Lt. Roberts ist in Afghanistan auf eine Landmine getreten und hat dabei ein Bein verloren. Er wird auf die „USS Seahawk“ geflogen, wo ihn Doktor Ferraro operiert und ein Teil des verletzten Beines amputiert. Roberts Zustand verschlechtert sich zusehends: Blutdruck und Herzfrequenz sinken rapide … Indes müssen Admiral Chegwidden, Lieutenant Singer und der Secretary of the Navy vor einem Senatsuntersuchungsausschuss aussagen und sich für den Einsatz in Afghanistan verantworten.

Nach der erfolgreichen Amputation seines Beines befindet sich Lieutenant Bud Roberts auf dem Weg der Besserung. Währenddessen übernehmen Harm und Mac die Verteidigung von Corporal Maars, der vom Marine Corps desertiert ist und sich den israelischen Streitkräften angeschlossen hat, nachdem er zum jüdischen Glauben übergetreten ist. Turner und Singer übernehmen die Anklage. Bald stellt sich heraus, dass Singer aus taktischen Gründen während des Prozesses gelogen hat …

Gunnery Sergeant Akers wird beschuldigt, seine Frau erschossen zu haben. Mit Buds Hilfe findet Harm heraus, dass Tommy, Akers Sohn, für die Tat verantwortlich ist. Er hat seine Mutter aus Angst erschossen, als sie betrunken mit einem Messer auf ihn losging. Um das Kind zu schützen, hatte Akers dann behauptet, für die Tat verantwortlich zu sein … Bud, der die quälende Reha schon abbrechen wollte, ist mittlerweile wieder motiviert und nimmt das schmerzvolle Training wieder auf.

Harm verteidigt zusammen mit Lieutenant Commander Manetti zwei Seals, die an dem Tod eines jungen Hilfssheriffs schuld sein sollen. Ihnen wird vorgeworfen, bei einer Übung mit überhöhter Geschwindigkeit unterwegs gewesen zu sein, woraufhin der Hilfssheriff die Verfolgung aufnahm, die Kontrolle über seinen Wagen verlor und einen Abhang hinunterstürzte. Indessen wird Bud Roberts aus der Reha entlassen. Für Harriet und ihn beginnt eine schwierige Zeit …

Der Wartungsoffizier Petty Officer Moritz wird angeklagt, für den Tod von Co-Pilot Zuzello verantwortlich zu sein. Während einer Flugübung in großer Höhe verlor das Opfer plötzlich das Bewusstsein und starb kurze Zeit später. Bei der Untersuchung seines Sauerstoffgeräts wird Graphit in der Leitung gefunden, das anscheinend bei der Reinigung dort hineingelangte – doch Harm glaubt nicht an die Schuld seines Mandanten und stellt eigene Nachforschungen an …

Harm verteidigt Commander O’Neill, die bisher eine Bilderbuch-Karriere gemacht hat. Doch dann passierte es: Eine Rüge wegen fehlerhaften Verhaltens verärgerte ihren Untergebenen Lieutenant Kersey so sehr, dass er sie aus Rache wegen sexueller Belästigung anzeigte. Eine Anhörung soll nun entscheiden, ob der Fall vor ein Kriegsgericht kommt. Mehrere Zeugenaussagen belasten die Angeklagte schwer. Doch dann erfährt Harm, dass sie lesbisch ist …

J.A.G. versucht, mehr über das seit 34 Jahren spurlos verschwundene U-Boot „USS Angel Shark“ herauszufinden. Nach langwierigen Recherchen erfahren Harm, Turner und Mac, dass die CIA der Auftraggeber ihres letzten Einsatzes war. Trotz erheblicher Behinderungen durch die CIA erfahren sie weitere Einzelheiten: Die „USS Angel Shark“ sollte im Ochotskischen Meer unterirdische Telefonkabel der Sowjets abhören. Doch die Sowjets waren gewarnt und erwarteten sie bereits …

Ein großes Truppen-Manöver steht an, das General West dank seiner unkonventionellen Methoden gewinnt. Sein Kampfgegner, General Manzarek, ist dabei gleichzeitig sein Vorgesetzter. Nach dem Manöver wird West wegen Befehlsmissachtung vor Gericht gestellt. Harm hat alle Hände voll zu tun, um vor Mac – die zum ersten Mal in ihrer Laufbahn auf dem Richterstuhl sitzt – die Unschuld seines Mandanten zu beweisen …

