Al intentar atrapar a un combatiente ruso, Harm y Mac secuestran un Mig que es disparado mientras sobrevolaban Siberia. El Almirante Chegwidden incapaz de creer la versión rusa que afirma que Harm y Mac murieron en el accidente, decide volar hacia Moscú para comenzar su propia investigación sobre lo sucedido. Mientras tanto, Harm y Mac son rescatados por un gitano ruso y su hermana, quienes les ayudan a llegar a una estación de tren y poder seguir buscando al padre de Harm. Finalmente Harm y Mac son capturados por el Coronel Soko que resulta ser un aliado y les ayudará a descubrir al verdadero traidor ruso. Además Harm descubrirá que su padre murió como un héroe hace años.

Harm, Mac y otros dignatarios de Washington son tomados como rehenes por unos terroristas que toman la embajada de Sudán. Harm descubrirá que el plan ha sido elaborado por el embajador de Sudán para convertirse en un héroe y presentarse como candidato a las elecciones de su país.

Francesca, la hija del Almirante Chegwidden, es secuestrada mientras caminaba con el por el puerto italiano de Gaeta. Todo apunta a que el secuestro está relacionado con un caso que Harm y Mac están investigando sobre el robo de misiles para su posterior venta a los iraquíes. El Almirante se encuentra con su ex mujer y su marido, un acaudalado hombre de negocios italiano, para obtener información sobre su hija y sus amigos, descubriendo que su hija se relacionaba con Luciano, el heredero de una familia de la mafia y que este, a su vez, está involucrado en el robo de los misiles. El Almirante junto con Harm llevarán a cabo su propio plan de rescate.

Harm se ofrece voluntario para defender a Roscoe Martin, un veterano de Vietnam paraplégico acusado de ayudar en el suicidio de un compañero. El caso se complica cuando Roscoe le pide a uno de sus amigos que termine con su vida.

Cuando unos terroristas arábicos atacan a unas instalaciones navales de los EEUU, dos guardias de la marina son capaces de capturar a uno de los terroristas y de matar al otro después de la explosión que provocaron, en la cual resultaron muertos dos marineros. Cuando el prisionero es conducido ante los tribunales estadounidenses un marine le dispara.Harm se encargará de la defensa del marine y Mac actuará como fiscal del caso, aunque pronto Harm será sustituido por un abogado civil cuyos honorarios serán pagados por un hombre millonario y que parece no existir, que está relacionado con el sector industrial, además Harm descubre que el marine está siendo acusado de un asesinato que no ha cometido pues el terrorista vestía un chaleco antibalas. Harm sospecha que los federales tienen escondido al terrorista para tratar de detener a su lider.

Harm y Mac son enviados a bordo del portaviones estadounidense Coral Sea para investigar un accidente que involucra al Teniente Comandante Rice, piloto de un Tomcat que se niega a combatir porque asegura haber oído una voz que le dice que no lo haga. Harm finalmente convencerá al piloto para que vuelva a volar con Harm volando a su lado en otro Tomcat. Una vez en el aire intentarán repetir el ejercicio del día del accidente, pero Rice y su Oficial de Intercepción de Radar (RIO) pronto pierden el sentido en pleno vuelo. Mientras el Tomcat se acerca hacia espacio aéreo iraquí Harm intentará despertar al piloto pero descubren que el suministro de aire del Tomcat de Rice está contaminado. Con lo que parece un absurdo comentario de Mac sobre como resolver el problema Harm intentará una arriesgada maniobra de aproximación para levantar el ala del Tomcat de Rice haciendo que el avión desconecte el piloto automático, pierda altura y con ello Rice vuelva a recobrar el conocimiento a tiempo para maniobrar y elevar el avión.

Harm es asignado a trabajar junto a la congresista Bobbi Latham para investigar una información ofrecida por una cadena de televisión donde se asegura que el ejército de los EEUU usaron gas Serin contra unos científicos americanos que trabajaban para Sadaam Hussein durante la Guerra del Golfo. Entre tanto, dos hombres harán su entrada en la vida de Mac, el comandante Mic Brumby, un elegante marine australiano, oficial del JAG, designado para reemplazar a Harm durante su ausencia y Chris Ragle, el hombre con el que Mac se casó en el período en el que ella era una joven rebelde y alcohólica. Chris acaba de salir de prisión donde cumplió una condena por robo, ahora busca a Mac para rehacer su relación y pedirla un préstamo de 15 mil dólares para pagar unas deudas de juego.

