A un anno dalla morte di Joe Carroll, Ryan sta cercando di vivere una vita normale. Tuttavia una serie di omicidi indicano che forse Carroll non è poi morto per davvero.

Ryan riceve una chiamata dai due killer della metropolitana che lo sfidano a un gioco mortale. La copertura di Joe rischia di saltare a causa di un reverendo del luogo che lo ha riconosciuto.

L'FBI sospetta che Ryan non sia proprio fuori dal giro come vuole far credere e infatti scoprono che sta indagando su Emma e sui rimanenti membri del culto. Joe è costretto a improvvisare un nuovo piano.

Ryan e Max ignorano gli avvertimenti di Mike e continuano le loro indagini private. Intanto Joe e Mandy incontrano un nuovo seguace. Mark e Luke attirano Emma nella loro ragnatela.

Ryan e Max chiamano l'FBI quando scoprono dove Lily e gli altri sono nascosti. Tuttavia Mike ha un altro piano per effettuare l'arresto dei killer. Joe intanto cerca di adattarsi al nuovo accordo che ha con Lily mentre Luke affronta le conseguenze dell'accoltellamento di Giselle.

Ryan continua a lavorare con l'FBI per trovare Joe e Lily, Max intanto è in pericolo. Joe, Emma e Mandy arrivano a destinazione.

Ryan ha avuto carta bianca dall'FBI ed è stato incaricato di fare tutto il possibile per arrestare Joe, partendo dalle sue origini, cioè il suo mentore. Emma e Mandy cercano di adattarsi alla loro nuova vita.

Ryan e Mike stanno per smascherare la talpa. Joe sta mettendo a punto un piano per svelare al mondo che è ancora vivo.

Dopo un anno trascorso nel programma di protezione testimoni, Claire vuole riappropriarsi della sua vita. Joe è al comando finalmente e manipola i seguaci spingendoli a commettere una serie di omicidi a New York.

Joe continua senza tregua ad addestrare la comunità di Korban per realizzare il suo piano del terrore. Intanto Ryan, sereno per la prima volta da quando ha perso Claire, si trova davanti ad una sopresa che lo sconvolgerà di nuovo.

Dopo che Carroll e i suoi seguaci vengono condannati pubblicamente sui media, Joe decide di prendere un nuovo bersaglio per dimostrare la sua forza vendicativa. Intanto Ryan deve fare i conti con la scioccante verità che ha appreso...

Ryan riesce nel tentativo di infiltrarsi nel campo di Korban, e assiste ad una macabra cerimonia. Intanto Mike deve prendere una decisione che potrebbe cambiare la sua vita.

Joe Carrol mette in atto la parte finale del suo piano: insieme ai fedelissimi è in procinto di scatenare un nuovo massacro. La resa dei conti tra lui e Ryan Hardy è arrivata, e lo scontro minaccia di essere terribile...

In questo appassionante finale di stagione Ryan è costretto a collaborare col letale e folle Joe Carrol, per tentare di salvare Claire dai piani di vendetta dei gemelli Mark e Luke.