在一個可以對思想進行分析的潛在犯罪和精神動盪威脅世界中，督察常守朱（Tsunemori Akane）被派去處理她的第一起案件，還有檢查專員宜野座伸元（Ginoza）和一群執法者，警方僱用了潛伏的罪犯為他們工作 。 朱（Akane）的案子涉及一名瘋子，該瘋子劫持了一名婦女作為人質並強奸了她，將自己陷於無家可歸者居住的建築物中。

當Kogami正在從Akane的Paralyzer射擊中恢復健康時，她開始擔心她是否適合擔任檢查官，因為她的第一個案例引起了爭議。 在工作的第二天，她開始了解與之合作的Enforcer的更多信息。

Ginoza和Akane與Enforcer一起被帶到無人駕駛飛機製造廠調查由無人駕駛飛機造成的死亡。 當全體員工的“心理通行證”退房時，他們質疑這是意外還是謀殺。

當CID被帶到調查Kimihiko Hayama的失踪時，他們發現不僅他被殺了，而且有人接管了他的虛擬頭像Talisman。 CID試圖追踪假的護身符以找到兇手。

CID搜尋（Kimihiko Hayama）的兇手，導致他們再次犯下了同樣的作案手法。 現在由CID決定如何追踪兇手的真實身份並為受害者爭取正義。

讀完Kogami的人事檔案後，Akane試圖了解有關Kogami過去的歷史以及他為什麼成為Enforcer的更多信息。 同時，CID偵探試圖找出是誰在幫助金原原在八王子無人機事件中謀殺。

在意識到最近的謀殺案和標本案確實存在聯繫之後，Ginoza將Kogami撤下了案，並要求Tsuemori對其進行監視。 經森與小神津商議了筱山被殺的事件，並給了他一個證據：模糊的牧島圖像。 同時，牧島在與另一位老人的研究中，揭示了（Rikako Oryo）父親去世的情況，並討論了這個“完美”世界中預期壽命縮短的性質。 後來，裡嘉子在牧島的同事崔國成的幫助下繼續犯罪，並綁架了另一名擔心她朋友失踪的同學。

Kogami憑藉其分析技巧，確定了女童學校兇手與幾年前未解決的案件中的兇手不同。 他解釋說，最近的謀殺案缺乏“原始性”，並指出了先前謀殺案的社會評論。 當他和通森意識到罪魁禍首是學生之一時，他們找到了梨香子-當其中一位老師阻止小神倖免於死時，李香子逃了出來。 在Enforcers試圖找到她的秘密路線和隱藏地點時，Rikako逃離了-但不是在每個人都發現她的最新作品之前。 Makishima叫Rikako告訴她，她很失望，並請他的一位同事解雇了她。 同時，Kogami拾取了由Makishima故意遺留的損壞的音頻文件。 由於理光子的失敗，牧島對小神井產生了興趣。

Kogami試圖追踪Makishima，帶Tsunemori拜訪了他的前任老師Saiga Jouji，他同意為她提供速成班的犯罪記錄； 然而，吉諾薩嚴厲地譴責了她，結果引起了爭論。 之後，正岡通過揭示自己的過去來解釋她的木野座的態度。 同時，牧島與Senguji討論了人類和哲學，Senguji在較早的一次採訪中透露自己幾乎是一個完整的機器人。 他給了他下一個目標：Shinya Kougami。

Makishima和Senguji以Tsunemori的朋友Yuki為誘餌，將Kogami引誘到一個廢棄的地鐵站裡，進行了一次狩獵。 進入車站後，小神發現了結城，並與通森失去了聯繫； 正如好奇的牧島從上方觀察到的那樣，兩人必須躲避Senguji和他的犬無人機。 Ginoza責罵Tsunemori允許Kogami獨自生活，但Masaoka對待他對她的待遇感到震驚。 同時，牧島（Makishima）進行了追捕行動，目的是讓Kogami有機會創建一個工作正常的應答器，結果Kogami與外界的人員聯繫，他們進入了他的行列。

