Das Atom U-Boot U.S.S. Colorado bekommt den Befehl, Atomraketen auf Pakistan abzuschießen. Da Captain Marcus Chaplin die Richtigkeit des Befehls in Frage stellt, verlangt er eine zusätzliche Bestätigung eines Verantwortlichen. Diese bleibt jedoch aus. Stattdessen wird das U-Boot von einem amerikanischen Schiff angegriffen. Die U.S.S. Colorado übersteht den Angriff und kann sich bei der Insel Sainte Marina in Sicherheit bringen. Dort übernimmt die Crew die NATO-Station und erklärt sich zur unabhängigen Nuklearmacht.

Nachdem drei Personen der Besatzungscrew vermisst werden, machen sich Captain Chaplin und sein Team auf die Suche nach ihnen. Die Spuren deuten daraufhin, dass sie vom lokalen Unterweltboss der Insel gefangen gehalten werden. Als dieser sich von Capt. Chaplin zu respektlos behandelt fühlt, lässt er eine der Geiseln hinrichten. Inzwischen treffen in Washingtion Kylie Sinclair und der Admiral Shepard aufeinander.

Capt. Marcus Chaplin und XO Sam Kendal werden von der US-Regierung zu feindlichen Kämpfern erklärt. Daraufhin stellt Chaplin allen Crewmitgliedern frei, weiterzumachen oder den Dienst zu quittieren. Kurz darauf verübt einer der Männer erfolglos einen Anschlag auf den Captain und wird festgenommen. Es stellt sich heraus, dass er auf Befehl des Verteidigungsministeriums gehandelt hat.

Der Verteidigungsminister William Curry wird die Insel besuchen, um mit Sam und Marcus über eine mögliche Rückkehr der Crew in die Heimat zu sprechen. Die Verhandlungen sind zäh – keine Seite will nachgeben. Zeitgleich gibt es eine Lücke im Sonarnetz des Sperrbereichs: Eine Batterie muss ausgetauscht werden, Grace soll mit der Colorado dorthin fahren, James wird als Taucher die Batterie austauschen. Doch die Reparatur läuft nicht gut.

Captain Marcus Chaplin ist immer noch außer sich, weil der Schlüssel zu den Nuklearwaffen nach wie vor vom Erdboden verschluckt ist. Er vermutet, dass es einen Maulwurf auf der Colorado gibt und bringt damit nicht nur seine Besatzung, sondern auch die Bewohner der Insel in Aufruhr. Bei seinen Nachforschungen kommen einige unangenehme Überraschungen zu Tage. Als er Julians vier Wände auf den Kopf stellt, dreht der durch …

Sam und Marcus suchen nach dem Verräter, der den Nuklear-Startschlüssel gestohlen hat. Als Prosser sich gegen einen Drogendealer zur Wehr setze, startet er damit einen Konflikt, den er nicht mehr kontrollieren kann. Kurze Atempause bietet eine kleine Party mit Football und Bier. Doch das jähe Ende dieser Feier bringt Probleme. Grace und James müssen zusammenarbeiten, um diese gefährliche Situation zu entschärfen. In Washington formt sich aus Christine und Kylie ein dynamisches Duo.

Das Schiff mit den Familien der Marines ist kurz vor dem Ziel, als es von der pakistanischen Navy unter Admiral Safir Ahsan gekapert wird. Die Crew der USS Colorado macht sich bereit, um die Geiseln zu befreien. Ahsan verlangt, dass die Colorado eine Atomrakete auf Indien feuert, um dessen Armee von der Invasion in Pakistan abzuhalten. Doch selbst wenn der Captain wollte, sein Schlüssel zu den Waffen ist noch immer verschwunden. Indes gibt es auf dem Transportschiff bereits Tote.

Die Crew der Colorado erwartet Besuch von ihren Familien. Der Besuch wird schnell zum Alptraum als das Boot von der pakistanischen Armee gekapert wird und die Familien zu Geiseln werden. Unterdessen wird der wahre Grund für die nukleare Zerstörung in Pakistan durch Rückblicke in die Vergangenheit der SEALs offenbart. Sams Frau Christine gerät in Gefahr auf dem Boot, doch sie kann auf einen Helden zählen, der nicht ihr Ehemann ist. Der hat unterdessen Kontakt zu Kylie und versucht sein Möglichstes, die Situation zu entschärfen.

Sam und James suchen in Manila nach Christine. Mit der Hilfe eines ehemaligen Seal-Kameraden von James gelingt es ihnen tatsächlich, Christine zu befreien. Doch dann geraten sie unter schweren Beschuss. Da es an Personal und Mitteln mangelt, um alle Gefangenen zu bewachen und zu versorgen, entschließt Capt. Chaplin sich zu einer unkonventionellen Lösung des Problems. Und eine chinesische Delegation bietet unerwartet Hilfe an.

Captain Chaplin und der chinesische Gesandte Chang erwarten das Eintreffen des chinesischen Versorgungsschiffes. Inzwischen erhält der CIA-Spionin Cortez den Auftrag, Chaplin zu ermorden. Und auch Prosser und seine Leute sind mit Chaplins Aktionen alles andere als einverstanden und planen eine Meuterei. Als Sam davon erfährt, muss er eine schwierige Entscheidung treffen.

Der Putsch gegen den amerikanischen Präsidenten steht kurz bevor. Admiral Shepard informiert auch Captain Marcus Chaplin davon, der nun wieder Hoffnung schöpft, dass die Colorado bald wieder unbehelligt in die USA zurückkehren kann. Auf der Insel versammelt Prosser derweil immer mehr Crew-Mitglieder hinter sich, die bereit sind, gegen den Captain zu meutern. Bald kann sich Marcus nur noch auf wenige seiner Leute verlassen, während Prosser sich sogar mit Serrat verbündet.

Drei chinesische Kriegsschiffe haben Kurs auf St. Marina genommen. Während sich Sam und der Captain in Gewahrsam befinden, herrscht an Bord der USS Colorado ein erbitterter Kampf um die Macht über das U-Boot. Neben Prosser taucht auch der schier wahnsinnig gewordene Anders an Bord auf. In Washington wird Kylie unterdessen vom Präsidenten höchstpersönlich kontaktiert.