美国海军科罗拉多号弹道导弹核潜艇性能优异、火力强大，堪称完美的战争机器。它载有18枚多弹头核导弹，足以震慑任何强大的对手。科罗拉多号由实战经验丰富的海军上校Marcus Chaplin负责指挥，他耿直善良，有正义感，从不屈服于任何压力。与之相反，美军的高级将领们只会一天到晚围绕在总统左右溜须拍马，曲意逢迎。现在总统面临弹劾危机，将领们的命运也发生巨变——有的辞职，有的观望，还有的站到了总统的对立面。国内的政治斗争本来和科罗拉多号上的官兵没有多少关系，但一条可疑的指令改变了一切——这条来自加密通讯频道的指令命令科罗拉多号从南极洲的停靠点向巴基斯坦境内发射核导弹。Chaplin的第一反应就是要求国防部副部长确认指令，但副部长竟出人意料地解除了Chaplin的职务，让副指挥官Sam Kendal接管科罗拉多号。尽管Kendal是一名忠诚的军人，在家乡还有一个美丽的爱妻，但他和Chaplin一样不愿意杀害无辜的人。美军精锐的太平洋舰队立即向科罗拉多号开火，艇上的官兵差点全都葬身鱼腹。　　美国政府内部通报称科罗拉多号已经叛变，要求舰队不遗余力地继续追击他们。走投无路的情况下，科罗拉多号只好转向太平洋腹地的圣玛丽娜岛寻求避难——北约组织早年曾在这里设立预警监听站。但这些军人的麻烦还远没有结束：圣玛丽娜岛上土著居民的「镇长」Julian Serrat对这群突如其来的入侵者十分反感，而艇上的海豹突击队军官James King似乎正在执行一项Chaplin和Kendal都不知道的绝密任务。　　另一方面，美国政府却对世人宣称巴基斯坦政府攻击了科罗拉多号，唯有军火承包商Kylie Sinclair不相信政府的鬼话——她的「消息源」向她证实官方的说法并非真相。她带着疑问去找Arthur Shepard将军，Shepard将军也同意她的观点——因为他的女儿Grace就在科罗拉多号上服役。　　从这一刻开始，这个令人费解的阴谋将推动世界格局发生巨变。

Marcus Chaplin警告美国政府不要靠近圣玛丽娜岛方圆200英里的「真空地带」，美国政府于是派出超过20艘战舰在外围海域将这个「真空地带」团团包围。当科罗拉多号潜艇的官兵忙于应付外围海域的威胁时，圣玛丽娜岛上又爆发了一场战斗。为了活命，副舰长Sam　　Kendal被迫带人投入战斗。Prosser用十分私人的事情来质问Marcus，并再次指责Marcus已经失去判断力，不能继续担任科罗拉多号的指挥官。

Marcus带人寻找失踪的三名科罗拉多船员，想不到竟找到了Serrat的领地，Serrat向他们提出苛刻的要求。与此同时，Kylie Sinclair与Shepherd上将秘密会面，进一步确认了发射核弹的命令来自备用频道。

美国政府决定以叛国罪起诉Marcus和Sam，但两人无暇顾及此事，一个来自团队内部的巨大威胁正在快速形成。与此同时，Sam的老朋友Paul Wells前去探望Christine，想要缓解她心中对丈夫的恐惧感。

为了结束圣玛丽娜岛的紧张局势，Marcus和Sam与美国政府展开艰苦而紧张的谈判。与此同时，科罗拉多号潜艇的一个关键系统出现故障，Grace奉命指挥一项危险的维修行动。

科罗拉多号船员遭遇一股未知力量的袭击，这是他们从未有过的经历。在迷惑、混乱的情形下，Marcus和Sam不仅无法相信任何人，甚至连他们自己也不相信了——不过，他们还是得全力协作，在拯救潜艇的同时保护圣玛丽娜岛的安全。

Marcus和Sam开始追踪那个盗走核弹发射钥匙的叛徒。Prosser不仅违抗命令，还挑起一场他无法控制的小型战争。与此同时，Grace和James必须合作处理一个危险的情况。远在地球另一端的华盛顿，美国政府将Christine当作“Sam的同谋”予以起诉。

感恩节即将来临，Marcus将科罗拉多号上的全体官兵和圣玛丽娜岛上的居民聚到一起，希望节日的喜庆气氛能弥合双方的矛盾，让两种完全不同的文化更好地融合。这一夜大家都很尽兴，但第二天早上却出事了……科罗拉多号上的一名关键船员被指控犯下了严重罪行。Grace奉命为此人进行辩护并在最短的时间内查明事情的真相。

美国政府答应让科罗拉多号船员的亲属前往圣玛丽娜岛「探亲」，但好事很快变成坏事，一场噩梦开始了。面对突如其来的情况，Marcus不得不再次考虑做出不可思议的事情。与此同时，巴基斯坦核弹攻击事件的真相终于揭晓。

Sam和James离开圣玛丽娜岛去营救被绑架的Christine。与此同时，一个中国外交官来到圣玛丽娜岛与Marcus进行谈判。人手不足及「监狱问题」困扰着Marcus，令他踏上了一条他自己根本无法想象的危险之路。　　你大概一直在纳闷：这种「国际危机」题材的剧集为什么至今没有牵涉中国？这太违背好莱坞影视节目的「常理」了。别着急，中国来了……在全剧即将大结局的「高潮期」。

一场台风、一次反叛和一场发生在华盛顿的政变行动将迫使Marcus和科罗拉多号船员与不靠谱的朋友结盟；悲伤情绪严重影响了Sam对Marcus的忠诚；圣玛丽娜岛焦急地等待着他们急需的补给品。为了让大家生存下去，Marcus究竟愿意做些什么？他会为此赔上自己的性命吗？

Kylie联合Shepard上将一起对付总统，并试图以巴基斯坦事件的真相来逼他下台。他们掌握了确凿的证据，成功似乎只差一步之遥。如果一切顺利，Marcus便可以率领科罗拉多号向美国投降并返回故里。Ernie Hudson在本集中扮演国会议长Conrad Buell，Kaylie的视频证据令他相信了这帮「叛贼」，他决定参加他们的「叛逆行动」。

在全剧最后一集里，科罗拉多号潜艇上爆发残酷的权力争夺战，埋伏在暗处的第三方势力准备向自顾不暇的科罗拉多号发动突然袭击并将其俘获。在大决战中，Marcus和Sam能笑到最后吗？