El submarino U.S.S. Colorado navega por aguas del Pacífico cuando recibe orden de atacar con armas nucleares por medio de un protocolo que solo debe usarse en casos muy extremos. Al cuestionarse la orden y pedir confirmación por comunicación directa son atacados por su propio país.

Al tener el perímetro marino controlado antiataques, la aparición de un avión sobrevolando la isla hace creer a la tripulación del Colorado que un equipo de asalto se va a lanzar en paracaídas sobre la isla. Mientras, el gobierno presiona a la mujer de Kendal para que convenza a su marido de que se entregue.

Chaplin consigue llegar hasta Serrat con la intención de recuperar a sus hombres perdidos, ocasión que el nativo aprovecha para pedir algo a cambio que supondrá una maniobra de riesgo por parte del submarino. Mientras, el almirante Shepard pide a Kylie que investigue de donde salió la orden que Chaplin asegura haber recibido por un sistema secundario.

Chaplin y Kendall son oficialmente procesados y acusados de traición a su patria. Por ese motivo, parte de la tripulación muestra su disconformidad con una misión que no les concierne y piden volver a casa. Alguno llega incluso más lejos y trata de asesinar al capitán.

Marcus y Sam se disponen para recibir al secretario Curry y escuchar los términos de negociación para entregarse. Aunque esperaban una negociación dura, el secretario no piensa hacer ninguna concesión. Mientras, Grace se encarga de capitanear el Colorado en una misión para reparar una baliza del sonar. Que haya dejado de funcionar el mismo día en que llegan miembros del gobierno a la isla les pone en alerta ante un posible ataque.

Todos los habitantes de la isla se ven afectados por un ataque químico que les produce alucinaciones y pérdidas de conocimiento. Chaplin decide poner el submarino en lugar seguro mientras deja a Shepard a cargo de la seguridad en tierra.

Chaplin ordena un registro a toda la tripulación para recuperar la llave robada que daba acceso a los misiles nucleares. Durante la operación, Prosser descubre que alguno de sus hombres consume droga, por lo que se enfrenta a un traficante local. Mientras, Kylie entrega a Christine una prueba definitiva de que el gobierno está mintiendo a la nación sobre todo lo referente al USS Colorado.

Kylie ayuda a Christine a conseguir subirla al barco que va a visitar a los soldados refugiados en la isla mientras se prepara el desalojo de los que quiere volver a casa. Para celebrarlo y subir la moral de su personal, Chaplin organiza una fiesta para aliviar tensiones con los nativos, pero pronto se ve interrumpida por una mujer que acusa a uno de los soldados de haberla violado.

Kylie consigue contactar con Sam y le pide que localice y entregue a Christine, quién va de camino a la isla con el resto de familiares, las grabaciones de las cámaras que llevaban los SEAL durante su misión en suelo pakistaní para poder esclarecer quién ordenó el lanzamiento de misiles. Pero cuando el barco está llegando a la isla, unos militares pakistaníes lo secuestran pidiendo represalias a Chaplin.

Sam y King llegan a Manila donde esperan encontrar algún rastro de Christine con la ayuda de un antiguo compañero de James. Mientras, una delegación china llega a Santa Marina para ofrecer apoyo y suministros a Chaplin. Por otra parte, Hopper negocia con Kylie el acceso al video de la misión en Pakistán.

Un barco de la armada americana se dispone a interceptar el carguero chino que lleva provisiones a Santa Marina. Chaplin amenaza con usar la fuerza que sea necesaria para que ese barco llegue a puerto mientras en Washington, con la confesión de Hopper, Kylie y el almirante Shepard tratan de detener una conspiración que afecta a las más altas esferas. Una conspiración que ordena a Cortez matar a Chaplin.

El admirante Shepard informa personalmente a Chaplin de sus intenciones en la Casa blanca. Pero una explosión del barco de suminsitros altera todos los ánimos en la isla. Prosser ofrece un trato a Serrat para que le ayude a tomar el control del Colorado al tiempo que Sam intenta conseguir el apoyo de Grace para destituir a su capitán y tomar el mando para rendirse.

Prosser cree haber tomado el mando del Colorado para entregarse a las autoridades estadounidenses, pero Zheng está detrás del motín de los hombres de Anders con la intención de tomar posesión del submarino para su país. Chaplin sabe que eso desencadenaría una guerra por lo que no está dispuesto a rendirse facilmente.