Kurz vor einer Fanglandung entdecken zwei Bootsmannsmaate im Landebereich einen Fremdkörper – schnellstmöglich versuchen sie, das Metallstück zu entfernen. In diesem Augenblick landet die Hornet. Als die Fangtrosse reißt, wird einer der Männer von dem Seilende getötet, der andere schwer verletzt. Singer, die gerade an Bord ist, ordnet eine umfassende Untersuchung an. Derweil läuft auch eine Untersuchung wegen unschicklichen Verhaltens gegen sie …

Ein Serienkiller treibt sein Unwesen! Immer wenn die „USS Gillcrist“ einen Hafen anläuft, wird dort eine Prostituierte ermordet. Um die Recherchen zu unterstützen, fliegen Harm und Manetti nach Neapel. Der Captain der „USS Gillcrist“ – eine Frau – unterstützt sie dabei nach besten Kräften. Doch trotz intensiver Suche innerhalb der Mannschaft finden sie keinerlei Hinweise auf den Täter – bis Harm auf die Idee kommt, die Angehörigen der Mannschaftsmitglieder zu überprüfen …

Zu Weihnachten befinden sich Harm und Boone auf dem Flugzeugträger „USS Coral Sea“ mitten im Atlantischen Ozean. Am Abend sind sie zu einer Weihnachtsfeier bei Bud Roberts und seiner Frau Harriet eingeladen, aber durch einen technischen Zwischenfall ist der Rückflug gefährdet. Indessen müssen Bud und Harriet feststellen, dass sie keinen Sold überwiesen bekommen haben und somit keinen Cent besitzen, um das Abendessen zu kaufen …

Während einer Schilddrüsenoperation stirbt die Tochter von General Kubin an plötzlichem Herzversagen. Der verdächtigt den Chirurgen und die Narkoseärztin, einen Kunstfehler begangen zu haben. Während einer Anhörung stellt sich jedoch heraus, dass der General eine Schwester zu einer belastenden Zeugenaussage gedrängt hat. Derweil entlarvt Roberts einen Lieutenant, der sich durch Selbstverstümmelung seine Pension vorzeitig erschleichen will.

Lieutenant Duncan, der für die Marines eine virtuelle Realität für Trainingszwecke entwickelt, behauptet in der Öffentlichkeit, dass das Computersystem fehlerhaft sei – woraufhin die Navy sofort den Vertrag mit der Herstellerfirma beendet. Duncan wird auf eigenen Wunsch aus der Navy entlassen. Doch dann zeigt sich, dass der Fehler von ihm absichtlich herbeigeführt wurde. Inzwischen hat er den Quellcode gestohlen, um ein Computerspiel daraus zu entwickeln.

Ein älterer Herr kommt auf dem Nationalfriedhof Arlington mit der jungen Kylie ins Gespräch. Er erzählt ihr die Geschichte einer großen Liebe: Im Jahr 1945 lag ein Hospitalschiff vor Iwo Jima, um dort die Verwundeten zu versorgen. An Bord verliebte sich ein junger Mann namens Graham in die Krankenschwester Beverly. Dann wurde bei einem letzten Angriff der Kamikazeflieger das Schiff fast zerstört und Beverly unter den Trümmern begraben …

Als sich Commander Ridley auf einem Kontrollflug über Afghanistan befindet, sieht er plötzlich am Boden Luftabwehrfeuer. Die Zentrale fordert ihn auf, in Wartestellung zu gehen, aber als er erneut beobachtet, dass auf ihn geschossen wird, zündet er eine Präzisionsbombe – die eine britische Einheit trifft und mehrere Soldaten tötet. Ridley wird vor das Kriegsgericht gestellt, dem Harm als Richter vorsitzt – mit zu viel Sympathie für den Piloten, findet Mac …