En lugar de dejar la ciudad como le había prometido a Mac su marido, Chris regresa a su apartamento para pedirla que vuelva con el, amenazándola con contar a sus superiores la relación que esta mantuvo hace años con su instructor, el Coronel Farrow. Al día siguiente Mac llama a Harm para comunicarle que ella y el Coronel Farrow han sido arrestados por el asesinato de su marido, del que ni Harm, ni ninguno de sus compañeros conocían su existencia. Harm defenderá a Mac mientras que el comandante Brumby, el oficial australiano, defenderá a Farrow. Durante el juicio Brumby, dudoso de la inocencia de Mac, intentará de defender por todos los medios a Farrow aunque eso afecte a la defensa de Mac. Cuando Farrow es llamado al estrado este alega haber sido el asesino de Chris, pero Mac hace lo mismo auto inculpándose en el estrado. Harm finalmente encontrará a un testigo ocular que revela que Chris estaba a punto de disparar a Farrow cuando Mac le arrebató la pistola que se disparó en el forcejeo. El miembro del tribunal militar les encontrará no culpables por ser accidental y en defensa propia.

Harm y Mac son enviados a Teherán (Irán) para representar a un piloto cuyo avión espía se estrelló en Irán debido a un fallo mecánico. El piloto involucrado en el accidente, Keeter, es un viejo amigo de Harm desde la academia militar. Keeter les dice en un mensaje cifrado que el avión no se estrelló sino que tuvo que realizar un aterrizaje de emergencia. Harm y Mac recibirán la arriesgada misión de recuperar el avión y a Keeter.

El día de Noche Buena una fuerte tormenta de nieve golpea a la ciudad de Washington D.C. Harriet y Bud están recogiendo juguetes para llevárselos a los niños del hospital cuando Chloe, una niña de 11 años llega y anuncia ser la hija de Mac. Mac aclara que Chole es su "hermana pequeña" como parte de un programa para niños maltratados por sus padres. La niña parece tener una gran capacidad de invención, lo que Mac describe como una forma de afrontar la muerte de su madre, quien la dijo que su padre había muerto el día en que ella nació en un barco de la marina. Bud descubrirá en los archivos que el padre de la niña había sobrevivido al accidente y que aún seguía en el ejército. Con la ayuda de Mac el padre y la hija se conocerán, pues el padre desconocía su existencia. Por otro lado Harm defenderá a una doctora del ejército acusada de conducir bebida

Harm y Mac son asignados a la fiscalía en un caso en el que tres marines le pegaron una paliza al propietario de un bar del muelle. Pronto descubrirán que la paliza se la dieron como un acto de venganza por la violación de una compañera de barco. Mac consigue que la oficial López le cuente todo lo que esta recuerda de la violación ocurrida en una noche en la que ella y sus compañeros habían bebido bastante en el bar como una forma de iniciación e introducción dentro del equipo. Finalmente se descubrirá que el verdadero violador fue el marinero que sugirió pegar al propietario del bar.

Cuando el Almirante es obligado a tomarse dos semanas de descanso este dejará a Harm a cargo. El caso más complicado es el de un equipo de Seals acusados de haber desobedecido ordenes con el resultado de tres negociadores de las Naciones Unidas en Kosovo, ya que se retrasaron en 30 minutos en la operación de rescate por falta de visibilidad. Mac y Bud son los encargados de defender a la persona que capitaneaba al equipo de Seals. El acusado pedirá que Bud sea retirado del caso por su inexperiencia pero este descubrirá que los negociadores de la ONU habían sido asesinados horas antes a la llegada del equipo de Seals por lo que su retraso no afectó en el resultado y al tiempo les evadió de una emboscada segura.

Harm recibe una misteriosa llamada del agente de la CIA Webb. A la mañana siguiente Webb es encontrado calcinado sobre la cubierta de un barco Harm y Mac intentarán encontrar al asesino de Webb y tratarán de desentrañar lo que parece una conspiración dentro de la CIA. Finalmente Mac descubre que Webb está vivo así que Harm irá en su búsqueda

El teniente del grupo SEAL de la marina, ganador de la medalla del honor, Curtis Rivers es disparado mientras realizaba una misión de entrenamiento en las montañas de West Virginia. Rivers devolvió el fuego y minutos después descubre que ha disparado a un niño de 14 años desarmado. Harm y Mac son enviados a investigar el caso y pronto descubrirán que el niño estaba acompañado por su tío, un terrorista fugitivo buscado por el FBI acusado de haber colocado una bomba en un edificio de Hacienda. Harm y Mac regresan al pueblo del niño asesinado y allí son conducidos a un local paramilitar donde son hechos prisioneros junto al teniente Rivers, quien será juzgado de forma ilegal, aunque Harm tratará de hacer de abogado defensor. Cuando el FBI interviene se descubre que todo había sido una plan federal para atrapar al fugitivo y que el verdadero asesino del niño es el agente del FBI que lo ideó.

