在Zi行星有一群被称为机兽的金属生物体，有些拥有惊人战斗力，但它们必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。该行星在古代曾经存在超高科技文明，却发生了一场被称为“众神之怒”的大灾难，当时有一部份人类逃到天空上，建立了天空之都。残留在地上的人类失传了那些超高科技，经过许多世代后，古代的事件和天空中的人变成了传说，现在人们找到的机兽就是古代文明的遗物。

在Zi行星有一群被稱為機械獸的金屬生物體，機械獸有些擁有驚人戰鬥力，但牠們必需得到由特別發電機產生的紅色凝膠才可運作。該行星在古代曾經存在超高科技文明，卻發生一場被稱為「眾神之怒」的災難毀滅Zi行星的所有文明，當時有一部份人類逃到天空上建立天空之都。殘留在地上的人類失傳那些超高科技，經過許多世代後，古代的事件和天空中的人變成傳說，而現今人們找到的機械獸就是古代文明的遺物。

某天一個名叫迪加魯特的帝國在十多年前與天空之都訂立條約取得天空之都的科技生產機獸，然而迪加魯特開始變得強大積極侵略其它的國家。故事主角路吉住在美洛都村，村民從水中打撈出一隻名叫村雨長牙獅的機械獸。不久迪加魯特帝國軍前來襲擊美洛都村，路吉雖然成功操控村雨長牙獅擊退迪加魯特帝國軍。可是村民依賴的樹狀發電機被迪加魯特帝國軍給破壞。路吉為了使美洛都村可以繼續存在，他與擁有機獸的勒金(國家被迪加魯特帝國給毀滅的基特藩國的前任國王)和蕾美(國家被迪加魯特帝國給毀滅的基特藩國的前任公主)離開村莊到處找尋懂得修理發電機的技師。路吉在尋找發電機技師的旅途上遇到可度娜、加拉加等同伴，也目睹更多迪加魯特帝國軍的侵略行徑。後來路吉明白即使找到懂得修理發電機的人，迪加魯特帝國軍一定會再次侵略美洛都村，只要迪加魯特帝國軍的侵略永不停止，全世界就不會獲得永久的和平。路吉因此決定要打倒迪加魯特為首要目標要讓全世界恢復和平的秩序，眾人決定將由勒金成為討伐軍地領導人並且號召各地反迪加魯特帝國的志士與人民加入他們組成討伐軍展開全面抗爭。後來路吉等人發現天空之都其實是為了取得紅色凝膠而跟迪加魯特帝國展開交易，同時採取一些措施防止迪加魯特對己方構成威脅，但是他們派遣到迪加魯特的人竟然會叛變發動攻擊毀滅天空之都。於是路吉等人與對抗迪加魯特帝國的戰鬥即將展開。

Young Ruuji Familon finds a Liger-type Zoid during a salvage mission. Initially, the village is attacked by Bio-Raptor Bio-Zoids, and later a Bio-Megaraptor. After the village generator is destroyed in combat, Ruuji takes the Murasame Liger Zoid and leaves the village alongside Ra-Kan and Rei Mii to find a generator mechanic or the village will be destroyed. Through his journey Ruuji learns he must fight against Digald.

In einer fernen Zukunft wurde der Planet Zi aufgrund einer plötzlichen Verschiebung seiner Erdachse von beispiellosen Katastrophen getroffen. Städte versanken im Meer, die südlichen Inseln vereisten, am Meeresboden entstanden Gebirge, riesige Risse durchzogen die Ebenen und erloschene Vulkane brachen aus und bedeckten den Himmel mit grauer Asche. Angesichts dieser Katastrophen waren die Menschen machtlos. Die gesamte Zivilisation, die auf der Oberfläche des Planeten Zi existierte, brach zusammen.

Desastres naturais devastaram o Planeta Zi, matando quase todas as formas de vida. Mil anos depois, humanos restabeleceram aos poucos a civilização, recuperando Zoids antigos por meio de escavações. Numa vila em que o objeto mais precioso é uma espada gigante que eles adoram como um símbolo sagrado, um jovem garoto descobre um Zoid tipo Liger durante uma operação de resgate debaixo d“água. Com este Zoid ele desafiará as forças de Digald que querem dominar todo o planeta.

На планете Зи практически не осталось ничего живого. Люди пытаются сохранить память о прошлых цивилизациях. Много зойдов, которые когда-то существовали на этой планете, находят и восстанавливают. Раньше они использовались в быту, как средство передвижения, на войне. Существовали даже небольшие зойды, сильно похожие на живые существа. Однажды рядом с одной деревней отец и сын находят одного из таких роботов. Подросток с отцом решают перенести зойда в деревню, но в это время на нее нападают злобные скелеты. Найденный зойд пробуждается и начинает сражаться вместе с жителями деревни. Оказывается, с его помощью можно будет победить всех врагов. Но для его работы нужно топливо. И подросток отправляется на его поиски...