1949년 '모험활극문고(나중에 '소년화보'로 바뀜)'에 연재를 했던 『지구SOS』는 당시 참신한 스토리와 '고마츠자키'씨가 그린 우주인이나 정밀한 메카닉과 디자인으로 공상과학물을 좋아하는 청소년들에게 신선한 충격을 주었던 작품이다. 수십년이 지난지금 다시 애니메이션으로 만들어지게된 『Project Blue 지구SOS』의 감독으로는 『울프스레인』,『나루토 극장판』의 '오카무라텐사이'씨가 맡게되었다. 그리고, 메카닉디자인으로는 『애플시드』에서 감독과 프로덕션디자인을 담당했던 '아라마키신지'가 애니메이션 제작은 『이니셜D』등을 제작한 A.C.G.T가 진행하게되었다.

서기2000년(원작에서는 2000년이 수십년후이므로 과학이 상당히 발달한 미래로 그려져있다.), 미지의 외계의 행성에서 외계인들이 지구침략계획이 진행되는 가운데 세계의 각지에서 괴사건들이 발생한다. UN에서는 세계의 뛰어난 과학자들을 모아 극비로 지구방위조직인 '미궁기관'을 결성시킨다. 그리고, 우연히 이 '미궁기관'과 행동을 같이하게된 주인공인 두소년, '빌리키무라'와 '페니카타'과 정체불명의 침략자들과의 싸움이 시작된다.