Un an a passé depuis les événements de Havenport. Ryan Hardy a fait le deuil de Claire et a tourné la page de l'affaire Joe Carroll. Mais quand trois hommes masqués tuent les passagers d'une rame de métro en clamant le retour de Joe Carroll, il est rappelé sur le terrain avec Mike Weston.

Les jumeaux tueurs partent pour un nouveau crime et décident cette fois-ci d'impliquer Hardy. Une fois encore, il va tenter d'agir sans le soutien du FBI. Joe Carroll tente de se construire une nouvelle identité, loin de tout, mais son passé et ses pulsions meurtrières le tentent toujours autant.

Weston découvre les dossiers de Hardy, qui refuse toujours de collaborer avec le FBI. Mark décide d'amener Emma au sein de son groupe. Joe décide de reprendre les meurtres et rejoindre ses fidèles, mais Judy refuse de le laisser partir.

Lily Gray s'est réfugiée avec ses fils adoptifs et Emma dans une demeure privée où elle prépare le retour de Joe Carroll. Hardy parvient à retrouver sa trace avec Gisèle, revenue en ville pour achever l'ancien associé de Lily.

Max et Ryan continuent de suivre Gisele qui attend ses complices dans une petite ville proche de la villa. Emma a encore du mal à pardonner à Joe, introduit dans la famille de Lily dont les intentions restent vagues.

Ryan, blessé, se laisse convaincre par Max d'appeler le FBI en renfort, mais Mike soupçonne une taupe et vient seul. Les choses dégénèrent dans la demeure de Lily alors que Joe Carroll réalise que ses aspirations ne sont plus les mêmes.

Joe, Emma et Mandy partent se réfugier chez Micah, gourou d'une secte en qui Roderick avait confiance. Pendant ce temps, Lily prépare sa vengeance contre Ryan en faisant enlever Max par un tueur en série très recherché.

Voyant les exploits de Lily Fray, Micah veut répandre lui aussi son message dans le sang et Joe va l'aider dans sa tâche. Ryan et Weston cherchent la taupe dans le FBI et retrouve la trace de Jana, l'ex-femme de l'agent Mendez.

Un an a passé depuis l'arrestation de Joe Carroll. Enfermé dans le couloir de la mort et son culte a priori démantelé, Hardy, de retour au FBI, espère tourner la page mais une nouvelle scène de crime vient lui rappeler ses erreurs passées.

Le lendemain des meurtres mis en scène, Mark est prêt à repasser à l'action. Ryan trouve la connexion entre Mark et Andrew : le Dr Strauss, qui l'a initié comme il l'a fait avec Joe Carroll. Pendant ce temps, les fidèles de Mark visent Jeffrey Clarke.

Lors de la déclaration à la presse concernant la mort de l'agent Clarke, Hardy couvre la vérité ce qui rend Mark furieux. Daisy et Kyle sont officiellement recherchés, contrariant leurs plans, et Hardy doit faire appel à de vieux contacts pour retrouver Neil, le tueur aux boîtes.

Le FBI est parvenu à trouver une piste sur Kyle et Daisy, qui ont déjà prévu leurs prochaines attaques qui semblent viser directement la famille Hardy. Mark commence de plus en plus à douter de ses partenaires.

Le procès du Dr Strauss commence. La campagne de dénigrement organisée par Kyle et Daisy a porté ses fruits, mais ils n'en ont pas fini et s'en prennent au témoin-clé, Carrie Cooke. Hardy n'a que peu de temps pour tenter de la sauver et envoyer Strauss en prison.

Le FBI suit la piste d'un suspect mais Hardy sait qu'il n'est qu'une leurre laissé par le vrai tueur hackeur. L'exécution de Joe approche et Ryan comme Joe pensent inconsciemment de plus en plus l'un à l'autre.

Maintenant que sa sœur est morte, Theo perd pied et Ryan compte dessus pour capturer le tueur quand il s'attaquera à l'un de ses proches. Theo et Daisy s'attaquent cependant à quelqu'un à qui Ryan n'a pas pensé : Gina Mendez et sa famille. Dans son ambition, il utilise deux hommes d'Eliza.