Les ordres sont clairs : détruire le réseau international de trafic de drogue dirigé par Alex Cresnic et Mark Walters. Les agents entrent en action.

Un petit État désire mettre en vente sa collection d'œuvre d'arts Incas, mais celle-ci est dérobée par un certain Jack Cole, qui est lui-même retenu prisonnier par un colonel qui désire lui faire avouer où elle est cachée afin de se l'approprier.

Deux scientifiques et leurs épouses sont kidnappés par l'agent ennemi Eric Stavak. S'il ne parvient pas à enlever un troisième savant, les deux autres, inutiles, seront sacrifiés. Si, par contre, Stavak réussit à mettre la main sur le troisième chercheur, il pourra mettre en oeuvre son projet baptisé «arme ultime». Phelps décide de se faire passer pour le troisième savant.

Un petit émirat du Golfe Persique pratique toujours l'esclavage, malgré les supplications des Nations Unies. Connaissant l'identité du principal «fournisseur», l'équipe va tout mettre en œuvre pour stopper ce trafic.

L'agent secret organise de nouvelle enchères pimentées par la vene au plus offrant d'une superbe chanteuse anglaise, qui n'est autre que Cinnamon.

Le professeur Bennett est un archéologue soupçonné à tort par Gomalk, le chef de la sécurité de l'état, de préparer un coup d'état. Son projet viserait à renverser le Président Rurich en personne. Arrêté et interrogé, Bennett est victime d'une crise cardiaque. L'équipe de Mission Impossible doit donc récupérer Bennett, en piteux état, et empêcher le coup d'état, qui doit bien être perpétré par un groupuscule de révoltés.

Un financier est de mêche avec un faussaire ayant récemment dérobé du papier pour fabriquer de la fausse monnaie d'un petit pays africain. L'équipe de l'I.M.F. va devoir arrêter les deux hommes, et récupérer le papier.

L'industriel Taggart est en possession d'une précieuse statue volée que le gouvernement des Etats-Unis veut récupérer afin d'entretenir ses relations amicales avec un pays étranger. Comme Taggart refuse de rendre l'objet d'art, l'équipe de Mission Impossible est envoyée sur place afin de la récupérer.

Les activités frauduleuses de Gérald et Catherine Hagar, un couple spécialisé dans la collecte de fonds destinés à des associations caritatives, entraînent Phelps et ses agents sur la Côte d'Azur.

L'I.M.F. doit stopper les activités frauduleuses d'un Syndicat du crime qui corrompt diverses personnes de la société américaine, et qui met en sûreté, sur un compte en Suisse, les millions amassés.

Sous les traits de Wayne et sans l'approbation du syndicat, Rollin ordonne la mise à mort de Jim qui incarne un agent fédéral. Il parvient ensuite à s'introduire dans le coffre-fort des malfrats, situé dans leur quartier général, et à faire des doubles des divers enregistrements financiers. Mais le Syndicat n'apprécie guère de voir Rollin, alias Wayne, agir sans avoir reçu leur consentement. Ils ordonnent sa mise à mort.

Nicholai Kurzon, exilé de sa patrie, le Veyska, où une junte a pris le pouvoir, décide de mener son propre mouvement de révolution. Mais il a été capturé par le Colonel Stahl, responsable de la sécurité du pays, qui détient également un microfilm sur lequel se trouvent les principaux leaders du mouvement révolutionnaire... L'équipe de Mission Impossible va devoir se porter au secours de Kurzon. Pour ce faire, Cinnamon parvient à s'approcher de l'un des hauts dignitaires de l'Etat, le dénommé Grigov, en se faisant passer pour une astrologue. Elle lui prédit qu'il court un grand danger.

La résurgence du nazisme en Allemagne conduit les agents de Mission Impossible en Bavière, où Marcus Von Franck pourrait bien devenir un second Hitler. Pour réaliser ses ambitions, Von Franck espère prendre le contrôle du gigantesque empire industriel créé par Otto Kelmann.

Un important réseau d'espionnage dirigé par le photographe de mode David Redding, veut introduire un virus mortel de pneumonie aux Etats-Unis. Les agents de Mission Impossible déstabilisent Redding en lui faisant croire que la guerre nucléaire entre l'Est et l'Ouest a déjà commencé.

Une espionne de l'Est, Felicia Vabar, parvient à intercepter l'une des deux parties d'une carte top-secrète indiquant l'emplacement du système de défense de missile de l'Otan. Jim reçoit pour mission de l'empêcher d'obtenir la seconde moitié.

La police militaire d'un petit pays de l'Est réussit à s'emparer d'un million de dollars en or, qui était destiné aux membres de la résistance. Un joueur d'échec renommé semble vouloir s'approprier le butin.

Un microfilm a été caché par un agent américain dans une émeraude, qui se trouve en possession d'un traficant d'armes, prêt à partir pour Tanger. Un agent ennemi embarque dans le but de récupérer ce microfilm, de même que Phelps et ses hommes.

David Webster est injustement accusé d'un meurtre, puis condamné à mort. Etant l'un de ses proches, Jim Phelps demande à ses amis de bien vouloir l'aider à l'innocenter avant la date fatidique.

L'économie d'un petit pays d'Afrique est menacée par de faux monnayeurs dirigés par Walter Dubruis, un riche homme d'affaires. L'équipe de Mission impossible le persuade d'adopter de nouvelles machines encore plus performantes pour fabriquer les faux-billets.

Alors que Jim apprend par hasard l'existence d'un complot soviétique, on lui administre du poison pour tenter de le neutraliser. Les autres membres de l'équipe vont devoir non seulement sauver leur chef, mais aussi contrecarrer les plans des espions qui voulaient sa mort.

Burt Gordon, un redoutable malfrat, a mis au point une nouvelle stratégie d'attaque pour le syndicat du crime dont il est le leader. L'équipe de Mission Impossible a besoin d'en savoir davantage sur ces nouvelles actions, et pour ce faire les agents vont tenter de piéger Gordon, en lui faisant croire à une étrange histoire de fantômes.

Stefan Prohosh, ancien notable d'un petit pays communiste, veut retrouver le pouvoir qui était le sien. Il est prêt à offrir à une grande puissance de l'Est un échantillon d'un alliage métallique top-secret en échange de nouvelles responsabilités. Mais Jim Phelps veille.

Le dénommé Manuel Delgado, à la tête d'un parti politique, a été emprisonné par les autorités dictatoriales de son pays. Cardoza, l'assistant de Delgado, est supposé être en contact avec l'extérieur, et il est arrêté à son tour. Les autres détenus le considèrent comme une taupe et veulent lui faire la peau. L'équipe de Mission Impossible va tenter de le sauver.

Phelps reçoit pour mission de récupérer un dispositif ultra-secret, qui se trouvait à bord d'un avion qui s'est écrasé à l'Est. Ils doivent dans le même temps parvenir à ramener avec eux le savant, passé à l'ennemi il y a quelque temps, qui étudie ce prototype d'autodestruction.