幾次攻勢都不顯效，最後甚至差點弄出意外。不過幸好這場意外把兩人的關係進一步推進。

學園祭前夕的興奮傳遍了整個學校，而在校舍不顯眼的一個角落裡，勇太和六花察覺了自己的感情。在回家途中，兩人互相告白並締結了戀人的契約。勇太帶著喜悅的心情回到家中，發現十花正在等候自己。原來，十花即將出國發展，因此十花向勇太發出請求，讓他說服六花與媽媽和好。到了學園祭當日，六花的媽媽帶著便當盒來到了活動室並把便當盒轉交給勇太，勇太決定打破六花的妄想，讓她接受現實。

六花摘掉眼罩已經過了三週時間，十花也整理好行李出發到國外。六花正努力地接受現實，而勇太則在六花身邊守候著。唯獨凸守依然無法接受主人從中二病畢業的事實，不斷嘗試喚回以前那個六花，可惜她的行動只是徒勞。六花開始整理一切與中二病相關的東西，並打算與母親到父親的墳前掃墓。就在六花出發去掃墓的那個清晨，在車站的月台上，凸守出現並打算阻止，勇太只好忍痛出面阻止凸守最後的暴走。

六花重回老家已經有數天，凸守也恢復到本來的大小姐打扮。但當勇太發現原來六花並沒有打算回來的時候，已經太遲了。在他猶豫是否就這樣結束的時候，他收到了自己在中二病時寄給自己的信，亦使他重新獲得了勇氣。他向一色借了自行車，打算夜裡趕往迎接六花。途中，勇太遇到了茴香，並得知了「邪王真眼」的真相，焦躁感悠然而生。勇太終於承認了自己真正想做的事情——帶領六花尋找「不可視境界線」，幫助她向逝去的父親道別。