Un an a passé depuis les événements de Havenport. Ryan Hardy a fait le deuil de Claire et a tourné la page de l'affaire Joe Carroll. Mais quand trois hommes masqués tuent les passagers d'une rame de métro en clamant le retour de Joe Carroll, il est rappelé sur le terrain avec Mike Weston.

Les jumeaux tueurs partent pour un nouveau crime et décident cette fois-ci d'impliquer Hardy. Une fois encore, il va tenter d'agir sans le soutien du FBI. Joe Carroll tente de se construire une nouvelle identité, loin de tout, mais son passé et ses pulsions meurtrières le tentent toujours autant.

Weston découvre les dossiers de Hardy, qui refuse toujours de collaborer avec le FBI. Mark décide d'amener Emma au sein de son groupe. Joe décide de reprendre les meurtres et rejoindre ses fidèles, mais Judy refuse de le laisser partir.

Max et Ryan continuent de suivre Gisele qui attend ses complices dans une petite ville proche de la villa. Emma a encore du mal à pardonner à Joe, introduit dans la famille de Lily dont les intentions restent vagues.

Ryan, blessé, se laisse convaincre par Max d'appeler le FBI en renfort, mais Mike soupçonne une taupe et vient seul. Les choses dégénèrent dans la demeure de Lily alors que Joe Carroll réalise que ses aspirations ne sont plus les mêmes.

Joe, Emma et Mandy partent se réfugier chez Micah, gourou d'une secte en qui Roderick avait confiance. Pendant ce temps, Lily prépare sa vengeance contre Ryan en faisant enlever Max par un tueur en série très recherché.

Ryan recroise la route de Carrie Cooke, une journaliste de tabloïd qui cherche à suivre l'enquête sur Joe Carroll. Mais il est trop occupé à remonter la trace du professeur de Joe. Pendant ce temps, celui-ci commence à se rapprocher de Micah afin d'un jour, prendre sa place.

Voyant les exploits de Lily Fray, Micah veut répandre lui aussi son message dans le sang et Joe va l'aider dans sa tâche. Ryan et Weston cherchent la taupe dans le FBI et retrouve la trace de Jana, l'ex-femme de l'agent Mendez.

Hardy cherche à localiser la nouvelle secte de Joe en utilisant le Dr Strauss et Carrie Cooke. Furieux, le tueur répond en envoyant cinq fidèles tuer et répandre son message. Tous ignorent que ses rebondissements sont observés par Claire, qui veut elle aussi revenir.

Le message de Joe fait des émules et des groupes de fans non meurtriers du tueur se créent. Quand deux tueurs commettent un nouveau massacre dans une boutique, Hardy et Weston s'interrogent sur les motivations des tueurs et surtout sur le commanditaire, qui peut être Joe Carroll ou Lily Gray.

Joe a une nouvelle cible : le pasteur Kingston Tanner, télévangéliste qui condamne vertement les actes des fans de Carroll. Encore retourné par le retour de Claire, Hardy suit la piste et comprend que le fils du pasteur est en danger. Mandy rejoint finalement Lily Gray mais celle-ci n'est intéressé que par Joe.

Ryan s'est infiltré dans le camp de Korban, où il retrouve Joe et Emma sur le point de forcer le fils du pasteur Tanner à tuer une des fidèles. Mike et Max ont une piste pour retrouver Lily Gray, qui elle aussi se dirige vers le campement de Joe. Pendant ce temps, Claire tente de convaincre Carrie Cooke de la laisser s'exprimer à l'écran.

Après avoir envoyé Emma suivre les indices laissés dans le message de Claire, Joe lance son plan et prend d'assaut une cathédrale avec tous les hommes du culte de Korban. Ryan et Mike parviennent à s'infiltrer dans les lieux pour mettre fin au dernier coup d'éclat de Joe.

Ryan est sur le point de mettre un terme à la folie de Carroll, mais il reçoit un appel des jumeaux : ils veulent Carroll contre Claire. Le tueur et le policier vont devoir s'allier afin de sauver Claire.