La nouvelle ligne de train passera par Soda Springs ou par Colorado Springs : les deux villes entrent en compétition.

Loren rêve qu'il est mort. À son réveil, il décide de profiter au maximum du temps qu'il lui reste... De son côté, Brian se pose des questions sur les filles. Il quitte la maison et s'enfuit dans les bois.

Partis à la rencontre de Mademoiselle Olive qui les a appelés à l'aide, le Dr Mike, sa famille et ses amis arrivent à l'endroit où est rasemblé son troupeau, pour apprendre qu'elle est morte deux jours plus tôt. Dans son testament, elle lègue à Matthew la totalité de ses bêtes, qu'il lui faudra ramener à Colorado Springs. La tâche parait ardue, mais avec l'aide des siens, Matthew se sent prêt à relever le défi.

Après de multiples épreuves, Matthew et les siens continuent leur route en direction de Colorado Springs. Des dissensions apparaîssent entre Matthew et Sully, ce dernier reprochant au jeune homme de n'en faire qu'à sa tête au risque de mettre ses proches en péril.

La mère de Michaëla envoie à sa fille des caisses contenant des livres de son père. Afin d'en faire profiter tout le monde, Michaëla décide d'ouvrir une bibliothèque municipale. Tout le monde est ravi.

Halloween arrive bientôt. Michaëla racontre l'histoire de Frankenstein aux enfants. Brian, qui se promène dans les bois, voit « le monstre » que tout le monde recherche.

Le Dr Quinn se rend à Washington, accompagnée de ses enfants, Sully et Nuage dansant... Son but : témoigner aux audiences de la Commission des affaires indiennes... Alors qu'il s'apprête à repartir pour le Colorado, Sully est arrêté par des soldats, pour désertion de l'Armée des Etats-Unis.

Arrêté pour désertion, Sully est jugé et condamné à être fusillé.

Michaëla et Sully sont à la gare de Denver. Ils y retrouvent Kid Cole et Soeur Ruth. Ils prennent ensemble la diligence qui va les conduire à Colorado Springs pour le repas de Thanksgiving. Mais ils sont victimes d'un vol et doivent faire face à des indiens dangereux.

Hank décide d'élargir sa clientèle en organisant une soiréet réservée exclusivement aux dames. Loren et Jake sont mécontents et décident de se déguiser en femme afin de pénétrer dans le saloon.

Alors que le Dr Quinn examine Dorothy pour un simple problème de toux, elle découvre la présence d'une tumeur qui pourrait être cancéreuse. Dorothy nie la réalité et refuse d'écouter les conseils de Michaëla. Cette dernière ne sait plus comment faire pour la convaincre.

Noël arrive et tout le monde se prépare. Une famille juive s'installe en ville : Mr Franklin est colporteur et vend ses articles dans la rue. Loren craint de perdre sa clientèle et le Dr Quinn engage une nouvelle bataille contre l'intolérance...

Sully accepte de défendre les droits des indiens en prenant le rôle d'agent des indiens. Une première livraison arrive pour les cheyennes mais malheureusement elle ne contient aucune nourriture.

Le journal de New York annonce qu'une gigantesque comète va s'écraser sur la planète Terre, détruisant ainsi toute forme de vie. Les habitants de Colorado Springs attendent la fin du monde, seule Michaela pense qu'il s'agit d'un canular.

Une vieille femme originale, Sam Lindsay, arrive à Colorado Springs pour gravir le Pike's Peak. Mike se prend d'amitié pour elle et lui demande de l'accompagner dans son escalade.

Sully et Mike proposent à Brian et Coleen de les adopter après leur mariage. Ils acceptent avec joie et Ethan donne son accord. Il est marié à Lillian, une jeune femme dont le père immensément riche a décidé de léguer toute sa fortune à ses petits enfants

Quand Ethan apprend que Lillian ne pourra jamais lui donner d'héritier, il se rétracte et veut à tout prix récupérer Brian et Coleen. Un douloureux procès opposera Monsieur Cooper au Dr Mike.

A l'occasion de la St Valentin, Dorothy décide de monter Roméo et Juliette à Colorado Springs. Collen rêve d'obtenir le rôle de Juliette. Mais c'est Becky qui est choisie.

Les travaux du chemin de fer sont interrompus suite à une panne qui immobilise la locomotive de ravitaillement. Sur les conseils du Dr Mike, Monsieur Tait demande à Robert E. d'effectuer les réparations.

Le saloon de Hank vient d'être dévalisé par trois jeunes bandits : les frères Younger et la fameuse Belle Starr. Blessée, Belle Starr sera soignée et recueillie par le docteur Quinn qui décide de la garder sous sa responsabilité afin de lui éviter la prison.

Un éminent paléonthologue, surnommé le docteur «Fossile», entreprend des fouilles aux alentours de Colorado Springs. A la recherche de nouveaux spécimens de dinosaures, il n'hésite pas à profaner un cimetière indien et s'empare des vieux ossements humains. Cela ne tarde pas bien sûr à déclencher la colère des Cheyennes.

Le révérend étant souffrant, Mike fait la classe aux enfants pendant quelques temps. Elle les initie aux théories toutes neuves de Darwin sur l'évolution provoque un tollé général dans la population : l'homme ne peut pas descendre du singe.

Le général Custer et ses soldats sont de retour à Colorado Springs. Leur but est de déplacer les Indiens vers le sud de l'Arkansas, dans une autre réserve. Scully et le docteur Quinn en informent leur amis cheyennes. Désespéré, Nuage Dansant décide de s'allier aux Indiens Rénégats pendant que Bison Noir conduit femmes, enfants et vieillards à Fort Cobb où le gouvernement leur a promis qu'ils seraient en sécurité.

Matthew intercepte un télégramme de l'armée, annonçant que Custer et ses troupes doivent se rendre sur les lieux. Sully, Nuage Dansant et le Dr. Quinn partent aussitôt prévenir Bison Noir, mais ils arrivent trop tard : le massacre a déjà eu lieu...

Fasciné par la majestueuse évolution d'un faucon en plein ciel, Brian rêve de voler. Pour réaliser sa passion, malgré le refus inquiet du Dr Quinn, il construit des machines volantes et se fabrique des ailes. Pendant ce temps, Sully va à la rencontre de Monsieur Hazen dans l'intention de lui remettre sa démission du poste d'agent indien.

Le révérend propose aux futurs époux de se retrouver à l'église pour réfléchir sur ce qui les unit mais aussi ce qui les oppose. Quelques conflits et vieilles querelles émergent, mais l'amour qui unit Sully et le docteur Quinn sera le plus fort.

À quelques jours de son mariage, Mike s'inquiète de n'avoir aucune nouvelle de sa mère. La cérémonie devra-t-elle être célébrée sans elle ? Mais lors de l'inauguration de la gare de Colorado Springs, les premières passagères à descendre du train ne sont autres que la mère de Mike et ses deux soeurs, Marjorie et Rebecca.

Mike et Sully sont mariés. Dans le compartiment que leur a aménagé Brian et John, ils partent en voyage de noces pour Denver...