Yûta a mûri. Il regrette sa période de collégien marqué par l’âge ingrat et décide de faire table rase du passé en choisissant un lycée éloigné où personne ne le connaîtra. Pourtant, il y fait la connaissance d’une jeune fille qui semble atteinte des symptômes de son ancienne maladie, la « Chûnibyô »...

Suite à une rentrée au lycée assez mitigée, Yûta se retrouve élu délégué de classe contre son gré. Il découvre cependant avec bonheur que l’autre déléguée n’est autre que Shinka, la fille la plus populaire de sa classe. Sa joie n'est malheureusement que de courte durée car il se retrouve à nouveau entraîné dans un nouveau délire de Rikka...

Cela fait déjà un mois que Yûta est entré au lycée et le moment est venu pour les élèves de choisir leur club. Peu motivé, Yûta est cependant convoqué par Rikka qui lui annonce qu’elle compte fonder son propre club. Devant le peu d’intérêt porté par les autres lycéens pour sa « Ligue de magie d’Extrême-Orient », Rikka décide de faire appel à une mystérieuse personne...

Yûta décide de rejoindre le club fondé par Rikka, intrigué par la raison qui a amené Shinka à s’y inscrire. Les choses ne tardent d’ailleurs pas à bouger, car Shinka insiste pour rendre visite à Yûta chez lui. Malheureusement, rien ne se passe comme Yûta l’espérait. Ce dernier fait d’ailleurs une découverte impensable...

Rikka est convoquée par son professeur principal suite à ses mauvais résultats en mathématiques. Après quelques négociations qui tournent à son désavantage, Rikka se voit obligée d’obtenir la moyenne à son prochain examen. En cas d’échec, son amicale sera dissoute...

Isshiki est dans tous ses états depuis qu’il a reçu une lettre d’amour. Novice dans ce domaine, il demande conseil à Togashi qui tente de refroidir ses ardeurs. Distrait, Isshiki perd cependant son précieux calepin contenant des informations sur toutes les filles de la classe ainsi que les résultats du vote qu’il avait organisé...

C’est les vacances d’été et Yûta, Makoto, Shinka, Sanae, Kumin et Rikka se rendent chez les grands-parents de cette dernière. Arrivée sur place, Rikka se montre extrêmement déprimée. Yûta apprend la raison de cet abattement par Tooka...

Tooka tente à nouveau de raisonner Rikka, en vain. Yûta s’interpose entre les deux sœurs et prend la défense de Rikka qui en profite pour s’enfuir. Yûta se lance alors à la poursuite de son amie...

C’est bientôt la fête de l’école et Shinka, qui a quitté le club des pom-pom girls, compte bien faire briller celui qu’a créé Rikka. L’exubérante déléguée de classe réalise entre-temps que Rikka est amoureuse de Yûta et décide de faire tout son possible pour les rapprocher...

La fête des Ginkgos débute sous peu, mais Yûta peine à se remettre de ses dernières péripéties. Suite à un aveu inattendu de la part de Rikka, Tooka invite Yûta à discuter dans un restaurant. La sœur de Rikka est sur le point de partir pour l’Italie et supplie Yûta de demander à sa sœur de redevenir normale...

Rikka a définitivement renoncé à son cache-œil et tente de s’intégrer en devenant une fille normale. Sanae fait tout son possible pour que son amie fasse marche arrière, mais elle se heurte à une Rikka bien décidée à sortir de la Chûnibyô...

Yûta, qui attend patiemment des nouvelles de Rikka, finit par comprendre que cette dernière ne compte pas revenir. Poussé par Kumin, il décide de rejoindre la jeune fille...

Une nouvelle année scolaire commence pour Yûta, Rikka et leurs camarades. Chacun s'est préparé à sa façon pour cette entrée en Première. Ce qui est sûr, c'est que cette année sera celle du changement !

C'est officiel, Rikka habite désormais chez Yûta. Toutefois, ils sont maintenant trois, depuis que Kuzuha, la petite sœur de Yûta, est rentrée de Jakarta. Ils se partagent les tâches quotidiennes, ce qui n'est pas le fort de Rikka. Néanmoins, le jeune couple tient à conserver le secret sur cette cohabitation, au moins au lycée.

Yûta se réveille aujourd'hui suite à un rêve qui provoque le doute en lui. Il semble qu'inconsciemment, il désire que sa relation avec Rikka franchisse un nouveau stade. Cette dernière, quant à elle, avance à sa façon dans cette relation, et s'est mis en tête de réveiller le Dragon obscur qui sommeille en Yûta.

Shinka Nibutani a pris une grande décision, celle de s'impliquer dans la vie du lycée. Elle se présente au poste de déléguée du conseil des élèves. Hélas, elle n'a pas le soutien de tout le monde. Dekomori, qui lui reproche d'avoir voulu usurper le nom de Mori Summer, compte bien lui mettre des bâtons dans les roues.

L'instant est grave. Le conseil des élèves organise une assemblée réunissant tous les clubs du lycée. En effet, il y a un sérieux manque de locaux, et les clubs jugés inutiles se verront privés de leur salle.

C'est le voyage scolaire, pour les élèves de première. Tout le monde a hâte de partir, Yûta et Rikka y compris. Toutefois, il semble que le jeune couple attire contre son gré l'attention des autres élèves. Tout le monde met la pression sur les jeunes amoureux maladroits. Leur relation va prendre un tournant inattendu...

Rikka et Yûta se retrouvent enfin seuls, en tête à tête, pour un rendez-vous tant attendu. Les deux jeunes adolescents semblent se rapprocher petit à petit, mais un obstacle de taille se présente à l'horizon... Comment va se terminer cette journée, qui semble être un jour particulier aux yeux de Yûta ?

Les élèves de première sont revenus de leur voyage scolaire. L'heure est aux retrouvailles, notamment pour Dekomori qui s'ennuyait de sa maîtresse. Mais quelque chose a changé, pendant que Rikka, Yûta et Nibutani étaient absents. Dekomori n'est plus la même. Elle aurait retrouvé la vraie Mori Summer. Tout du moins, selon elle...

Ces derniers temps, Rikka ne semble pas être au mieux de sa forme. Les membres de la ligue, accompagnés de Shichimiya, se rendent chez la tante de Kumin pour l'aider à tenir son restaurant en bord de plage. L'air de la mer va permettre à tout ce petit monde de se rafraîchir les idées. Rikka, notamment, va devoir faire un choix crucial pour son avenir avec Yûta...

Yûta, Rikka et leurs camarades vont enfin pouvoir profiter des vacances d'été. Cela commence par une matinée bien méritée à la piscine. Toute la bande est réunie, y compris Tooka, revenue temporairement au Japon. Cette dernière remarque le comportement singulier de Shichimiya lorsqu'elle est en présence de Yûta.

Les vacances d'été arrivent à leur terme. Yûta a finalement compris que Shichimiya éprouvait des sentiments pour lui, mais le jeune homme inexpérimenté et en couple avec Rikka ne sait comment réagir. De son côté, Rikka, qui n'avait pas pris son parapluie lors du festival et partait régulièrement à la recherche de quelque chose, se retrouve fiévreuse et clouée au lit.

Les grandes vacances sont terminées, un nouveau semestre commence pour Rikka et ses amis. Mais cette dernière a changé. Son comportement envers Yûta est différent. La relation entre les deux adolescents s'en retrouve affectée... Que va-t-il advenir du jeune couple ?