Marcus Chaplin est le capitaine du USS Colorado, le sous-marin nucléaire le plus puissant jamais construit. Lorsqu'il reçoit par une fréquence secondaire l'ordre de tirer quatre missiles nucléaires sur le Pakistan, il défie le protocole et demande confirmation. En faisant cela, son sous-marin se fait tirer dessus par le USS Illinois et est laissé pour mort au fond de l'océan. Les États-Unis accusent le Pakistan de l'attaque, ce qui conduit à une frappe nucléaire contre ce pays. L'équipage, des présumées victimes du Colorado, prend le contrôle de l'île de Sainte Marina où se trouve une installation radar de l'OTAN. Chaplin menace de lancer ses missiles à n'importe quel pays, y compris aux États-Unis, qui attaquerait son navire ou cette île.

Après avoir décrété un territoire inoccupé de 200 miles, autour de l'île sur laquelle le sous-marin et son équipage ont accosté, le capitaine Chaplin doit faire face aux réticences de certains membres de son équipage à le suivre dans sa démarche. Une flotte de navires de guerre se poste autour de l'île, ce qui incite Chaplin à enclencher le prototype servant à effacer la signature magnétique du sous-marin, et de disparaître des radars. Une équipe d'intervention est alors larguée sur l'île. L'équipage se prépare alors pour se protéger de ces assaillants. Le lieutenant Shepard doit quant à elle se confronter à des problèmes d'autorité. Deux membres de l'équipage ont disparu, deux équipes sont alors créés pour aller à leur recherche sur l'île. Pendant ce temps à Washington la femme de Kendhal est malmenée par des membres du gouvernement lors d'un interrogatoire.

La recherche par Marcus de trois membres d'équipage portés disparus le mène à Serrat et ce dernier lui demande une rançon. Entre temps, une rencontre entre Kylie et l'amiral Sheppard confirme à cette dernière que l'ordre de faire feu émanait bien d'une fréquence secondaire.

Alors que Marcus et Sam apprennent qu'ils seront accusés de trahison envers les États-Unis, une grosse chicane éclate entre les membres d'équipage. Entre temps, un vieil ami de Sam tente de rassurer Christine, la femme de ce dernier, sur la suite des choses.

Le secrétaire de la défense arrive sur l'île pour tenter de négocier avec le commandant Chaplin et Le commandant en second. Durant les négociations, Chaplin fait pression en mettant dans la balance les membres des forces spéciales récupérés, ce qui effraie le secrétaire de la défense. De son côté, Grace se retrouve commandant par intérim du sous-marin et doit faire face à plusieurs menaces. Christine se rallie à Kylie afin de dévoiler la vérité.

Les membres de l'équipage de l'USS Colorado sont contaminés par un puissant hallucinogène dispersé dans la réserve d'eau de l'île. Un à un, les marins perdent connaissance. Les rescapés, totalement désorientés, s'organisent tant bien que mal pour protéger le sous-marin. Serrat, qui a été vu en compagnie des mystérieux assaillants, semble impliqué dans cette attaque-surprise. Ces derniers projettent de kidnapper un des membres des Seals. A son réveil, Sam s'associe alors à James pour contrecarrer le plan ennemi. A bord du sous-marin, un incendie se déclare, mettant en péril le capitaine et son équipage à bord, affaibli par la drogue...

Le capitaine Chaplin enquête pour découvrir l'identité du traître parmi l'équipage qui a saboté le sous-marin et volé sa clé de lancement. Alors que Sam s'inquiète des tensions causées à bord par les fouilles répétées imposées aux marins, il apprend de la bouche du survivant des Seals qu'une faction à Washington soutient le USS Colorado, désireuse que son équipage devienne un symbole de résistance contre le gouvernement en place. Le groupuscule promet en échange l'amnistie aux marins, seulement si le capitaine est déchu de son commandement. A Washington, Christine est inculpée pour avoir comploté aux côtés de Sam...

L'île toute entière souffre de plus en plus du blocus. Marcus décide tout de même de partager les maigres provisions de l'équipage avec les insulaires durant un repas censé célébrer Thanksgiving. Mais le lendemain, les choses tournent mal lorsqu'un des sous-mariniers de l'équipage, Anders, est accusé d'avoir violé une jeune fille. Le père de Tani suggère de faire appliquer la justice locale, violente et implacable. Chaplin refuse et décide de juger l'accusé comme on le fait habituellement dans la Navy. Tandis que le procès se prépare sur l'île, Sophie parvient à identifier la fréquence utilisée par la taupe, mais échoue à trouver le transmetteur...

Les membres de l'équipage et les insulaires s'apprêtent à recevoir la visite de leurs proches, autorisés à débarquer sur l'île. Alors que le navire fait route, il est attaqué par un commando pakistanais. Les preneurs d'otages posent alors un ultimatum au capitaine : s'il refuse de les aider à éliminer une force d'invasion indienne qui menace leur pays, les familles mourront. Marcus doit alors envisager de faire usage de l'arme nucléaire. Mais en l'absence de la clé de lancement, il est dans l'incapacité d'agir. Dans le même temps, une importante révélation est faite concernant les raisons de l'attaque américaine contre le Pakistan...

La marine américaine envoie un destroyer pour intercepter le navire de ravitaillement chinois qui fait route vers les côtes. Mais l'USS Patrick Lawrence est commandé par un admirateur du capitaine Chaplin. Sam, meurtri par la mort de sa femme, refuse de continuer de travailler aux côtés de Marcus. A Washington, Kylie dévoile la trahison du Président à une poignée de hauts fonctionnaires, tandis qu'un coup d'Etat se prépare. Serrat conclut un accord avec la Chine de façon à exploiter les ressources, rarissimes, dont l'île dispose. Pilar Cortez décide de révéler des informations très personnelles au capitaine...

Grace et Kylie travaillent ensemble pour faire tomber le président. Pour y parvenir, cette dernière s'apprête à utiliser contre lui les informations dont elle dispose sur le Pakistan. Sur l'île, une bataille d'alliances s'engage. Informé par l'amiral Shepard qu'un coup d'Etat pourrait avoir lieu prochainement, Marcus entrevoit enfin la possibilité d'un retour dans le Colorado. De son côté, Sam est déchiré entre sa loyauté envers Marcus et son envie de se joindre à la mutinerie dirigée par Prosser. Il tente d'obtenir quelques heures de plus avant que ses hommes n'attaquent le sous-marin. Mais Marcus a placé une taupe, Brannan, chez les mutins...

Un violent affrontement éclate à bord de l'USS Colorado, laissant le champ libre à un tiers pour prendre le contrôle du sous-marin et assujettir l'équipage à son plan. Marcus, qui a fait payer sa trahison à Sam en l'enfermant dans le bateau, est prêt à tout pour défendre le Colorado. Depuis l'île, Sophie est chargée de communiquer les informations à Washington. Kendal confie à la jeune femme une mission particulièrement délicate : exiger des autorités qu'elles lancent une attaque aérienne sur le navire, de façon à ce qu'il ne tombe pas entre de mauvaises mains. Alors que l'attaque est imminente, l'équipage cherche désespérément un moyen de survivre...