Keido libera Segai de seus serviços, dando-lhe dados contendo informações sobre os vazios, como prometido, antes de ir para a torre de cristal. Enquanto isso, Gai diz a Shu para seguir Yu, que ajuda Shu a recuperar suas memórias. Quando ele era mais jovem, Shu e sua irmã mais velha, Mana Ouma, morando em uma ilha em Oshima, avistaram Gai na praia. Gai passou o verão com eles em sua casa de praia, tornando-se o melhor amigo de Shu enquanto se apaixonava por Mana. Depois de experimentar o flashback, Shu se encontra na torre de cristal, onde Keido tem Inori ligado. Keido explica que Inori foi criado para ressuscitar Mana, cuja alma está preservada graças ao vírus, a fim de espalhar o vírus para aniquilar a raça humana, e ele pretende criar uma nova raça ao se casar com Mana Ouma. Enquanto Yu prepara uma cerimônia, outro flashback revela que Mana disse a Shu que ela queria se casar com ele. No entanto, Gai depois soube que ela estava infectada com o vírus Apocalypse, que induziu sua insanidade, mas Mana ameaçou-o para não contar a Shu. De volta ao presente, Shu tenta parar a cerimônia, apenas para ser ligado por plantas de cristal controladas por Mana. Gai e Ayase chegam na torre para revidar, mas o Endlave Steiner de Ayase é destruído no processo. O último flashback revela que Gai pediu a Shu para encontrá-lo em uma igreja para lhe contar a verdade sobre Mana, mas Mana veio e enganou Gai para que ele atirasse em si mesmo com uma arma defeituosa. Shu foi perturbado por isso em sua chegada, em seguida, rejeitou a se casar com ela, o que a levou a enlouquecer e espalhar o vírus do Apocalipse por toda Tóquio, acabando por se destruir de seu próprio poder por medo. Como resultado, Gai prometeu ficar mais forte, já que ele era responsável por isso, enquanto Shu reprimia suas memórias sobre Mana e Gai devido ao trauma. Shu, que finalmente se lembra do seu passado, extrai Gai's Void, uma arma que força os Vazios de outras pessoas, e vai resgatar Inori enquanto Gai se dirige para o casulo para libertar a alma de Mana. Keido tenta pará-los, mas Yu o expulsa por não se casar. Gai alcança o casulo, mas é perfurado pelos cristais que o protegem. Shu não tem escolha senão esfaquear Gai através de seu corpo com o Vazio de Inori para destruir o casulo. Quando a torre desmorona, Gai finalmente segura Mana em seus braços e eles desaparecem juntos, enquanto Shu e Inori flutuam em segurança e lamentam sua morte.

Um bombardeiro furtivo das Nações Unidas tenta bombardear os estudantes, mas Gai extrai os vazios de Hirohide, Takaomi e Ritsu como sacrifícios para destruir o avião. Depois que Gai mata um Miyabi enlouquecido destruindo seu Vazio, Gai ordena que Ayase, Tsugumi e Argo se juntem a ele ou morram, mas Daryl intervém e culpa Gai por fazê-lo matar seu pai. Na confusão da insubordinação de Daryl, Inori escapa com Shu, enquanto Ayase, Tsugumi e Argo escapam por conta própria e Arisa defende Gai antes de escapar também para se juntar aos Anti-Corpos. A frota naval das Nações Unidas enviada para destruir o Japão é destruída por uma explosão de leucócitos operada por Kenji, onde Gai diz à ONU para não interferir em suas operações ou ele ativará os 256 satélites de leucócitos que orbitam a Terra. Três dias depois que este anúncio foi divulgado em todo o mundo, Okina e sua secretária Kurachi acreditam que o GHQ está sendo controlado pela organização secreta Da'ath, cujo objetivo anterior era obter o Void Genome de Shu, mas agora está tentando capturar Inori. Quando os Anti-Corpos localizam Shu e Inori, Okina e o Grupo Kuhouin emboscam os Anti-Corpos. Quando Arisa é atacada por Okina, que está decepcionada com ela por desonrar o nome de sua família, ela atira em autodefesa. Inori está lentamente se perdendo para Mana, que está tentando dominar seu corpo e zombeteiramente chama Inori de monstro, mas Inori empurra isso para o lado. Inori conforta um Shu deprimido que ele deveria parar de se culpar como ela sempre estará lá para ele, não importa o que aconteça. A fim de protegê-lo dos Anti-Corpos, Inori planeja ser uma distração para ele contra Gai. No entanto, quando Shu se opõe a isso, ela o derruba e lhe dá um beijo de despedida. Ela enfrenta o batalhão de Arisa Endlave enquanto ela admite que ela é um monstro, mas ela se vê como única desde que Shu a ama por quem ela é. Apesar de destruir os Endlaves, Inori é capturado por Gai. Shu acorda aprendendo sobre a captura de Inori e está decidido a salvá-la.