Lois weiß nun, dass Clark Superman ist. Seinen Heiratsantrag lehnt sie vorläufig ab, weil sie Bedenkzeit braucht. In der Zwischenzeit hält Bill Church Junior die beiden auf Trab. Church plant eine wahrhaft explosive Party, die er seinem Vater in die Schuhe schieben will.

Der Millionär Spencer Spencer hat einen missgestalteten Körper. Eine Transplantation soll ihm den Körper von Superman verschaffen. Er lockt Lois und Clark auf eine einsame Insel. Dummerweise hat Clark Lois versprochen, seine Superkräfte nicht einzusetzen.

Lois ist überzeugt, von Außerirdischen entführt worden zu sein. Die Wahrsagerin Star bestärkt sie in dem Glauben, zumal Lois ständig gefährliche Dinge tut. Clark vermutet, dass der verrückte Milliardär Bob Fence dahintersteckt.

Lois erhält Besuch aus Irland. Patrick Sullivan ist ein Freund aus alten Studententagen. Sehr zu Clarks Verdruss macht Patrick Lois den Hof. Was Lois nicht ahnt: Patrick will in Wirklichkeit die keltischen Druiden wiedererwecken. Lois ist als Menschenopfer vorgesehen.

Mehrere Ehepaare verschwinden spurlos. Bei ihren Recherchen stoßen Lois und Clark auf Larry Smileys obskures Partnerschaftsinstitut. Perry zwingt die beiden, an Smileys Kurs über eine glückliche Partnerschaft teilzunehmen. Interessante Entdeckungen stehen bevor.

Das extravagante Ehepaar Tim und Amber Lake will seine Sammlung mit einem Prunkstück krönen: Sie wollen Superman in einen Käfig sperren. Der geniale Verbrecher „Bad Brain“ Johnson hilft ihnen dabei. Da die Lakes im Besitz von Kryptonit sind, ist Superman hilflos.

Superman geht zwei kriminellen Schwestern in die Falle. Sie wollen seine Superkräfte mit einem roten Kryptonitlaser stehlen. Durch einen Fehler werden die Kräfte jedoch auf Lois übertragen. Lois muss nun Superman in Gestalt von Ultra Woman vertreten.

Lee-Anne Stepanovic behauptet, ein uneheliches Kind von Superman zu haben. Tatsächlich verfügt der kleine Jesse über außergewöhnliche Kräfte. Mit einer tränenreichen Geschichte sucht die Mutter Hilfe bei den Medien. Sogar bei Lois kommen Zweifel an ihrem Helden auf.

Eine Gruppe von Nazis hat im Kälteschlaf den richtigen Zeitpunkt für eine Machtübernahme in Amerika abgewartet. Sie infiltrieren Politik und Medien und rufen das „Neue Reich“ aus. Superman steht ihren Plänen natürlich im Weg. Eine Atombombe soll ihn beseitigen.

Ein Computerfreak namens „Mister X“ will Lex Luthors Datenbanken knacken. Um an die fehlenden Passwörter zu kommen, setzt er Lois und Clark in einer virtuellen Welt gefangen. Die beiden müssen erfahren, daß „Mister X“ Lex Luthors unehelicher Sohn ist.

Hinter dem berühmten Magier Baron Sunday verbirgt sich ein Voodoo-Priester. Er führt einen Rachefeldzug gegen alle, die er für ein fehlgeschlagenes Waffengeschäft verantwortlich macht. Der Baron belegt auch Clark Kent mit einem schrecklichen Fluch.

Lois und Clark wird ein Laptop mit brisanten Informationen über die National Intelligence Agency zugespielt. Jimmy will die Daten entschlüsseln. Da taucht plötzlich sein Vater auf, der ein dunkles Geheimnis verbirgt. Er soll den Computer wiederbeschaffen.

Der kriminelle Zeitreisende Tempus kehrt zurück und entführt Lois in ein Paralleluniversum. Dort will er mit schmutzigen Tricks Bürgermeister von Metropolis werden. Der andere Clark aus dem Paralleluniversum weiß nicht, dass er selbst Superman ist.

Die Hochzeit von Lois und Clark steht kurz bevor. Während der Vorbereitungen kommen sie Dr. Mamba auf die Spur, der Menschen aus Froschgenen klont. Lex Luthor steckt dahinter. Aber Superman kommt zu spät, um ihn aufzuhalten. Auch mit Lois scheint etwas nicht zu stimmen.

Clark findet heraus, dass Lois bei ihrer Hochzeit gegen einen Klon ausgetauscht wurde. Die echte Lois kann aus der Gewalt von Lex Luthor entkommen. Doch sie verliert ihr Gedächtnis, als der Klon sie umbringen will. Sie hält sich nun für ihre Romanfigur Wanda Detroit.

Lex Luthor will Superman mit einer Atomwaffe vernichten. Gleichzeitig will er Lois und sich selbst in andere Körper verpflanzen. So könnte er unerkannt mit Lois leben. Ihr Klon hilft Clark beim Versuch, Lois zu retten. Die echte Lois verliert dabei endgültig ihr Gedächtnis.

Lois kommt in psychiatrische Behandlung. Dort soll sie ihre Erinnerung wiederfinden. Unglückklicherweise verliebt sich der Arzt Dr. Deter in sie. Clarks Besuchszeiten werden strikt eingeschränkt. Aber davon lässt Superman sich nicht abschrecken.

Lois fängt wieder an zu arbeiten. Allmählich kehrt ihre Erinnerung zurück. Allerdings steht sie immer noch unter dem hypnotischen Einfluss von Dr. Deter, der in sie verliebt ist. Superman bekommt Probleme mit Herkimer Johnson, dem Bruder von Bad Brain Johnson.

Lois ist zum Klassentreffen ihrer ehemaligen High-School eingeladen. Dort erfährt sie, dass mehrere ihrer Schulfreunde ihre Ehepartner vermissen. Das ehemalige Mauerblümchen Annette Westman kommt Lois verdächtig vor. Plötzlich ist auch Clark verschwunden.

Zwei geheimnisvolle Besucher unterziehen Superman mehreren, gefährlichen Tests. Die beiden, die sich Sarah und Ching nennen, wollen herausfinden, ob der Mann aus Stahl ihren hohen Ansprüchen genügt. Superman mutmaßt, dass Sarah und Ching ebenfalls vom Planeten Krypton stammen.

Zara und Ching geben sich als Bewohner des Planeten New Krypton zu erkennen. Sie wollen, dass Superman mit ihnen zurückkehrt. Nur er kann einen drohenden Bürgerkrieg in ihrer Heimat verhindern. Schweren Herzens muss Clark sich von Lois und der Erde trennen.