リーベ・デルタ。それが相葉昴治たち航宙士を志す少年少女の学舎であり、生活の場だった。宇宙に広がるプラズマの海・ゲドゥルトへのダイブ中、不可解にもリーベ・デルタは制御を失いゲドゥルトの深部へと沈んでいったのだ。襲い来る衝撃。そして不安……。果たして、昴治たちは生き延びられるのか……？

沈みゆくリーベデルタから脱出すべく、ツヴァイの作業が続く。そんな中、艦内で作業していた昂治とイクミはリーベ職員の死体を発見する。驚愕、そして戸惑い。報せようとブリッジに向かう昂治は、そこに脱出を阻止しようとする大人たちの姿を見る。いったい何故!? リーベ圧壊の時が迫る！

リーベデルタから脱出したのは実習宇宙艇の力ではなかった。ステーション内に隠されていた謎の巨大艦が、少年少女たちを救ったのだ。果たしてこれは偶然なのか、それとも必然なのか……。理由も分からないまま、彼らは生き抜くための共同生活を模索し始める。

無事にリーベデルタから脱出した生徒たちは、彼らなりの秩序を、何かに急かされるようにリヴァイアスの中に作り上げていく。それはブリッジでも、昂治やあおいたちの間でも同様だった。しかし、その秩序に有形無形のひずみが生じる……。まるで彼らの結束を試すかのように……。

ツヴァイたちの活躍によって、リヴァイアスに避難した生徒たちの生活は安定しつつあった……。だが、次の敵襲を恐れるツヴァイたちは、艦内で見つけた人型兵器ヴァイタル・ガーダーを自衛のために使うことを決意。祐希、イクミをはじめとした生徒たち数名をパイロットに選び訓練を開始して……。

敵から逃げるべく、ゲドゥルトの海に逃げ込んだリヴァイアス。その内部では、ブルー率いるグループが反乱をおこしブリッジを占拠していた。その場に居合わせた昴治は、祐希たちをかばうために新たなブリッジメンバーに加わることに。新たな秩序をその艦内に脈動させながら、リヴァイアスは火星へのルートを選択する……。

火星宙域に到達したリヴァイアス。やっと、助かるとホッと一息つく彼らであったが、なぜかブルーだけは警戒を解こうとはしなかった。戦闘か否か。ある者は生きるため前者を選択し、またある者は同じ理由で後者を選択する。対立する艦内をよそに、救助の手を差し伸べるべき者たちの容赦のない攻撃が開始される……。

遂に動きだしたリヴァイアスの切り札、ヴァイタル・ガーダー。半信半疑での実戦の結果は、少年たちに希望と幾ばくかの奢りをもたらすものだった。確執、駆け引き、交錯する思考。そして昂治は、命令を無視して機雷を破壊し道をつくっていくヴァイタル・ガーダー＝祐希に対して吐き出せぬ思いを蓄積していく……。

リヴァイアスの能力は、その殆どをヴァイタル・ガーダーが有していた。力を持つ者と、持たざる者。気づいた少年たちの中で権力の図式が一瞬にして破壊され、思わぬ方向へと進んでいく……。不安と疑心暗鬼が募る中、裸同然のリヴァイアスを再び敵が襲う。迫る決断の時、昴治は生き抜くために何を信じればいいのか？

リヴァイアスパーティー。この催しに、少年たちはしばしの間、現実を忘れて語らい、笑う。その最中、祐希と邂逅する昂治。新たな口論、反発、そして行動。二人の心の隔たりを象徴するかのように、浮かれた船内の生徒たちに容赦のない声が響く。そして、彼らは知る。自分たちが、いまどんな状況に置かれているのかを……。

テロリスト……それが少年たちに、突然与えられた自分たちの定義だった。疑問、不安、失望、苛立ち、諦め、幾つもの言葉がリヴァイアスクルーの中を飛び交い、渦巻いていく。そんな中、次の行動の指針すら失った彼らに道を提示するイクミ。そして、芽生え始めた気持ちのズレを抱えたまま、黒い巨艦は火星圏を離脱する……。

火星圏を離れ一ヶ月。ポイントという概念、親衛隊の存在、特権を持つ一部の限られた人間……。いま、艦内の閉鎖された社会を支配しているのは、砂の城にも似た危うい秩序だった。そこに組み込まれながらも、自らの心の中にある違和感と向き合う昂治。だが敵という名の現実は、そんな時間すら与えてはくれなかった……。

どんなに絶望的な状況に置かれ続けても、人はなにがしらの心の拠り所を見つけ安堵の息を吐く。リヴァイアス・クルーたちにとって、ヴァイタルガーダーはその象徴だった。しかし、ゲドゥルトの中から突如出現した所属不明の戦艦は、彼らのそんな些細な安堵感に楔を打ち込む。本能的に身の危険を感じた昂治の叫びと共に……。

