Quando uma estudante mutante do ensino médio chamada Hisako Ichiki desaparece no norte do Japão, seus pais pedem ajuda ao professor Xavier. Sentindo que o caso do desaparecimento de Hisako é de grande importância para os mutantes, ele reúne seus X-Men. No entanto, o líder dos X-Men, Ciclope, que havia perdido sua amante Jean durante a batalha, se recusa a voltar.

Os X-Men, liderados por Ciclope, viajam via Blackbird para o Japão. Durante a busca por Hisako, eles descobrem que ela não é a primeira Mutante a desaparecer. À medida que avançam em sua investigação, eles também descobrem que a população local é extremamente preconceituosa contra os Mutantes. Sua investigação é dificultada pelos U-Men, um grupo fanático de cientistas que fazem experimentos em mutantes relutantes. Os X-Men invadem o esconderijo dos U-Men e o que eles descobrem é realmente horrível.

Enquanto procuram o quartel-general dos U-Men, os X-Men encontram Hisako e Emma Frost, uma mutante com o poder da telepatia. Ciclope afirma que Emma foi a principal causa da morte de Jean um ano antes. Emma nega e explica que ela era a instrutora de Hisako e veio ao Japão para resgatá-la, mas os X-Men desconfiam dela. Só então, o cientista louco dos U-Men, Todd, lança um ataque. Durante esta batalha feroz, os poderes de Hisako como mutante são despertados.

Os X-Men destroem o esconderijo dos U-Men. O corpo de Emma se transforma em uma consistência semelhante a um diamante enquanto ela tenta proteger Hisako de um raio laser disparado pelo moribundo Todd. Isso é conhecido como "mutação secundária" entre os mutantes. Os X-Men decidem levar Emma e Hisako de volta ao Instituto Xavier para exame. Durante o vôo de volta, o Blackbird é atacado por uma estranha criatura parecida com um morcego que mostra os perigosos sintomas da Síndrome de Damon-Hall, que pode atacar aqueles com mutações secundárias.

O professor Xavier decide anunciar Hisako e Emma como membros dos X-Men. Ciclope se opõe a Emma se tornar um membro enquanto Hisako começa seu treinamento como membro dos X-Men. No entanto, a enormidade de seus poderes a confunde. Para ganhar a confiança de Ciclope, Emma decide permitir que o professor Xavier faça um exame telepático para que todos possam ver seus pensamentos íntimos.

Todas as dúvidas sobre Emma são dissipadas e os X-Men estão unidos novamente. O professor Xavier sente que existe uma força enorme que eles não entendem ainda presente no norte do Japão. Armados com uma vacina para combater a Síndrome de Damon-Hall, os X-Men retornam ao norte do Japão. No entanto, enquanto eles estão voando de volta, uma força desconhecida e muito poderosa os faz perder o controle do Blackbird. Forçados a executar um pouso forçado, eles são atacados pelo restante dos U-Men, e uma batalha feroz se inicia.

Tendo derrotado os U-Men, os X-Men chegam a uma instalação nas montanhas. A instalação é administrada por uma mulher chamada Yui Sasaki, que originalmente a operava como uma escola para crianças mutantes, frequentada por Hisako. Emma, ​​Wolverine e Beast sentem que Yui está escondendo algo. Yui contata o professor Xavier em Nova York e conta a ele a chocante notícia de que ele é pai de uma criança... que não existe mais.

Riko e Kaga, dois dos assistentes de Yui que apresentam sintomas de Damon-Hall, atacam a instalação. Ambos são injetados com a vacina criada pela Fera. Emma espia um homem desconhecido quando ela está em seu estado de diamante. Emma tem dúvidas sobre Jun, se perguntando se ele é o homem que ela viu. Enquanto isso, o Professor X está voando no Blackbird para visitar os X-Men, mas nunca chega.

É descoberto que Yui estava dando a Riko e Kaga uma droga que pode ter efeitos colaterais indesejados. Enquanto isso, Emma aparece antes de Jun, que desceu para a instalação subterrânea, e descobre que ele é, de fato, o líder do Inner Circle, Mastermind. Os X-Men vêm correndo, mas Wolverine fica confuso com a ilusão de que Mastermind projeta e ataca Ciclope.

Uma sala na parte de trás da instalação subterrânea contém a fonte do enorme poder que afeta o norte do Japão, e Mastermind planeja usar isso para controlar o mundo. Uma batalha feroz começa entre os X-Men e os Quatro Pilares do Círculo Interno convocados por Mastermind, com os X-Men conseguindo derrotá-los, assim como Yui revela uma verdade chocante. Enquanto isso, o professor Xavier está tentando freneticamente escapar de sua misteriosa prisão.

Os poderes de Takeo causam fenômenos estranhos em todo o mundo, colocando todos os humanos e mutantes em perigo. Os X-Men encenam um ataque simultâneo contra ele, mas não são páreo para ele. O professor Xavier, que finalmente chegou, encontra seu filho, tanto pessoalmente quanto no plano astral, mas Takeo opõe feroz resistência e revida. Não mais mortais, os X-Men têm alguma esperança de derrotar Takeo antes que o mundo seja destruído?