Der Millionär Spencer Spencer hat einen missgestalteten Körper. Eine Transplantation soll ihm den Körper von Superman verschaffen. Er lockt Lois und Clark auf eine einsame Insel. Dummerweise hat Clark Lois versprochen, seine Superkräfte nicht einzusetzen.

Mehrere Ehepaare verschwinden spurlos. Bei ihren Recherchen stoßen Lois und Clark auf Larry Smileys obskures Partnerschaftsinstitut. Perry zwingt die beiden, an Smileys Kurs über eine glückliche Partnerschaft teilzunehmen. Interessante Entdeckungen stehen bevor.

Mindy Church will die Verbrecherbande Intergang wieder aufleben lassen. Mit Hilfe des Berufskillers Joey Bermuda möchte sie Superman ausschalten. Sie finden das Raumschiff, mit dem Superman zur Erde kam. Darin entdecken sie Viren, die für den Stählernen tödlich sind.

Clark findet heraus, dass Lois bei ihrer Hochzeit gegen einen Klon ausgetauscht wurde. Die echte Lois kann aus der Gewalt von Lex Luthor entkommen. Doch sie verliert ihr Gedächtnis, als der Klon sie umbringen will. Sie hält sich nun für ihre Romanfigur Wanda Detroit.

Zara und Ching geben sich als Bewohner des Planeten New Krypton zu erkennen. Sie wollen, dass Superman mit ihnen zurückkehrt. Nur er kann einen drohenden Bürgerkrieg in ihrer Heimat verhindern. Schweren Herzens muss Clark sich von Lois und der Erde trennen.

Supermans Vorhaben, auf Neu-Krypton einen Bürgerkrieg zu verhindern, verläuft anders als geplant. Sein kryptonischer Widersacher Lord Nor will die Erde unterwerfen und beginnt damit ausgerechnet in Supermans Heimat Smallville.

Superman droht im Kampf gegen seinen kryptonischen Widersacher Lord Nor zu unterliegen. Dieser will ihn sogar zum Tode verurteilen lassen. Doch in letzter Sekunde findet Ching ein altes, kryptonisches Gesetz, das Aufschub gewährt: Superman fordert Nor zum Duell.

Lois ist zum Tode verurteilt worden und soll hingerichtet werden. Natürlich kann Superman dabei nicht tatenlos zusehen. Er setzt alles daran, um die Unschuld seiner geliebten Lois zu beweisen. Aber ihm bleibt nicht mehr viel Zeit.

Tempus hat als Präsident John Doe die Macht an sich gerissen. Da Superman immer noch verschwunden ist, muss Lois allein den Kampf gegen den zeitreisenden Verbrecher Tempus aufnehmen. Völlig unerwartet eilt ihr der Schriftsteller H.G. Wells zu Hilfe.

Lois und Clark erfahren von Dr. Klein, dass sie keine Kinder haben können. Als der telekinetisch begabte Verbrecher Mensa, genannt „Dickschädel“, auf freien Fuß kommt, bekommen sie noch ganz andere Probleme: Mensa kommt hinter Supermans geheime Identität.