用一架無人駕駛飛機為他提供統治者的武器，小神設法擊敗了千石寺並殺死了他，儘管他在此過程中也開了一些槍。 就在這時，結城被牧島（Makishima）俘虜，而小神力太弱了以至於無法跟隨。 由於正岡傾向於小神的傷害，常森獨自去追捕牧島。 令她震驚的是，她發現自己的統治者對他毫無用處，因為他的犯罪係數水平太低，牧島將他的謀殺意圖歸因於他自己的自由意志。 他給了Tsunemori機會嘗試用千石寺的s彈槍殺死他，但她發現自己無法做到這一點，被迫無奈地看著Makishima殺死Yuki在眼前。

該劇集發生在該系列劇的三年之前，主要關注Yayoi，他是樂隊的吉他手，之後因潛伏罪犯而被關進康復設施。 當她焦急地等待釋放時可以再次彈吉他時，仍然是一名偵探的Kogami和Ginoza接觸到了她曾經熟悉的地區發生的一系列犯罪。 她最初拒絕了他們的提議，直到Kogami給她一些吉他弦，這使她想起了她敬佩的吉他手Rina Takizaki。 當他們調查的俱樂部在小神的搭檔partner山光（Mitsuru Sasayama）主動開槍處理與燃燒莫洛托夫雞尾酒有關的罪魁禍首後被縱火時，彌生決定尋找裡娜，卻發現她是一個希望出售燃燒莫洛托夫雞尾酒的抵抗組織的成員 推翻賽比爾系統的過程。

Ginoza會見了有關牧島的公安局局長，後者秘密地向他透露了標本案件的真正罪魁禍首，三年前的Touma Kouzoburou，就像牧島一樣，在“犯罪方面無症狀”。 她敦促他不要讓公眾懷疑，並命令他抓捕牧島。 在Yuki的葬禮之後，Akane同意接受“記憶瓢”，根據她對事件的記憶為Makishima提供照片，儘管其他人警告說這可能會損壞她的Psycho-Pass。 儘管恢復了令人痛苦的記憶，但“記憶瓢”仍成功完成，而她的“心理通行證”未達到危險水平，提供了Makishima的照片圖像以協助調查。 後來，Ginoza與實際上是他父親的Masaoka討論了Akane如何設法使她的Psycho-Pass變得烏云密布。

一名戴頭盔的男子闖入藥房，殺死工作人員，並帶著毒品離開。 當MWSPB到達現場時，他們發現他的係數不夠高，無法發出警報。 同一個人在公開場合襲擊了一名婦女，在人群面前用錘子和Psycho-Pass掃描儀對其殘酷毆打致死。 後來，團隊得知更多的罪犯，戴著相同的頭盔，搶劫了一輛裝甲車。 Kogami推斷第二起犯罪行為有動機，將他們的調查引向了一名叫Jyunmei Itoh的男子，他對受害者懷恨在心。 當伊藤試圖逃脫時，小神推論說頭盔模仿了無辜旁觀者的明顯通行證，從而幫助罪犯避免逃避。 在茜和正岡的幫助下，他逮捕了兇手。

隨著頭盔殺戮鏡頭的出現在互聯網上，頭盔被分發給更多的罪犯，這些罪犯開始公開進行更多可怕的犯罪，以自衛的名義促使公眾進行嗜血的報仇。 當MWSPB被派去鎮壓暴動時，小神推斷這起暴動意在將警察從衛生和福利部設在Sibyl系統的Nona塔設施中撤離。 當牧島和他的幫派闖入時，小神，赤羽和秀西前往現場。

當茜，小神和水井進入諾娜塔時，牧島打算充當塔頂的引水道，而古城則到達隱藏地下室中西比爾系統的核心。 小水和赤羽決定在秋水下降到地下室時追趕牧島到塔頂。 下降到隱藏的地下室之後，水秀失去了與網絡的聯繫，並發現了西比爾系統背後的真相。 同時，小神與卷島戰鬥。 Makishima擊敗Kogami，但被Akane淘汰。 Kogami指示Akane殺死Makishima，但Akane能夠控制自己的情緒。 與此同時，水秀擊敗了守衛，並在西比爾系統的心臟處與居城對立，後者突然被卡塞殺死，後者被揭露是機器人，並推翻了她的統治者向水秀開火。

