Tras pisar una mina antipersona, Bud es trasladado en barco para ser intervenido. Mientras, Harm, Sturgis y Mac se encuentran a bordo de un portaaviones tras frustrar un atentado terrorista, durante el trayecto se enteran de la trágica situación de su compañero y amigo, y todos se sienten de alguna forma responsables de lo sucedido. Por su parte, el Almirante Chegwidden deberá afrontar una de las más difíciles misiones de su carrera, contar a Harriet el estado de Bud.

Un cabo de la marina de los estados unidos, tras ser acusado de deserción es llevado a un juicio. Mac y Harm deberán enfrentarse a este caso, y defender al hombre, mientras Turner y Singer actuarán como parte acusatoria. El cabo tras abandonar su puesto en la marina de los EEUU, se alistó en el ejercito Israelí, en donde fue condecorado como héroe.

Harm defiende a un sargento de la Marina acusado de matar a su esposa. El hombre afirma que fue en defensa propia y se niega a permitir que su hijo testifique en su favor en el juicio, decisión que dificulta al abogado demostrar su inocencia.

Harm lleva un caso delicado en un episodio en el que prestan juramento ante sus nuevos cargos el Secretario de la Marina y una nueva oficial de JAG. Un poco antes de sumir su nueva tarea, el secretario Sheffield se reúne con Tracy Manetti, graduada en la Universidad de Harvard en Derecho. Su primera tarea es tomar parte en un juicio junto a Harm.

Harm recibe la orden de defender a un oficial que se dedicaba al mantenimiento de aviones y al que se le hace responsable de la muerte de un aviador. Mientras, Harriet dificulta la recuperación de Bud inintencionadamente.

Harm defiende a una aviadora acusada de acoso sexual por un miembro de su tripulación, que la responsabiliza también de haber acabado con su futuro al no dar importancia a sus progresos profesionales. Harm se muestra escéptico ante la negación de dichos cargos por parte de su cliente mientras su colega Manetti cree firmemente en su palabra, causando tensión entre los dos compañeros.

Harm, Mac y Turner se enfrentan a un poderoso abogado de la CIA al descubrir que pretendía mantener en secreto la tragedia ocurrida a un submarino en el que murieron 129 hombres. El equipo debe encontrar una manera de acceder a la información que tiene la CIA sin saltarse las reglas y siguiendo las órdenes del nuevo Secretario de la Marina.

Harm no tiene muchas esperanzas puestas en la defensa de un general juzgado por un tribunal militar y acusado de desobediencia e imprudencia durante un juego de guerra. La labor se hace aún más complicada cuando Mac es nombrado juez en el juicio.

Harm y Mac deberán volver a enfrentarse juntos a un nuevo caso. Esta vez, la carrera profesional de Singer está en peligro después de un grave accidente en el buque que puso la vida de siete marines en peligro. Además, Singer teme que se descubra que el verdadero padre de su hijo, viaja a bordo del Seahawk, y revelar la verdad será la labor de Harm y Mac.

Harm y Manetti son enviados a Napoles. Durante el trayecto un oficial de la INTERPOL asegura que alguien que viaja a bordo con ellos, es un asesino en serie. Sus víctimas son cuatro mujeres y fueron agredidas en distintos puertos Europeos.

Harm y el almirante Boone, tras un accidente ocurrido a bordo de la USS Coral, piensan que pasarán las Navidades a bordo de una nave. Sin embargo, ambos serán autorizados para salir del barco, y viajar a su casa en un F-14. Durante el trayecto deberán ayudar a un C-130.

Un General de los marines acusa a un doctor de haber cometido una negligencia en el oficio de su profesión, y haber provocado la muerte a su hija pequeña. Harm y Marc deberán investigar este caso.

Tras recibir la queja de un teniente sobre las deficiencias que mantiene una de las naves de combate, Mac es enviado a investigar y a tranquilizar a las personas vinculadas al caso. Sin embargo, Mac descubrirá pronto que el teniente oculta información.

En este episodio se rinde homenaje al equipo de enfermeras de la Marina que trabajaron durante la Segunda Guerra Mundial. Se centra sobre todo en el buque hospital USS Goodwill, durante la bata de Iwo Jima.

AJ debe luchar por su vida, tras acabar en una región forestal por accidente. Todo comienza cuando Harm decide que el Almirante Chewidden pruebe el F-14.

Una cabeza nuclear desaparece de un submarino que está en plena operación, realizando una misión. Sin embargo, esto se descubrirá después de que Turner se ofrezca a ir en esta nave.

Harm y Sturgis intentan negociar con un ciudadano vietnamita, durante una operación de contrabando. A su vez, la Comandante Lindsey esta al frente de una auditoría que busca fallos y errores en las operaciones del JAG.

La Comandante Lindsey, tras haberse sentido humillada y traicionada en el pasado por diferentes miembros del Jag, toma la determinación de enviar un informe sobre el Almirante y el resto de la plantilla del Cuerpo.

La policía científica acude a investigar un extraño caso, en el que un miembro del JAG ha sido asesinado. Los forenses deberán determinar las causas de la muerte, y ayudar a sus compañeros a comprender qué fue lo que pasó.

Tras el asesinato del teniente Singer, la policía científica contínua la investigación sobre los terroristas, y más aún sobre Amad Bin Atwa. Los mandos del ejercito de los EEUU tienen la sospecha de que un buque de la Marina, podría ser el próximo objetivo de un ataque.

Un año antes, a Sturgis le fue asignado el caso de Bud, para que actuara en su defensa. Sin embargo, la capacidad de este abogado para ejercer sus funciones está ahora en tela de juicio, y Sturgis deberá confiar en su cliente para obtener resultados óptimos en el juicio. Mientras, Clayton Weeb deberá ayudar a la CIA a impedir que unos terroristas se hagan con unos misiles, para ello contará con la ayuda de Mac, que se hará pasar por la mujer embarazada de Webb.

Un año antes, a Sturgis le fue asignado el caso de Bud, para que actuara en su defensa. Sin embargo, la capacidad de este abogado para ejercer sus funciones está ahora en tela de juicio, y Sturgis deberá confiar en su cliente para obtener resultados óptimos en el juicio. Mientras, Clayton Weeb deberá ayudar a la CIA a impedir que unos terroristas se hagan con unos misiles, para ello contará con la ayuda de Mac, que se hará pasar por la mujer embarazada de Webb.

Webb y Mac continúan desaparecidos en América del Sur. Harm decide ir a buscar a Mac, aún sabiendo que esto puede suponer el fin de su trabajo en el JAG, y que tenga que interponer su dimisión.