Alors que Mac tente de se remettre de la mort de Webb, l'agent Tanveer refait surface pour lui annoncer que Webb est encore en vie. Mac et Tanveer, bientôt aidés de Harm, vont s'atteler à la tâche pour découvrir le mystère entourant la mort de Webb.

Un marine est tué par un supposé tir ennemi. Sa veuve pense qu'il s'agit d'un meurtre. Au fur et à mesure de leur enquête, Harm et Mac commencent à suspecter un sous traitant militaire privé. Pendant ce temps, Mattie tente de renouer des liens avec son père.

Harm est chargé de défendre un marin accusé du meurtre d'un travesti prostitué 22 ans plus tôt. Pendant ce temps, Bud fait partie d'un jury chargé de trouver un remplaçant à l'Amiral Chegwidden. Le Général Cresswell, un marine qui anime les discussions pour cette candidature va être évalué.

Ca y est la décision a été prise : le nouveau JAG sera le Général Gordon Cresswell. La nouvelle arrive aux oreilles de Mac et Harm, présents à bord d'un destroyer pour régler un conflit entre des pêcheurs canadiens et américains. Mac s'inquiète de son avenir au JAG compte tenu de son passé relationnel avec Cresswell.

Cresswell envoie Harm et Mac à Bagdad pour participer à la court martiale d'un Sergent accusé d'homicide involontaire. La victime n'est autre que le conseiller à la défense Dwight Kanin. Pendant ce temps au JAG, tout le monde découvre que leur nouveau patron n'est pas un enfant de choeur.

La navire de l'Académie Navale est pris dans une tempête avec à son bord un instructeur et ses élèves. Un étudiant est porté disparu. L'instructeur est accusé de manquement au devoir. Mac est chargée de la défense et Sturgis de l'accusation. Pendant ce temps, Harm doit dire au revoir à Mattie qui part revivre avec son père. Mac tente de s'habituer à son nouveau patron, le Général Cresswell.

Au camp de détention Delta, trois gardiens s'en prennent physiquement à un prisonnier, qui est en fait un policier. Cresswell envoie Harm et Mac à Guantanamo pour enquêter. Pendant ce temps à Washington, Bud et son frère, Mickey, font du shopping, quand un des clients du magasin fait des remarques douteuses sur la guerre. Une bagarre éclate. Turner est chargé de la défense dans cette affaire.

Jennifer Coates s'est bâtie une nouvelle vie au JAG. Mais une vieille connaissance débarque à nouveau dans sa vie. Pia, son ancienne partenaire, a besoin de son aide. Coates décide de l'héberger, mais c'était une mauvaise idée. Harm va lui venir en aide.

Une voiture est retrouvée abandonnée sur un pont surplombant le Potomac. Elle appartient à un Capitaine qui travaille au laboratoire de défense d'armes biologiques. La police suspecte un suicide mais le corps a disparu. Harm et Mac rejoignent le FBI pour élucider cette affaire. Pendant ce temps, Bud est chargé de s'occuper du dossier du Caporal Maria Reyes qui souhaite avoir l'autorisation de combattre contre des hommes sur un ring.

La veille de Noël, Mac est transporté à l'hôpital suite à un accident de voiture. Sous l'effet des analgésiques, Mac semble victime d'hallucinations.

Deux F-14 volent bas au dessus d'une route dans le désert lorsque l'un d'eux s'écrase tuant le pilote. Harm est chargé de l'enquête. Pendant ce temps, Mac et Cresswell font leurs exercices de tir obligatoire, ce qui se transforme vite en compétition.

Harm et Mac sont chargés du cas d'un simple soldat accusé du meurtre d'un civil. Ils étaient tout deux impliqués dans un triangle amoureux avec une femme de la même base que le soldat. Coates les accompagne et se retrouve juré. Mac est chargée de l'accusation et Harm de la défense. Autant dire que pour Coates ça ne va pas être une mince affaire.

Des marines observent secrètement un village d'Afghanistan, lorsque soudain l'un d'entre eux se lève et fait feu sur l'ennemi. Harm et Mac se retrouvent opposés sur cette affaire.

Mac rencontre un nouveau Lieutenant au JAG, Vukovic. Cresswell veut qu'ils travaillent ensemble sur une affaire. Mais Mac n'apprécie pas les méthodes de travail de Vukovic. Pendant ce temps, Harm fait ses quotas d'heures de vol au dessus du Golf Persique. Mais il se voit forcé d'abattre un avion civil s'il s'approche d'une zone interdite au vol.

Des pirates ont attaqué un cargo birman. Un navire américain prend contact avec le cargo. Mac et Vukovic sont envoyés pour négocier la libération des otages. Pendant ce temps-là, le JAG fait la connaissance de l'épouse du Général Cresswell et de sa fille Cammie, qui fait déjà tourner la tête de Mikey Roberts.

Au Nicaragua, lors d'une mission humanitaire, les familles se jettent sur l'approvisionnement apporté par des marines. Un Caporal entre dans la foule pour aider une jeune fille, il tire une salve en l'air. Et quelques secondes après un homme tombe, mort, à ses pieds. Mac et Vukovic, envoyés à San Diego avec le Général Cresswell, s'affrontent au tribunal. A Washington, Harm apprend que Mattie a eu un grave accident, il se précipite à l'hôpital.

Une fusillade éclate dans une mosquée à Bagdad entre des marines et des insurgés. La scène est filmée par un reporter. Vukovic est envoyé sur place pour défendre un des marines accusé du meurtre d'un civil. A l'hôpital, Harm est au chevet de Mattie. Cresswell demande à Mac de discuter avec Cammie au sujet des femmes dans l'armée.

Trois amis, originaires de la même ville en Oklahoma, sont mobilisés en Irak. Dans leur base, un kamikaze se fait exploser sous une tente. Harm et Bud sont envoyés pour enquêter sur le seul survivant, un des trois amis. Leur voyage les conduit ensuite en Oklahoma pour aider les familles des victimes. Tandis que le seul survivant rentre auprès de sa famille.

Vukovic et le Lieutenant Graves sont envoyés à la recherche des membres de la famille d'un soldat inconnu, mort au Vietnam. Pendant ce temps, Mac et Bud défendent un médecin réserviste de la marine, accusé d'avoir désobéi aux ordres. Harm est chargé de l'accusation.

A bord de l'USS Carl Viinson, deux marins déclenche une bagarre, jusqu'à ce que l'un des deux passe par dessus bord.Vukovic est chargé de la défense du marin survivant. Il demande de l'aide à Harm. Vue leur antipathie réciproque, la chose ne va pas être aisée. Pendant ce temps, Mac doit défendre un marin apprenti qui a libéré de son enclos des dauphins formés par la marine. A la fin de l'épisode, Cresswell annonce une nouvelle qui fera l'effet d'une bombe à nos deux avocats, Harm et Mac.

Le Général Cresswell informe Harm et Mac qu'ils sont réaffectés. Harm est promu au rang de Commandant à Londres et Mac est transférée au JAG de San Diego. Ils ont tous deux la possibilité de prendre l’un des membres du JAG de Washington avec eux et ont tous deux demandé à Bud mais Harriet n’est pas très enthousiasmée par un déménagement. Vu qu’ils n’ont que 3 jours pour régler leurs affaires, Harm et Mac doivent régler leurs affaires et surtout démêler les sentiments qu’ils éprouvent l’un pour l'autre. Ils se remémorent le passé et tout se termine avec un tirage au sort. Pendant ce temps, Vukovic tente de résoudre sa première affaire.