Rok po ostatnich wydarzeniach nielegalne śledztwo, przez które Joe został aresztowany, stawia cały zespół w dość niekorzystnym świetle. Ryan powraca na stałe do dawnych obowiązków zawodowych. Postanawia zapomnieć o bolesnej przeszłości i rozpocząć nowy związek.

Ryan believes he has found the connection between Andrew and Mark, but he and the FBI are still unsure if - and how - Joe Carroll might be connected. Meanwhile, tension between Mark, Kyle and Daisy mounts and Ryan soon finds himself in a dangerous situation, in which facing the truth is the only thing that will set him free.

Ryana dręczy koszmar, w którym Gwen zostaje wepchnięta do jednego ze stalowych pudełek. Budzi się z przerażeniem. Tymczasem Kyle i Daisy są coraz bardziej zaniepokojeni nietypowym zachowaniem Marka. Mężczyzna kwestionuje ich lojalność, co doprowadza do napiętej atmosfery w grupie. Po konferencji Hardy poznaje żonę Jeffreya Clarke'a. Kobieta obwinia go o śmierć męża, który zginął, by ochronić tajemnice Ryana. Agent Hardy kontaktuje się ze swoimi informatorami, by zlokalizować psychopatę, który wpycha swoje ofiary do małych pudełek.

Ryan obiecuje Gwen, że nie będzie miał przed nią żadnych tajemnic. Tymczasem FBI znajduje szkice Kyle'a i Daisy, które doprowadzają ich do domu ofiar z Ohio. Mark, Daisy i Kyle obmyślają plan skutecznego ataku na Ryana. Postanawiają uderzyć na bazę strażacką, w której pracował brat Hardy'ego. Mark jest coraz bardziej podejrzliwy w stosunku do swoich współtowarzyszy. W pokoju Daisy i Kyle'a znajduje laptop z tajemniczym nagraniem.

Ryan zdaje sobie sprawę z tego, że ostatnie wydarzenia mają wpłynąć na wynik procesu doktora Arthura Straussa. Daisy i ranny Kyle znów jednoczą siły z Markiem. Chcą jednak uciec od niego. Kolejnym celem Kyle'a i Daisy jest dziennikarka Carrie Cooke. Kobieta, podobnie jak Ryan Hardy, jest kluczowym świadkiem podczas rozprawy. Wkrótce zostaje uprowadzona i zabita. W związku z tym Strauss odzyskuje wolność. FBI udaje się aresztować Kyle'a. Niestety, wciąż nieuchwytna jest Daisy.

Ryan odwiedza w więzieniu Joe Carrolla. Ma nadzieję, że osadzony pomoże mu zlokalizować zaginionego Arthura Straussa. Sugeruje, że złoczyńca może korzystać z pomocy jednego z dawnych uczniów. Agenci FBI przenoszą się do Beacon, gdzie odnotowano największą liczbę zaginionych osób. Tutejszy szeryf nie kryje swojego niezadowolenia z przyjazdu detektywów. Tymczasem Strauss ukrywa się w domku w lesie i czeka na przybycie swojego najlepszego ucznia, Theo. Ten ma dla nauczyciela wyjątkową niespodziankę.

Za siedem dni ma odbyć się egzekucja Joe Carolla. Ryan ponownie odwiedza skazańca w więzieniu. Chce poznać tożsamość ulubionego ucznia Straussa. Joe informuje Hardy'ego, że psychopatyczny doktor trzymał swoich podopiecznych w izolacji, przez co większość jego seryjnych morderców nie wie o swoim istnieniu. Max zostaje oczyszczona z zarzutów. Może wrócić do pracy. Wkrótce jednak znajduje się w śmiertelnym niebezpieczeństwie.

Mike i Ryan współpracują, by znaleźć nieobliczalnego Theo, ulubieńca doktora Straussa. Ich plany niweczy Donovan. Tymczasem Theo zabija swoją nielojalną żonę, która wyjawiła śledczym największą tajemnicę swojego męża. Po ucieczce z miejsca zbrodni przestępca kontaktuje się z Ryanem, by zapewnić go, że zamierza zniszczyć jego życie.

Theo wykorzystuje swoje hakerskie umiejętności, by zniszczyć Ryana. Włamuje się do różnych komputerowych baz danych i anuluje swoje karty kredytowe. Później zgłasza kradzież samochodu. Śledzi także Gwen i zmienia jej dawkowanie leków. Przestępca chce uzyskać informacje o innych uczniach doktora Straussa. W tym celu przeszukuje biuro Julianny Barnes. Tymczasem w Atlantic City Mark opracowuje plan zgładzenia Daisy.

Zbliża się dzień egzekucji Joe Carrolla. Wszyscy wierzą, że wykonanie wyroku przebiegnie bez żadnych zakłóceń. Niespodziewanie w więzieniu zostają wzięci zakładnicy. Ryan zostaje zmuszony udać się sam na miejsce zdarzeń i to na oczach całego świata.

The investigation leads the team to a dangerous serial killer linked to Theo, while Theo and Penny seek refuge from an unknown source with the means of helping them disappear. Meanwhile, Ryan struggles with recent events, sending him into a downward spiral, and the search continues into which agent has been accessing Daisy’s laptop from inside the FBI.

A deadly deal is made, but things don’t go as planned, and Ryan makes a decision for his future.

Mike w stanie krytycznym trafia do szpitala. FBI wyznacza dodatkowych agentów, którzy mają ochraniać Ryana i Max. Stawka jest wyższa niż do tej pory. Daisy dowiaduje się o śmierci Marka z radia. Tymczasem Theo obiera sobie nowy cel - jego uwagę skupia emerytowana agentka, Gina Mendez. Postanawia użyć kobiety jako przynęty, by zwabić Ryana do bezpiecznego domu.

Ryan jest więźniem Theo. Nieobliczalny morderca przetrzymuje go w opuszczonym bunkrze. Tymczasem Alexis próbuje się dowiedzieć, co Hardy wie o jej tajemniczej organizacji. Wkrótce Ryan ucieka, podobnie jak jego prześladowca, Theo. Ten, chcąc mieć zabezpieczenie, porywa ukochaną agenta, Gwen. Dochodzi do ostatecznej konfrontacji, która zmusza Hardy'ego do podjęcia decyzji o jego przyszłości.