Μια επιδημία του Ιού της Αποκάλυψης φέρνει στην εξουσία της Ιαπωνίας το GHQ. Ο μαθητής Σου γνωρίζει τη διάσημη τραγουδίστρια Ίνορι, αλλά ο στρατός τη συλλαμβάνει.

Τα βιολογικά όπλα προκαλούν μια ξαφνική μάχη ανάμεσα στο Γραφείο Κηδειών και το GHQ. Ο Σου καταστρέφει έναν Ενδοσκλάβο και τη γλιτώνει. Ο Γκάι τον αναγκάζει να πολεμήσει.

Η μάχη τελειώνει. Ο Σου αρνήθηκε να μπει στο Γραφείο Κηδειών και νομίζει ότι μπορεί να γυρίσει στην κανονική ζωή, αλλά βλέπει ότι πρέπει να προστατέψει την ελευθερία του.

Ο Σου δραπετεύει από τη φυλακή του GHQ και κρύβεται στο καταφύγιο του Γκάι. Εκεί, φοράει έναν πομπό που του δίνει κρυφά ο Σέγκαϊ, ο οποίος θέλει να συλλάβει τον Γκάι.

Η δορυφορική επίθεση του Λευκοκύτταρου είναι βαριά. Οι ενισχύσεις του Γραφείου Κηδειών καταστρέφονται κι ο Γκάι τραυματίζεται, αλλά η ομάδα ετοιμάζει την απάντησή της.

Με μια συμφωνία μεταξύ Γκάι και Σέγκαϊ διαγράφονται τα στοιχεία για το περιστατικό του GHQ και ο Σου επιστρέφει στην καθημερινότητα. Οι συμμαθητές του τον καλωσορίζουν.

Ο Σου δυσκολεύεται με τον Σούτα Ταμάντατε, αλλά το Κενό του είναι απαραίτητο για την αποστολή του Γραφείου Κηδειών. Έτσι, κατευθύνεται προς την Όσιμα με τον Σούτα.

Με την αυτοπεποίθηση στα ύψη μετά την αποστολή, ο Σου ξανασμίγει με τον Γιαχίρο που το έχει σκάσει με τον αδερφό του και αντιμετωπίζει μόνος την επίθεση του Σέγκαϊ.

Αδυνατώντας να σώσει τον Τζουν, ο Σου φοβάται να χρησιμοποιήσει τα Κενά λόγω των λαθών που προκάλεσε ο εγωισμός του. Καθώς το Τόκιο δέχεται επίθεση, πρέπει να διαλέξει.

Καθώς ο ιός κρυσταλλοποιείται κι εξαπλώνεται σε εχθρούς και συμμάχους, το Τόκιο παραδίδεται στο χάος. Ο Κέιντο οργανώνει πραξικόπημα και το αποδίδει στο Γραφείο Κηδειών.

Ο Γιου, νεκροφύλακας της Νταθ, χρησιμοποιεί το Κενό στον Γκάι και παίρνει την Ίνορι. Ο Σου τούς ακολουθεί και βρίσκει τον Κέιντο έτοιμο να ξεκινήσει μια εφιαλτική τελετή.

Η Μανά εξαφανίστηκε. Ο Γκάι πέθανε. Δύο εβδομάδες πέρασαν από το ξέσπασμα της επιδημίας. Ο Σου ζει στο καταφύγιο με άλλους επιζώντες.

Ο Κέιντο ανακοινώνει ότι δεν υπάρχουν επιζώντες στο αποκλεισμένο Τόκιο. Στην Κόκκινη Γραμμή ξεκινάει επίθεση. Για να κατευνάσει τους μαθητές, ο Σου αναλαμβάνει δράση.

Η τάξη αποκαθίσταται ανάμεσα στους μαθητές με τον Σου νέο πρόεδρο του συμβουλίου τους, αλλά πολλά προβλήματα υποβόσκουν. Η τραγωδία κάνει τον Σου να αλλάξει στάση.

Ο Άργκο μπαίνει κρυφά στο αποκλεισμένο Τόκιο για να σώσει την Άρισα, αλλά τι βρίσκει όταν φτάνει; Η αλήθεια που αποκαλύπτεται εξοργίζει αφάνταστα τον Σου.

Η Άρισα μαθαίνει το μυστικό που θα εκθρονίσει τον Σου από την τυραννία του. Αναγκάζεται να σιωπήσει, οι φήμες όμως εξαπλώνονται. Ο Σου βάζει μπροστά το “Πλάνο Εξόδου”.

Ο Σου τιμωρείται για τις πολλές αμαρτίες του. Ξαφνικά, εμφανίζεται μπροστά του ο φερόμενος ως νεκρός Γκάι, αλλά είναι αλλαγμένος και βυθίζει τον Σου σε βαθιά απόγνωση.

Αν και δύσκολα, η Ίνορι τελικά συγχωρεί τον Σου για τις αμαρτίες του. Ο Σου κάνει τον Γκάι να ομολογήσει τα πάντα κι η θαυματουργή του δύναμη γεννά μια νέα μοίρα.

25 Δεκεμβρίου 2039. Ο κόσμος όπως τον ξέρουμε τελειώνει κι ένας νέος γεννιέται. Η τέταρτη Αποκάλυψη ξεκινάει σ' όλον τον κόσμο. Ο Σου αντιμετωπίζει τον μοιραίο του εχθρό.

Μια μάχη που θα καθορίσει τη μοίρα του ανθρώπινου γένους ξεκινά. Όσο συγκρούονται τρομερές δυνάμεις, ο Σου μπαίνει στον Τομέα 24 προκειμένου να σώσει την Ίνορι.

Η τέταρτη Αποκάλυψη έφτασε για να φωτίσει την εξέλιξη της ζωής και της φυσικής επιλογής σε όσους ζουν στη Γη. Οι δυο τους πρέπει να ξεχάσουν τις διαμάχες από το παρελθόν.