中学卒業と同時に、富樫勇太は「中二病」を卒業した。暗黒時代の自分を知る生徒が一人もいない高校に進学することで、勇太は、順風満帆な高校生活を手に入れようとしていた。 しかし、そんな勇太の淡い期待が、入学初日に脆くも崩れ去った。 まさか、クラスメイトに現中二病少女がいるなんて！！！！！ 勇太が一番遠ざけたかった存在「中二病」。 現中二病少女、小鳥遊六花との出遭いから、勇太の高校生活がスタートする。

とうてい"華々しく"とは言えない高校生活のスタートを切った勇太。 現中二病少女との出会いにより、順風満帆な高校生活が台無しになったと思われた。 しかし、思わぬ形勢逆転を得た。一色誠の悪巧みによりクラス委員になったのだ！クラスで一番人気の美人、丹生谷森夏と一緒に！ 小鳥遊六花との最悪な出遭いに隠れていたが、最高の出逢いもあった勇太。 スタートは遅れたが、これでリア充への仲間入りなるか？！

入学から一カ月が経過。丹生谷との距離を、なかなか縮められずにいる勇太。 チアリーディング部に体験入部した丹生谷のチアガール姿を、大勢の“偶然体育館を通りがかった連中”と一緒に、遠巻きに眺めるしかない一方で、六花からは『極東魔術結社』なる部活を一緒に立ち上げようと言い寄られる。 なぜこうも中二病ばかりが勇太に引き寄せられてくるのか？そこには新たな中二病少女が現れる。

『極東魔術結社』にくみんが加わったことにより 『極東魔術昼寝結社の夏』となった六花発足の謎の同好会。 入部するつもりなど全くなかった勇太だったが、丹生谷の入部につられ入ってしまった。 なぜこんな部に、クラスで一番人気の美人、丹生谷森夏が入部を？ 魔術に興味がある？昼寝に興味が？もしや・・・。いや。まさか！？ 勇太は様々な憶測を巡らせる。

どうみても健全な活動をしているようには思えない『極東魔術昼寝結社の夏』。とうとう解散の危機に見舞われた。 というのも、発起人の六花が数学のテストで見事な最低点を取ってしまったのだ。 先生からは、同好会が原因だと言われ、今度の数学の試験で六花が赤点を取ったら同好会は解散させられてしまうことに。

勇太、一色、森夏、くみん、凸守の5人は、六花と連れだって、彼女の実家に遊びに行くことになった。ご両親の世話になり、近くの海で泳ぎ、こんがり肌を焼く。そんな、ありふれた高校生の夏休みになるはずだった。 しかし、実家に向かう当の六花の表情が冴えない。いつもと様子の違う六花に気づいた勇太。しかし、それはただの勇太の思い過ごしなのだろうか？ 親元を離れ、姉と二人で暮らしていることに何か理由が隠されているのか？ 知られざる、六花の過去が明かされる。

昔の出来事を受け入れられないでいる六花は、今もなお、そのことを拒絶し続けている。 拒絶することで現実まで見えなくなっている六花を心配する十花は、現実を直視するよう六花に強いる。 そのことで、六花は十花から逃げ出すように『極東魔術昼寝結社の夏』の面々を実家に置き去りにしたまま、一人で自宅に戻ってしまう。あとを追う勇太。 そこに待っていたのは、二人だけの長い夜だった。

あの夏の夜以来、ぎこちない勇太と六花。学園祭の季節になっても、二人はまともに話をしていなかった。明らかに、六花の勇太に対する様子がおかしい。 邪王真眼といえども、ダークフレイムマスターには屈してしまうのか？六花自身、そう思っていた。しかし、そんな二人の様子を見ていた丹生谷は、早くも何かに気付いたらしい。

六花は、勇太に対する思いが変化していることに気がついた。勇太も同様に、六花に対する思いが変化していた。 勇太と六花、二人はお互いの気持ちを確かめ合い、ぎこちなくもありながら、それまでとは違った、新しい関係が生まれようとしていた。 しかし、その矢先、学園祭当日、勇太は六花に残酷な言葉を告げなければいけなかった。

六花は眼帯を外し、中二病から卒業することを決心した。 元中二病である森夏からのアドバイスを手がかりに、六花なりの努力が見える。 そんな姿にホッとしつつも、冴えない表情の勇太。凸守は六花を中二病へと戻そうとするがどうにもならない。

六花から邪王真眼を受け継いだくみん。勇太は、二代目邪王真眼となったくみんの口から、邪王真眼が生れた理由を聞かされた。 そのことで勇太は自分の考えを改めた。徐々に自分の気持ちに気付き始めていた勇太。 本当は、六花を中二病から卒業させたかったんじゃない。 六花の純粋な心、六花の背負ってきた苦しみ、六花のまっすぐな思い、それらを受け止めようと勇太は全力で六花を追った。