Un an après les terribles événements qui ont coûté la vie à tant de personnes, Ryan Hardy essaie encore de se reconstruire. Il tente de mener une existence saine et équilibrée à New York. Les traumatismes sont pourtant toujours vivaces, après toutes les tragédies qu'il a dû surmonter. Sa nièce, Max, débarque en ville pour lui changer les idées. Et du soutien, il va en avoir besoin. Un tragique fait divers fait la une des chaînes d'information et ébranle la population. Des disciples de Joe Carroll ont choisi la date anniversaire de la mort du serial killer pour se livrer à un massacre dans le métro. Mike Weston, un agent pourtant suspendu, est contacté par ses supérieurs pour intervenir en tant que consultant sur l'affaire...

Le FBI est rapidement débordé avec l'affaire Carroll : son fils a été enlevé par trois de ses adeptes chargés de surveiller son ex-femme, et un autre complice commence à tuer sur les campus en utilisant son statut de policier. Hardy recherche la fausse baby-sitter et retrouve l'un des repaires des fanatiques de Carroll.

La ferme où est détenue Joey est cernée par la police, et Hardy et Parker font leur possible pour créer des tensions dans le groupe. Parker s'intéresse particulièrement à Emma, qui lui rappelle son propre passé. Claire découvre une partie de l'étendue du plan de son ex-mari.

Devant l'ampleur de la taille de la secte de Joe Carroll, les hautes instances du FBI décident de réorganiser l'équipe et d'éloigner un peu plus Hardy. Carroll entame une nouvelle étape et veut rattraper les échecs de ses fidèles en lançant une nouvelle offensive pour retrouver Claire.

Joe Carroll savoure sa victoire avec la réunion avec sa femme et prépare son nouveau mouvement implique Molly, une ancienne conquête de Ryan Hardy et tueuse en série, mais Roderick s'impatiente. Hardy a re-sombré dans l'alcool et la solitude mais doit reprendre du service quand un des contacts de Carroll est repéré.

Ryan tente d'arrêter Carroll. Ce dernier, qui retient Claire prisonnière, quitte la bateau avec elle et l'emmène dans un phare...

Un an a passé depuis les événements de Havenport. Ryan Hardy a fait le deuil de Claire et a tourné la page de l'affaire Joe Carroll. Mais quand trois hommes masqués tuent les passagers d'une rame de métro en clamant le retour de Joe Carroll, il est rappelé sur le terrain avec Mike Weston.

Lily Gray s'est réfugiée avec ses fils adoptifs et Emma dans une demeure privée où elle prépare le retour de Joe Carroll. Hardy parvient à retrouver sa trace avec Gisèle, revenue en ville pour achever l'ancien associé de Lily.

Ryan recroise la route de Carrie Cooke, une journaliste de tabloïd qui cherche à suivre l'enquête sur Joe Carroll. Mais il est trop occupé à remonter la trace du professeur de Joe. Pendant ce temps, celui-ci commence à se rapprocher de Micah afin d'un jour, prendre sa place.

Hardy cherche à localiser la nouvelle secte de Joe en utilisant le Dr Strauss et Carrie Cooke. Furieux, le tueur répond en envoyant cinq fidèles tuer et répandre son message. Tous ignorent que ses rebondissements sont observés par Claire, qui veut elle aussi revenir.

Joe a une nouvelle cible : le pasteur Kingston Tanner, télévangéliste qui condamne vertement les actes des fans de Carroll. Encore retourné par le retour de Claire, Hardy suit la piste et comprend que le fils du pasteur est en danger. Mandy rejoint finalement Lily Gray mais celle-ci n'est intéressé que par Joe.

Ryan est sur le point de mettre un terme à la folie de Carroll, mais il reçoit un appel des jumeaux : ils veulent Carroll contre Claire. Le tueur et le policier vont devoir s'allier afin de sauver Claire.

Un an a passé depuis l'arrestation de Joe Carroll. Enfermé dans le couloir de la mort et son culte a priori démantelé, Hardy, de retour au FBI, espère tourner la page mais une nouvelle scène de crime vient lui rappeler ses erreurs passées.

Le procès du Dr Strauss commence. La campagne de dénigrement organisée par Kyle et Daisy a porté ses fruits, mais ils n'en ont pas fini et s'en prennent au témoin-clé, Carrie Cooke. Hardy n'a que peu de temps pour tenter de la sauver et envoyer Strauss en prison.

Le FBI suit la piste d'un suspect mais Hardy sait qu'il n'est qu'une leurre laissé par le vrai tueur hackeur. L'exécution de Joe approche et Ryan comme Joe pensent inconsciemment de plus en plus l'un à l'autre.

Ryan est encore sous le choc de la mort de Joe, qui le hante et le ramène vers l'alcool. Max trouve une piste sur le passé de Theo : le massacre d'une famille à Philadelphie dont seul le fils avait réchappé avant de tuer le principal suspect et de disparaitre. Mark et Daisy cherchent à contacter Theo.

Theo et Ryan organisent leur échange : Mike contre Penny. Mike essaie de semer le doute entre Daisy et Mark, toujours désireux de le tuer. Ryan perd pied, boit et se laisse envahir par les idées de Joe, qui le pousse à torturer Penny.

Theo a capturé Ryan et un autre agent et s'est réfugie dans un bunker. Comme Max, Ryan comprend qu'il y a quelque chose d'autre. En effet, le réseau d'Eliza veut l'agent vivant. Les conflits d'intérêt vont entrainer beaucoup de morts.