敵艦を一旦退け、リヴァイアスとの通信が途絶えたとき、澄んだ青の名を持つ少年は裏切りの意志を明らかにする。だが、彼が目指す希望の地ハイペリオンは敵により無惨に砕け散ってしまう。ハイペリオンの残骸を利用した敵の攻撃に翻弄されるリヴァイアス。その最中、ブルーの苦悩を加速させるかのように黒い陰謀が動きだす。

脆く崩れていく艦内秩序……それは、武力で支配していたブルー政権の終焉でもあった。しかし、それを変えるなら変えるなりのルールがあるはずだ！ そんな昴治の声は、多数の思いに押し切られる形で隅に追いやられてしまう。そして3度目の新しい秩序が生まれはじめたとき、昴治は新たな役割を与えられる……。

表向きは、平穏を取り戻したかに見える艦内秩序。だが、以前とは明らかに何かが変わっていた。落ちてゆく者、欲にまみれる者、暴力に訴える者、ひとたび見え始めた歪みは拡大しリヴァイアスを包み込んでいく。それぞれの想いが交錯し、悲鳴をあげながらもがき続ける。見えない明日に向かって……。

彼らの前に、深紅に彩られた新たな敵が姿を現す。幾度目かの戦闘の最中、まるで当然のように若い命の炎が吹き消されてしまう。しかしその当然は少年たちの心を揺さぶり、すべてを変えていくのに十分だった。そして、新たな運命が動き出したかのように、昂治に告げるイクミの訣別の声がリヴァイアスに冷たく響いた。

違う生き方。同じ生き方。間違った生き方。正しい生き方。昴治は難解なパズルのように交錯する人の運命を、ただ見つめているしかなかった。幼なじみが、親友が、いままで関係を築いてきた大切なあらゆるモノの輪が錆びついていく。ブルーから託された力の象徴をその胸に秘めながら、昴治は一人考える……。

時が、膠着していた。孤独に打ちふるえるあおい。払い拭えない矛盾に苦しむイクミ。周りとの大きな感覚のズレを感じる昴治。過去を振り返ってもそこに答えはなく、未来を見つめてもそこには何もない。ただ、漠然とした無秩序な瞬間だけが存在していた……。だから、イクミはある一線を踏み越える……。

イクミは変わった……。様々な人々の思惑が、彼の変貌を容易に受け入れる。イクミは理解している。自分自身無理をしていることを。だが彼は、この破局に向かい始めた艦内の状況を平穏に鎮められると信じ巨人の拳を振るう決意をする。恐怖に押し潰され、哀れに歪んだ平和と秩序が支配する中で、昴治の心はひたすら藻掻く。

闇の中、私は目覚め最初に知覚したのは自己の存在。そして知った。何百人と流れ込む人の思考が、私の中に残り私自身を形作っていく。「シニタクナイ」ごく自然に口をついて出たその言葉こそが、この艦内に居る多くの人々の思いの根元……。でも昴治は違う、守るべき人のため未来に続く新たな一歩を踏み出そうとしている。

理想、神、信念、希望、愛。信ずるものが違うゆえに少年たちは、行動を起こす。それは状況が招いた悲劇なのか。それとも、人間が存在する上で避けて通れぬ道なのか……。非人間的な秩序の変更を望む自分自身の心に後押しされ、昴治は友と弟の元へと向かう。たとえその行動が形にならずとも、彼らに何かを伝えるために……。

イクミの凶弾に撃たれ、昴治は倒れた……。それはイクミの罪なのか……それとも昴治自身の罪だったのか？ 負傷した彼を救うべくクリフたちの手により必死の治療が続く中、ゲシュペンストの執拗な攻撃に劣勢を強いられたクルーたちはリヴァイアス本船からの脱出を開始する。敵との戦闘が激化する中、目覚めた昴治は……。

大切な親友にどうしても伝えたいこと。それを胸に、昴治はあおいと共にリフト艦へと向かう。ただ、自分の本心から言いたいことを伝えるため、彼は親友の前に立つ。微笑みと哀しみ、許容と理念、そして人間と人間。それぞれが交差し譲り合えずに弾けるその瞬間、彼らの苦難の旅は突然の終焉を迎える。

あれから半年……地球に戻ってきた昴治たちは、やっと落ち着きを取り戻し自分らしい時間を過ごしていた。“リヴァイアス”まだ過去でないはずなのに、その名がある種のノスタルジーさえ帯びる頃、彼らの未来は再び動き出す。少し大人になった彼らを乗せリヴァイアスが再び飛び立つ。まだ見ぬ遙かな無限の宇宙へ……。