Harm y Mac tienen dificultades en su relación personal debido al estrés, lo cual se ve agravado cuando se les asigna un nuevo caso de carácter internacional en el que está involucrado un submarino nuclear de los EEUU. La escasa colaboración de la tripulación hace que se irriten aún más. Por si fuera poco los acontecimientos se tornan más frenéticos cuando el submarino tiene que salir a superficie por una emergencia en medio de una carrera noruega de veleros. en principio parece un simple caso, pero debido a accidentes acaecidos anteriormente y a un brote de problemas de salud, la tripulación comienza a asustarse. Harm acusa de lo sucedido al auxiliar médico del submarino, éste intentará atacar a Harm y Mac, pero el trabajo en equipo les sacará de la situación.

Harm y Mac investigan, con la ayuda de la patólogo forense, la Teniente Coulter, la muerte de una niña de seis años cuyo cuerpo es encontrado en una base naval. Harm se verá profundamente afectado por el caso y no parará hasta identificar a la víctima y atrapar a su asesino.

Tras un fallo eléctrico ocurrido a bordo de un portaviones en el Golfo pérsico, Harm y Mac deberán investigar el posible sabotaje Lo que finalmente descubren es que el fallo eléctrico fue producido por unos técnicos civiles que iban a bordo, supuestamente, para corregir los problemas, aunque su verdadero propósito era el de robar un millón de dólares. Por otro lado, el Almirante Chegwidden deberá apoyar a un SEAL de la marina protegido suyo, diagnosticado con leucemia.

El primer caso de Bud como recién juramentado en el JAG consistirá en defender a su padre, un Capitán naval retirado que ha sido acusado de defraudar a la marina cuando estaba a cargo del almacén. Harm será el fiscal del caso por lo que Bud estará bastante inquieto por lo que pedirá consejo legal a Mac logrando que el testigo más importante de Harm pierda valor legal y logrando la absolución de su padre. Una vez terminado el juicio Harm habla en privado con Bud y le dice que sabe la razón por la cual el padre de Bud le quería como abogado, para que, en caso de haber perdido, alegar ineficacia de la defensa.

Las últimas palabras del padre de Mac estando apunto de morir hacen que esta vuelva a recordar su pasado lleno de ira y resentimiento contra su padre. Mac siempre acusó a su padre de ser el culpable de su propio alcoholismo pero empieza a pensar que su ira tal vez fue mal encaminada cuando se reencuentra con su madre, quien la abandonó cuando Mac era una niña. Mientras tanto, Harm empieza una terapia experimental que podría curar su ceguera nocturna.

Harm tiene miedo de estar volviéndose loco cuando empieza a escuchar la voz de su difunto padre, por lo que decide consultar a su novia y psicóloga. Ésta le dice que está tratando a otro oficial de la marina con similares síntomas y sugiere que Harm no está experimentando nada inisual en alguien que a perdido a un ser querido en circunstancias violentas, pero harm comienza a creer que hay algo más siniestro en lo sucecido que puede hacerle perder algo más que la cabeza.

El Almirante Chegwidden y Clayton Webb forman equipo para tratar de salvar a un agente de la CIA secuestrado por unos terroristas italianos. Los dos oficiales viajarán juntos a Italia y llevan a cabo una trampa peligrosa para los terroristas que si falla mataría a todas la personas involucradas. Por otra parte, Harm sufre una crisis de identidad cuando su clásica Corvette es robada.

Harriet sale de cuentas mientras Bud está en medio de un caso que involucra a una marine embarazada, mientras Mac sentirá que su reloj biológico está corriendo cuando tiene que despedirse de Chloe, su hermana pequeña adoptiva. Por otra parte, Harm convence al Almirante para que interceda en su intento de que le vuelvan a destinar a las fuerzas aéreas y dejar así el JAG.

Harm deberá decidir si deja definitivamente el JAG al tiempo que se enfrenta con Charlie Lynch, acusado del asesinato de una menor.