אחרי שנתיים בנקודה אחת, שרה קונור מרגישה צורך להמשיך הלאה לפני שהיא ובנה, ג'ון, יתרגלו לחיי השגרה. הם עוברים לעיר חדשה בה ג'ון מתחיל את בית הספר ופוגש בחורה מסתורית. עם זאת, הסכנה בעקבותיהם, ושרה וג'ון נקלעים למאבק נוסף על הישרדותם

שרה יוצרת קשר עם חברה ותיקה כדי לבקש טובה, ואילו ג'ון מחליט לבקר אצל האקס של שרה וקמרון מתיידדת עם חבר חדש. יחד הם מסתננים לבית בטוח של תנועת ההתנגדות ומגלים שהם לא לבד. בינתיים, הסוכן אליסון מבין ששרה עדיין בחיים ואדם מסוכן מעברה של שרה מתעורר.

שרה פוקדת את אלמנתו של מיילס דייסון כדי למצוא את היוצר של סקיינט. היא מובילה אותה אל גבר בשם אנדי גוד שהיה עובד עם דייסון ובונה מחשב משחק שחמט בשם "הטורקי". ג'ון וקמרון מנסים כמיטב יכולתם להשתלב ביום הראשון שלהם בתיכון החדש.

במהלך חיפוש אחר מטען גנוב, ג'ון מופרד משרה וקמרון. בתוך כך, חקירת הרצח של הסוכן אליסון מובילה אותו לחשוד מפתיע.

שרה מעריכה מחדש את יכולות המחשב של חברה אנדי לאחר שהוא נכנס אליו בתחרות שחמט. במהלך התחרות שרה פוגשת זר עם היסטוריה דומה לשלה. בינתיים הסוכן אליסון מוצא סימנים לקרב מול מחסל שהתחולל בעבר.

שרה פורצת לדירתו של הסוכן אליסון ומגלה על עצמה תיק מתקופתה בבית החולים לחולי נפש, מה שהוביל אותה לד"ר זילברמן, כיום גבר יום הדין. בינתיים קמרון נרשם לשיעור בלט וג'ון מגלה כיצד אמו ברחה מבית החולים לחולי הנפש.

דרק מוצא את השבב המוחי מוויק שקמרון שמרה. ג'ון בונה עבורו ממשק והם מגלים שמערכת התנועה הממוחשבת חשובה לסקיינט. שרה מחליטה שיש לחבל בזה. בינתיים, קרומרטי בודק את רשומות בית הספר בחיפוש אחר ג'ון.

פרק סיום העונה. ג'ון מגן על קמרון מפני האשמותיו של דרק, ומעמיד אותו ואת דרק על הסף, בעוד שרה מוצאת את עצמה בעסקה עם איש עסקים מסתורי. בינתיים, קרומרטי ננעל ג'ון והסוכן אליסון מגלה אויב בסוכנות.