在將捲島收進去並控制了暴亂之後，小神仍然對如何判斷卷島以及朔西的下落感到好奇。 那天晚些時候，Kasei告訴Ginoza，Makishima的案子已經從MWPSB的手中移交給他，並命令他調查Shuusei的下落，這對Ginoza和Kogami都很生氣。 後來，牧島與Kasei面對面，Kasei自稱是Kouzoborou，並與Kasei共用一個控制論機構。 他向Makishima解釋了Sybil系統的真正本質，該系統被證明是一個超級計算機網絡，由像他這樣的無犯罪行為的人的大腦組成。 Kouzoborou讓Makishima成為系統的一部分。 但是他拒絕了，取而代之的是殺死了Kouzaborou，並從過境中逃脫了，這應該帶他去福利部，然後短暫地與Kogami聯繫以了解他的逃脫情況。

色相現在有問題的Ginoza避開了強化治療，以便繼續研究Kogami和Makishima。 他與正岡爭辯他的“軟弱”，並宣布打算徹底擺脫“迷戀”。 與此同時，小神明前往賽加羚羊，以找出牧島的下一步行動。 兩種推測，即牧島可能試圖干預日本的食品供應，以為該國施加開放邊界。 Shion盡最大努力安慰Akane，Kasei與Sibyl聯繫確定他們的新“典當”。 後來，一架支配無人機的無人機來到辦公室茜茜，並宣布將告訴她一切的真相。

在牧島努力對病毒進行重新編程時，小神和MWPSB都到達了工廠，小神指示茜要求他們關閉該設備的電源以繞過安全措施。 在抵達之前，茜茜（Akane）設法說服西比爾系統（Sibyl System）將她的統治者保持在Paralyzer模式下，並且無論犯罪係數如何，安全性都將被解鎖，以用作對抗牧島和小神的王牌。 關閉電源後，小牧潛入該設施，而茜和彌生則前往控制室，以防牧島試圖啟動應急電源。 在發現控制室空無一人的情況下，茜茜意識到吉諾薩和正岡正處於危險之中。 當Ginoza跳下陷阱後被困在容器下時，正岡與牧島面對面。 儘管Masaoka似乎佔據了上風，Makishima威脅用炸藥將Ginoza炸毀，最終Masaoka犧牲了自己以拯救他的兒子。

在牧島努力對病毒進行重新編程時，小神和MWPSB都到達了工廠，小神指示茜要求他們關閉該設備的電源以繞過安全措施。 在抵達之前，茜茜（Akane）設法說服西比爾系統（Sibyl System）將她的統治者保持在Paralyzer模式下，並且無論犯罪係數如何，安全性都將被解鎖，以用作對抗牧島和小神的王牌。 關閉電源後，小牧潛入該設施，而茜和彌生則前往控制室，以防牧島試圖啟動應急電源。 在發現控制室空無一人的情況下，茜茜意識到吉諾薩和正岡正處於危險之中。 當Ginoza跳下陷阱後被困在容器下時，正岡與牧島面對面。 儘管Masaoka似乎佔據了上風，Makishima威脅用炸藥將Ginoza炸毀，最終Masaoka犧牲了自己以拯救他的兒子。

Kogami和Makishima互相對抗，而Kogami設法取得了成功，但是當茜到達現場時，他們的戰鬥就破裂了。 茜沒有逮捕小神，而是給了她改良的統治者，這樣他們倆都可以追擊牧島。 牧島試圖通過卡車逃脫，但茜設法設法登上它並使其輪胎爆裂，導致其墜毀。 與茜一起受傷受傷的戰鬥時，小神重裝上了左輪手槍，並在試圖逃脫時追趕牧島。 牧島到達他的路的盡頭時，只是等著小神最終射殺了他，而茜卻對此無能為力。 此後，賽比爾系統告訴茜，在公眾開始接受的時候，他們打算如何使自己公開，儘管茜回應說，有一天人們將與他們站在一起。