Cerca de Yugoslavia, en contra de las órdenes de Harm, Buxton dispara a lo que él cree que es un tanque que va a atacar a los refugiados cosovares. Mientras todos celebran la victoria a bordo, malas noticias llegan: esos que Buxton acaba de disparar y matar eran rusos pacificadores.

Sin esperarlo, Buxton solicita que Harm y Brumby sean sus abogados con intención de que Harm no pueda testificar. Además, la presión es enorme ya que tanto la Marina de EE.UU como el gobierno ruso siguen de cerca el juicio cerciorándose de que todo se hace correctamente.

El resultado del informe de Harm ha llegado y la realidad es que igual es demasiado tarde para ser piloto de combate. Además, durante una peligrosa misión sobre territorio servio, el avión de Harm es disparado y deberá mantener el rumbo hasta llegar a territorio amistoso.

El Almirante Chegwidden le permite a Harm regresar de nuevo al JAG asignándole un delicado caso: defender al hijo del Secretario de la Marina. Harm coge el caso cuando Nelson, el hijo del Secretario, es acusado por Burke de desobedecer una orden en el mar.

El testigo ocular en un caso de intento de violación de pronto deserta tras ser llamado a testificar. Harm y Bud seguirán su pista y comenzarán a tener información acerca del pasado del testigo.

El comandante Harmon es capaz de llevar a cabo cualquier investigación, como la que le toca en este episodio. La marina estudia los fenómenos paranormales, y uno de los encargados muere en el transcurso del proyecto. Harm deberá defender al almirante que está al frente del estudio, a pesar de saber que algunas de sus teorías son erróneas. Cuando desaparece su amiga Cloe el tiene una visión que posibilita que esta salve su vida, por lo que la perspectiva de Mac acerca de lo paranormal cambia.

A Bud le asignan acompañar a Raglan, un antiguo miembro de las Fuerzas especiales, a testar la seguridad de las bases militares. Pero Raglan va más allá y secuestra un submarino con Bud. Harm deberá alcanzar el submarino e intentar solucionar la situación.

Los abogados de la armada norteamericana Harm y Mac deben acudir a Panamá para defender la inocencia de la mujer de un oficial de la marina, que está acusada de introducir drogas en los EEUU. Pero la mujer del coronel se reafirma en su inocencia y negará la evidencia, aunque su propio abogado seguirá creyendo que es culpable.

Una investigación amenazará el ascenso del comandante Harm y su carrera entera en el Jag de manera que un renombrado abogado se ofrece a representarle y éste acepta.

La Teniente Elisabeth "Skates" Hawkes, antigua RIO, llega tras el aterrizaje de emergencia del USS Patrick Henry. El capitán de la nave y el superior de Skates la culpan de lo sucedido. Excluido de la investigación por su relación con Skates, Harm es capaz de ayudar cuando le llaman para defender a su amiga y emplea todos sus recursos legales para salvar su carrera militar.

El día de Nochebuena, Harm realiza su visita anual al monumento en honor a las víctimas de Vietnam, donde su padre fue asesinado la víspera de navidad de 1969. Allí conoce a una misteriosa mujer que dice haber conocido a su padre poco antes del fatal vuelo.

Los hombres del Jag prosiguen su trabajo para conseguir que la verdad salga a la luz. En esta ocasión, Mac y Harm tienen que acudir a supervisar a un grupo de estudiantes de derecho que van a realizar un simulacro de juicio. Los dos oficiales de la armada pronto se dan cuenta de que están frente a un error judicial, e intentan reabrir el caso que juzga a un oficial condenado por la muerte de 29 marineros y de si mismo por una explosión. Cuando comienza el nuevo juicio, aparecen nuevas pruebas y un nuevo testigo.

La teniente Mac recibe el encargo de representar a un compañero de la marina que quiere recurrir su sentencia de muerte por haber matado a tres Marines. Ella cree que su cliente merece la pena de muerte, pero debe defender lo contrario en el juicio. Brumby, que no está de acuerdo con la pena de muerte, debe luchar por ella.

El teniente Harm vuelve a exponer su vida en uno de sus casos legales. En esta nueva entrega el oficial del Jag se queda atrapado bajo la cubierta de un barco que se hunde, mientras interrogaba a un marinero acusado de asesinato. La situación es crítica, ya que el equipo de rescate bloquea la única salida. A medida que el agua entra en la nave los hombres comienzan a perder la esperanza de salir ilesos.

Ante la petición del teniente Comandante Brumby, el Almirante Chegwidden envía a Harm y a Bud a Australia a representar al oficial de la Marina Americana Kevin Lee, que ha reaparecido tras haber pasado "muerto" 28 años. Lee afirma que mató por accidente a su colega australiano y suplantó su identidad. Ahora, acusado de asesinato y robo de identidad, va a ser juzgado en Australia.

La situación se complica en Australia para los oficiales del Jag, yel oficial Kevin Lee lo tiene cada vez más complicado de librarse de sus cargos de asesinato y robo de identidad ya que su mujer cambia de testimonio repentinamente. A pesar de todo, Harm y Bud lucharán para que gane el caso.

Los problemas llegan a las oficinas de JAG cuando el sargento Víctor Galíndez, alias Gunny, se ve envuelto en un altercado a la salida de un bar gay. También Tiner estará relacionado con el caso, lo que hará que algunos de sus compañeros piensen que es gay.

A Harm y Mac se les asigna una investigación sobre unos soldados americanos acusados de tirar y matar civiles durante la Guerra de Corea. Para realizar este trabajo tienen que viajar en avión hasta el lugar de los hechos junto a uno de los soldados demandados. El viaje se complicará cuando unos terroristas coreanos toman el control del avión, con la intención de hacer justicia a su manera.

Esta vez Harm y Mac tendrán que trabajar en un caso de demanda al ejército de una marine que afirma que cuando entró en el ejército su superior le mintió sobre cuáles serían sus tareas. Mientras tanto, el almirante Chegwidden lleva el caso de un antiguo amigo y colega, que ve en peligro su impecable carrera a causa de los efectos secundarios del viagra.

Mac se enfrenta al caso de un soldado acusado de ser responsable de la muerte de un principiante durante unas prácticas con paracaídas. Bud defenderá al acusado junto con su nueva ayudante, una teniente ambiciosa que quiere ser la primera mujer JAG.

Los chicos del Jag deben emplearse a fondo en esta ocasión, puesto que una investigación les lleva a sumergirse en las aguas de Hawai, para rescatar los restos de un submarino que desapareció en 1941, unos días antes del ataque japonés a Peral Harbour.

El teniente Curtis Rivers, medalla de honor de la Marina, es acusado de llevar una medalla falsa y por ello será juzgado por el Consejo de Guerra. A Harm le asignan el caso y tiene que defender al acusado e intentar que las medallas honoríficas de la marina no pierdan en prestigio.

El comandante Harmon decide reabrir un caso de hace diez años, lo que le causa un conflicto con la hija de la víctima. La razón de su comportamiento es que considera que el abogado del acusado no investigo lo suficiente el caso y ahora intenta descubrir nuevas pistas para poder cerrar el caso de una vez por todas.

El hermano de Bud es acusado de cometer un error durante un ejercicio de entrenamiento que estuvo a punto de acabar con la vida de 15 marines. Probar su inocencia no va a ser nada fácil. Por otro lado, Mic Brumby vuelve a los Estados Unidos, Mac y el resto de sus compañeros se quedan atónitos cuando Mic anuncia que ha rechazado su puesto en la Armada Royal Australian Navy, para poder trastadarse a Estados Unidos y estar con la mujer que ama.