魔都·上海。在那里正举行着庆典，少女的身影在那建筑物的屋顶上俯视着，她名为迦南。另一方面，在一个凄凉的渔港，犯罪组织“蛇”的头目阿尔珐尔德出现在那里。然后初出茅庐的摄影师大泽玛利亚，与自由记者御法川一起降落在了这里。三位女性一齐出现了，命运开始动起来。

一辆护送车正在断崖道上行驶。在那里突然飞来一架直升机，从那里机关枪传出的巨响，激烈的枪战开始了！就在这时阿尔珐尔德从囚车中跳出，向断崖奔跑。男人们拼命追赶，嘲笑的笑容从悬崖上传来！此时玛利亚与御法川的饮食店，被一辆车撞了进来！

繁华街到的一角。穿着猫耳和尾巴，然后是暴露的服装的女性，御法川实看见她进入可疑的卡拉OK酒吧。并借口“独家新闻的气味”这样的理由和玛利亚一起走进店里，虽然与目击的女性相遇的事成功了，但也注意到她的腋下刺青般的“印”。

御法川实被大泽玛利亚从宾馆的房间逐出去了。一脸惊讶后叹息的离去。另一方面，在房间里，电视里播出了在上海举行的反恐国际安全合作会议，各国的首脑陆续来到上海浦东的新闻。但是，在床上的玛利亚头也没有抬起来过，每当想起昨天的事情，自己拥抱着颤抖的肩膀。

毒辣而又强烈阳光下的早上，迦南垂死一般的在公园里摇摇晃晃地走路。在那里又想起阿尔珐尔德所说的话，于是当场倒下了。与此同时，在会议大楼的一个房间里，阿尔法在部下面前，讲述某计划进入最终阶段。

在对奇怪八卦取材的时候，御法川脑海中浮现了一个假说。那是以前在涩谷骚动过的“UA病毒”和中国消失的村子，然后联想到身体浮现异样的图案与之全部相关。随后玛利亚递出了一封信。发信人是“上海报道事业集团”。被指明去做反恐国际会议的记者…。

玛利亚被托付了反恐国际会议的采访，但被阿尔珐尔德的计谋俘虏了。更严重的是在会场上，美国总统、各国首脑们被关起来了，让UA病毒感染，唯一的解决方法，就是在背后秘密开发的抗病毒剂。但是那也被阻碍了。就在这时迦南去了玛利亚那里。

迦南在医院的病床上醒来。玛利亚的身影在旁边担心地凝视。现在感觉不到“颜色”了，玛利亚看着变得踌躇样子的迦南，为了在精神安慰她就一起上街去玩了。另一方面，御法川为了向桑塔纳确认自己的推测、去了夜总会。

御法川等人来到村子的时候，阿尔珐尔德与部下梁琪也出现了。在攻击下六人只有到处逃窜，随后阿尔珐尔德去了“Flower Garden”。一行人在那之后向那里前进。那里曾经被当作收容的村里的被害者且有医院及研究设施的收容所，村民们被当作实验品。

恐惧，绝望，悲伤…有各种各样的感情交叉的Flower Garden。夏目百合，为了夺取UA病毒的实验数据，也来到了该地。得到数据的夏目，为了破坏设施，要求美国特殊部队和中国军队出动。在武装直升机攻击下，迦南回到了设施中寻找还未出来的桑塔纳和夏珂。

玛利亚等人从Flower Garden平安回来。但是在那里却没有桑塔纳和夏珂的身影。第二天早上，迦南，玛利亚，云云，御法川四人从酒店出发，但车出了故障，所以御法川决定让大家先坐火车回去。在那里，装成公安的“蛇”成员也乘上了车。而且，阿尔珐尔德也同乘着。

玛利亚遭到袭击，她受伤的事让迦南知道了。但是，她的表情却是平静的，眼睛是笔直地看着阿尔珐尔德。另一方面，玛利亚与云云被关在装货车厢中。在那里有一个定时炸弹，迦南和阿尔珐尔德，玛利亚与云云。走向末日的列车继续奔跑…。