"Fraulein D." überzeugt den galaktischen Rat, dass Yuna gefährlich ist, woraufhin dieser den Sonderermittler Klasse-A, Saline Misaki, zur Beobachtung von Yuna auf die Erde schickt. Außerdem schickt Fraulein D. ihre Gehilfinnen Lucia und Lica. Diese sollen Yuna aus der Stadt locken, damit Fraulein D. sich als Yuna ausgeben und mit einem falschen El-line in der Stadt herumwüten kann.

In dem Spiel wurde wohl Yuna als eine Kämpferin des Lichts ausgewählt und muss gegen die Mächte der Finsternis kämpfen. Unterstützt wird sie dabei von weiteren "Galaxy Frauleins". Außerdem kann sie den Kampfroboter El-line benutzen. Normalerweise besucht sie zusammen mit ihrer ewig hungrigen, aber unglaublich starken, Freundin Yuri eine ganz gewöhnliche Schule auf der Erde. Yuri ist ein Androide, den sie auf dem Mond in einem Grab fand. Sie hat aber alle Erinnerungen daran verloren, wann und warum sie erschaffen wurde.

Yuna Kagurazaka, a clumsy and sweet sixteen year old girl, had her life drastically changed when she won an intergalactic contest for the person with the purest heart. Now, she is an intergalactic superhero and magical girl known as the Savior of Light. She pilots the mecha El Line to maintain the peace of the universe. But Yuna’s entire world is shaken when she is wrongfully accused of destroying a city with El Line. She is captured and taken prisoner by Misaki Ichijouin, a special agent from the Galaxy Alliance. However, Misaki soon realizes that she has been deceived, and teams up with the rest of Yuna’s friends to free the Savior and save the galaxy before an evil force is restored to power.

'Miss D.' overtuigt de Galactische Raad ervan dat Yuna gevaarlijk is, en de Galactische Raad stuurt Special Investigator Class-A, Saline Misaki, naar de Aarde om Yuna te observeren. Daarnaast stuurt juffrouw D. haar assistenten Lucia en Lica. Ze worden verondersteld Yuna de stad uit te lokken, zodat Miss D. zich kan voordoen als Yuna en op rooftocht kan gaan in de stad met een nep-El-line.

In het spel werd Yuna gekozen als een vechter van het licht en moet ze vechten tegen de krachten van de duisternis. Ze wordt gesteund door andere 'Galaxy Fräuleins'. Ze kan ook gebruik maken van de El-line gevechtsrobot. Meestal gaat ze naar een gewone school op aarde met haar eeuwig hongerige, maar ongelooflijk sterke vriend Yuri. Yuri is een androïde die ze heeft gevonden in een tombe op de maan. Maar het heeft alle herinneringen verloren aan wanneer en waarom het is gemaakt.