Bei einem gemeinsamen Flug mit einer F-14 will Harm Admiral Chegwidden die Fehlfunktion eines neuen Instruments vorführen. Nach dem Flugmanöver versucht der Admiral, seinen Gurt zu lockern – erwischt aber versehentlich den Hebel für den Schleudersitz und wird aus der Maschine katapultiert. Sofort beginnt eine groß angelegte Suche im George Washington Nationalpark, über dem sie sich gerade befanden, die jedoch durch ein Schnee-Unwetter erheblich erschwert wird …

Auf dem U-Boot „USS Crawford“ wird ein Torpedo mit nuklearem Sprengkopf vermisst. Turner, der mit den Nachforschungen beauftragt wird, lässt den Marinestützpunkt Norfolk sofort abriegeln. Auch Harm befindet sich dort, um nach Entlastungsmaterial für den der Unterschlagung angeklagten Zahlmeister zu suchen …

Bei einer Razzia der Einwanderungsbehörde, bei der illegal eingeschmuggelte vietnamesische Näherinnen gefunden werden, wird auch ein Marine verhaftet: Lieutenant Hien. Der hat immer wieder Geld für Container gezahlt, mit denen die Mädchen offensichtlich ins Land geschmuggelt wurden. Unterdessen steht für J.A.G. eine Überprüfung an, die ausgerechnet Commander Lindsey durchführt – der immer noch wütend ist, weil Chegwidden seine Beförderung verhindert hat …

In Usbekistan zeichnet sich Petty Officer Devine durch große Tapferkeit aus, als er bei einem Überfall mehreren seiner Kameraden das Leben rettet. Die Rettungsaktion wird von einem Reporter gefilmt, und wenig später stellt sich heraus, dass Devine in Wirklichkeit Wilson heißt. Die Witwe seines ehemaligen Geschäftspartners, der im World Trade Center starb, hat ihn wiedererkannt. Erst jetzt kommt heraus, dass die beiden früher viele Menschen um ihr Geld gebracht haben …

Harm steht unter dem Verdacht, Lt. Singer ermordet zu haben. Doch auch nach seiner Verhaftung gehen die Ermittlungen weiter. Special Agent Gibbs hat Zweifel an seiner Schuld und das Gefühl, dass ihm der Mord angehängt werden soll. Es stellt sich heraus, dass die ihn belastenden Indizien erst zu einem späteren Zeitpunkt platziert wurden. Offensichtlich versucht jemand ganz gezielt, den Verdacht auf Harm zu lenken. Gibbs beauftragt Special Agent DiNozzo weiter nach Beweisen zu suchen, während er selbst von NCIS Director Morrow zu einem Kreuzer im Mittelmeer geschickt wird, um einen Terrorverdächtigen zu verhören.

In einem Palast im Irak finden amerikanische Soldaten Hinweise darauf, dass der Terrorist Sadik Fahd im Besitz von mehr als 100 Stinger-Raketen ist. Um mögliche Anschläge auf amerikanische Einrichtungen zu verhindern, wird Webb nach Paraguay geschickt. Zur Tarnung nimmt er Mac mit, die seine schwangere Ehefrau spielt. Zunächst läuft auch alles glatt, und der Kontakt wird hergestellt, doch dann wendet sich ihr eigener Leibwächter gegen sie …

Nach wie vor als Ehepaar getarnt, bemühen sich Webb und Mac in Paraguay um die Übergabe der Steuerungsmodule. Währenddessen versucht Harm, Informationen über Mac zu bekommen. Hilfe suchend wendet er sich an Catherine Gale, die Rechtsanwältin der CIA. Die hat jedoch gerade erfahren, dass ihre Mutter im Sterben liegt. Harm bietet an, sie zum Krankenhaus zu fahren, und landet gleich mit am Krankenbett – als Catherines künftiger Ehemann …

Harm muss erfahren, dass Webb und Mac verschollen sind. Als Chegwidden ihn daran hindern will, selbst bei der Suche zu helfen, quittiert er kurz entschlossen den Dienst und macht sich auf den Weg nach Paraguay. Dort trifft er auf Gunny, der sich aus eigener Kraft befreien konnte. Gemeinsam gelingt es ihnen, den Ort ausfindig zu machen, an dem Webb und Mac gefangen gehalten werden. Sie sind in der Hazienda von Sadik Fahd, der gerade einen Anschlag auf Amerika plant …