Một đợt bùng phát Virus Tận Thế khiến Nhật Bản bị Bộ tổng tư lệnh nắm kiểm soát. Nam sinh trung học Shu gặp nữ ca sĩ thần tượng Inori, nhưng cô bị quân đội đưa đi.

Vũ khí sinh học gây ra một cuộc chiến bất ngờ giữa Hội Tang Lễ và Bộ tổng tư lệnh. Shu tiêu diệt một Endlave và thoát khỏi nguy hiểm. Gai buộc cậu tham gia trận chiến.

Cuộc chiến kết thúc. Shu – đã từ chối gia nhập Hội Tang Lễ – nghĩ rằng cậu có thể trở lại với cuộc sống bình dị, nhưng rồi nhận ra cậu phải bảo vệ tự do của chính mình.

Do Yahiro phản hội, Shu bị nghi ngờ có liên quan đến khủng bố và bị bắt giam. Shu tự hỏi có nên tin Segai của Bộ tổng tư lệnh hay không. Nhà tù bị tấn công.

Shu thoát khỏi nhà tù của Bộ tổng tư lệnh và đến chỗ của Gai. Tại đó, cậu luyện tập trong khi đeo một máy phát do Segai – người muốn bắt Gai – bí mật đưa cho.

Cuộc tấn công vệ tinh Leukocyte diễn ra cực kỳ tàn bạo. Tất cả quân tiếp viện của Hội Tang Lễ bị tiêu diệt và Gai bị thương, nhưng cả đội tiến hành phản công.

Một thỏa thuận giữa Gai và Segai xóa thông tin về vụ việc khỏi Bộ tổng tư lệnh, còn Shu trở lại với cuộc sống bình thường của mình. Các bạn cùng lớp chào đón cậu trở lại.

Shu gặp vấn đề với Souta Tamadate, nhưng Hư Không của cậu ta lại rất cần thiết cho nhiệm vụ Hội Tang Lễ. Cậu đến Oshima với Souta để hoàn thành nhiệm vụ của mình.

Thêm tự tin sau nhiệm vụ Hội Tang Lễ, Shu gặp lại Yahiro – người đang chạy trốn cùng em trai Jun của mình. Cậu một mình đối phó với cuộc tấn công của Segai.

Không thể cứu được Jun, Shu vô cùng sợ hãi việc sử dụng Hư Không – do những sai lầm mà bản ngã của chính mình gây ra. Khi Tokyo bị tấn công, cậu phải lựa chọn.

Khi virus kết tinh và lây lan sang kẻ thù cũng như đồng minh, Tokyo rơi vào hỗn loạn diện rộng. Keido phát động một cuộc đảo chính và đổ mọi tội lỗi cho Hội Tang Lễ.

Yuu – người giữ mộ cho Daath – dùng thanh kiếm Hư Không khiến Gai bị thương và đưa Inori đi. Shu bám theo họ và phát hiện Keido sắp bắt đầu một nghi lễ đáng ngại.

Mana biến mất. Gai đã ra đi. Đã hai tuần trôi qua kể từ khi thảm họa bùng phát. Shu sống tại nơi ẩn náu cùng với những người sống sót khác.

Keido thông báo không còn người sống sót nào ở Tokyo chịu sự phong tỏa. Một ranh giới vây hãm đang thu hẹp dần. Để trấn an đám đông học sinh, Shu quyết định hành động.

Trật tự giữa các học sinh được khôi phục khi Shu làm chủ tịch hội học sinh mới, nhưng nhiều vấn đề còn đang chờ đợi. Bi kịch buộc Shu phải nhìn nhận lại bản thân.

Argo thâm nhập vào Tokyo đang bị phong tỏa để cứu Arisa, nhưng cậu tìm thấy gì khi đến nơi? Một sự thật được phơi bày đã làm chấn động tận tâm can Shu.

Arisa biết về bí mật sẽ hạ bệ Shu khỏi vị thế độc tài của mình. Cô bị buộc phải giữ im lặng, nhưng tin đồn vẫn tiếp tục lan rộng. Shu kêu gọi cho "Kế hoạch di cư".

Shu bị trừng phạt vì nhiều tội lỗi của mình. Gai được báo cáo là đã chết đột nhiên xuất hiện trước mặt cậu, nhưng anh đã bị biến đổi và đẩy Shu xuống đáy tuyệt vọng.

Sau một hồi đấu tranh, cuối cùng Inori đã tha thứ cho tội lỗi của Shu. Shu một mình đối đầu với Gai và phơi bày tất cả. Sức mạnh kỳ diệu của Shu dệt nên một vận mệnh mới.

Ngày 25 tháng 12 năm 2039. Thế giới ta biết đã diệt vong và thế giới mới bắt đầu. Ngày tận thế thứ tư được tuyên bố ra toàn thế giới và Shu đối diện với kẻ thù định mệnh.

Ngày tận thế thứ tư đã đến để chiếu ánh sáng của sự tiến hóa và chọn lọc lên những người sống trên Trái Đất. Hai người phải giải quyết mối thâm thù từ quá khứ.