2120년 도쿄. 하이퍼 트랜스포트 사의 대형 수송 드론이 사고로 추락한다. 갓 부임한 후생성 공안국 형사과 1과의 감시관인 신도 아라타와 케이 미하엘 이그나토프는 사고 조사에 나선다. 트랜스포트 사의 회계사인 아사히 릭 펠로우즈가 실종된 것을 확인. 수색을 위해 아라타는 추적 대상자에 이입하는 스킬로 릭의 행동을 추적하지만, 얼마 지나지 않아 바다에 떠 있는 사체를 발견한다. 상황적으로 사고사로 판단되지만, 릭의 죽음에서 수상한 점을 발견한 아라타와 케이는 수사를 계속한다. 사고를 위장해 내부 고발자를 입막음하려던 인물의 그림자에 다다른다.

위장 사고의 수법을 파악한 1과는 하이퍼 트랜스포트 사의 임원인 요네하라를 쫓아 폐기 구역으로 간다. 슬럼가 출신인 이리에 덕분에 도망간 곳을 찾아내지만, 도착했을 때 요네하라는 이미 사망한 상태. 아라타와 케이는 주범인 사사가와를 쫓기 위해 시모쓰키의 명령을 무시하고 아리아케 공항으로 달려가지만, 외무성 행동과 소속인 고가미 신야와 기노자 노부치카에게 저지당한다. 하지만 아라타가 그들의 목적을 눈치챘을 무렵, 행동과 요원이 기내에서 사사가와를 체포한다. 사건 해결 후 어느 날, 호텔에서 추락한 시체가 발견되었다. 현장에 출동한 1과는 실수와 우연의 연속이라는 점에서 수송기 사고와 비슷하다는 것을 깨닫는다. 자살인가, 사고인가. 수사를 위해 피해자 관계자인 아이돌 정치인 고미야 카리나를 만나러 가는데...

고미야 카리나를 만난 아라타는 그녀에게서 무언가를 감지하지만 사건의 단서는 잡지 못한다. 그 후, 또 하나의 도지사 후보인 야쿠시지 헤라클레스 고스케의 비서, 리 아키의 살해 사건이 발생. 습격한 쪽과 습격당한 쪽, 1과는 두 팀으로 나누어 수사를 하기로 하는데...

정직 처분을 당한 케이를 대신하여 공안국과 수사 컨설턴트를 연결하는 프리 저널리스트인 구니즈카 야요이가 가담한다. 수사를 진행하던 중 고미야 카리나의 중대한 비밀을 알아챈 1과는 다음 타겟이 카리나가 되리라 추측하고, 도지사 선거 공개 토론회장인 기가 아레나로 향하는데...

아라타들은 남은 폭탄 인간이 3명임을 알아내나, 뉴타운 공장 지대에서 세 번째 자살 폭탄 테러가 일어나 아우마 대사가 사망한다. 한편 연속 폭탄 테러의 단서를 잡기 위해 헤븐스리프에 잠입한 케이와 기사라기는 증거를 찾아내지만 적에게 간파당하여 잡히고 만다.

멘탈 트레이스를 통해 사망한 줄 알았던 크리스의 생존을 알아낸 아라타는 폭탄 테러의 진상을 밝혀낸다. 한편, 헤븐스리프의 강제 수사에 나선 시모쓰키는 2과를 이끌고 케이의 수색에 임한다. 궁지에 몰린 토리는 마이코를 인질로 잡고 케이와 대치하는데, 순간의 허를 찌른 마이코의 손에 목숨을 잃는다.

도미노처럼 벌어지는 사건들의 전체상을 파악하기 시작한 1과는 외무성 행동과와 협력을 맺고 수사를 계속한다. 아라타는 다시 표적이 될 도지사의 호위를 맡는다. 한편 케이는 기사라기를 미끼로 써서 덫에 걸린 상대를 만나기 위해 지정 장소를 찾아가는데, 그곳에 나타난 사람은 호무라 시즈카였다.