בפרק פתיחת העונה השלישית, דני מגלה שמינדי משתפת את כל עמיתיהם לעבודה בפרטי הקשר שלהם. במקביל, מינדי מגלה סוד אפל על עברו של דני. פיטר מגלה הפתעה לא נעימה הקשורה ללורן, בת זוגו.

לאחר מפגש ראשוני לא מוצלח עם אנט, אמו של דני, מינדי נחושה בדעתה להתחבב עליה. פיטר, עדיין ממורמר מהבגידה של לורן, מנסה ללמד את מורגן לעמוד על שלו. אורחת מיוחדת: ריה פרלמן.

דני נחוש בדעתו לא לאפשר למינדי להשאיר את חפציה בדירה שלו ומציג לפניה פתרון יצירתי, למורת רוחה. מינדי חשודה בהעלמת מס ופונה אל קליף, אך נאלצת לומר לו שהיא ודני נפרדו.

מינדי מזועזעת כשדני מנסה מהלך חדש במיטה וחוששת מהשלכות העניין. פיטר מציע להעביר לה שיעורים כדי שתהיה נועזת יותר. מורגן מנסה לשים סוף למריבה של ג'רמי ושל פיטר.

לדני נמאס מבעיית האיחורים של מינדי והוא מנסה ללמד אותה לקח. ד"ר פישמן מאלצת את דני להצטרף לסדנה לבריאות הנפש. תמרה משדכת חברה לפיטר. אורחת מיוחדת: אליסון טולמן.

מינדי מגלה שאנט גונבת מחנויות ומתלבטת איך לספר על כך לדני. פיטר נרגש לגלות שאבי יודעת "לחיות את החיים", אבל ההתרגשות דועכת בתוך זמן קצר.

ד"ר פישמן לוחצת על מינדי להעביר שיעור למתמחים בבית החולים, והיא נחושה בדעתה לקחת לחסותה מתמחה חסרת ביטחון. דני מעביר את הלילה בדירתה של מינדי ומוצא את היומן האישי שלה.

נוכחותה התמידית של אנט מעיקה על מינדי, לכן מינדי מנסה לשדך לה רופא מבוגר למורת רוחו של דני. תמרה ומורגן נפרדים, והוא עובר לעבוד במשרד של פיטר.

מינדי מזועזעת לגלות איך פיטר חי ומשכנעת את דני להשכיר לו את הדירה הנוספת שלו, עד שהיא מגלה שלדני יש תכניות אחרות. ג'רמי מתנדב לשמור על הנרי, ומורגן חש לעזרתו.

ד"ר פישמן ממליצה על מינדי כמועמדת להשתלמות יוקרתית באוניברסיטת "סטנפורד". דני משדך לפיטר ידידה, אבל טעות בזיהוי גורמת לה להתחיל לצאת עם מורגן. אורחת מיוחדת: ג'וליה סטיילס.

מינדי נוסעת להשתלמות ב-"סטנפורד" ומיד מעוררת את זעמו של מנהל התכנית. דני, שלמד איתו רפואה, מציע לדבר בשבחה לפניו. תמרה פוגשת את ג'סיקה ונחושה בדעתה להביס את מורגן בטורניר כדורסל.

כשדני מעודד את מינדי לרכוש חברים בקליפורניה, היא ממהרת לצאת לבלות עם ד"ר גרגלר ונתקלת באהבה ישנה. דני ומורגן מגלים עובדה מפתיעה על אודות לורן ופיטר.

ד"ר גרגלר מציע למינדי הצעה מפתה, אבל לדני יש הפתעה משלו. לורן עוברת לטקסס ופיטר מחליט לעשות מעשה. פיטר מבשר למינדי בשורה מפתיעה.

אביו ואחותו של דני מגיעים לביקור פתע בניו יורק ומשבשים את תכניתה של מינדי לבשר לדני שהיא בהיריון. אנט מכנסת ארוחת ערב משפחתית שמידרדרת במהירות.

דני מחליט לעבור לסן פרנסיסקו עם מינדי, אבל הניסיון לבשר על כך לג'רמי לא עולה יפה כי מורגן מפיץ שמועה על כך שהוא גוסס. מינדי מגלה שאחיה רישי עובד כסוחר סמים.

מינדי סובלת מבחילות בוקר ודני מנסה לגרום לה לעבור למשטר תזונה בריא יותר. בתמורה, היא דורשת ממנו להפסיק לעשן. ג'רמי יוצא במבצע גיוס רופא חדש למרפאה. אורחת מיוחדת: ונסה וויליאמס.

מינדי מתקשה למצוא מטופלות למרפאת הפוריות החדשה שלה. הצוות הסיעודי סופג עלבונות מד"ר ברגדל, הרופא החדש, עד שהם מגלים עובדה מפתיעה על אודותיו וחשים לעזרתו. אורחת מיוחדת: קריס ג'נר.

חבר ילדות מפוקפק של דני מחליף את הכומר שלו, שמת במפתיע, ומינדי מנסה להתחבב עליו ומעמידה פנים שהיא קתולית. ג'רמי מעלה הצגת יחיד בפסטיבל פרינג'. אורח מיוחד: סטיבן קולבר.

מינדי מתוסכלת ממשקלה, והתסכול מתגבר כשג'רמי מכריז שהגיע הזמן להחליף את צילום התדמית של המרפאה. לתמרה יש פתרון יצירתי לבעיה. לפיטר יש הודעה משמחת. אורחת מיוחדת: לאוורן קוקס.

בפרק האחרון לעונה, דני עומד לפגוש את הוריה של מינדי ומבטל ברגע האחרון. מורגן מגלה עובדה מפתיעה בנוגע לאבי בנה של מינדי ומחליט לפעול. אורחים מיוחדים: לורה דרן ובי ג'יי נובאק.