某天，在不熟悉的學校醒來的少年音無，被名叫百合的少女搭了話。她一邊敘述著「這裡是死後的世界」「我們正在與神抗爭，不分日夜與神的使者天使戰鬥著」，一邊拿起來福槍瞄準天使。音無無法理解這脫離常軌的言行舉止，離開百合走向被稱作天使的楚楚可憐的少女向她搭話。但是，那名少女也表示「這裡是死後的世界」。聽了這麼無法接受的音無，焦躁地請她提出證據。

死後世界戰線的成員與天使戰鬥時所使用的武器或彈藥，是由「公會」這個組織製作。百合接到聯絡表示彈藥即將用盡，決定進行前往存在學校地底深處的公會的空降作戰。然而戰線成員朝著公會前進時，卻被應該已經解除的對付天使用即死陷阱襲擊。百合注意到陷阱之所以會再次啟動，是因為天使現身了，並判斷大家應該比天使早一步抵達公會而發起行軍。但是，所到之處皆會觸發強力陷阱，陷入了接二連三出現犧牲者的狀態…

天使是死後世界戰線的敵人，而天使的住處則是由電腦控制，滿是笨蛋的死後世界戰線實在是束手無策。百合認為那裡一定有著聯絡神的秘密，借助了天才駭客克萊斯特的力量，決定為過去曾失敗過的天使領域侵入作戰進行復仇戰。百合已經預想好天使會加以警戒，並請Girls Dead Monster進行浩大的佯攻，岩澤為了準備在體育館舉辦的前所未聞的事先告知演唱會而持續排練著。

代替消失不見的岩澤，唯成為了GDM的主唱候補。但是，看了唯在GDM的表現的百合，決定放棄在球技大會時進行利用GDM佯攻的作戰計畫，改成突擊參戰的方式。球技大會比的是「棒球」。戰線成員陸續組成了幾個小隊，日向則是率先來找音無組隊。還活著的時候就與棒球有深刻淵源的日向，與音無一同為了尋找成員而奔走。

考試快到了，此時百合計劃起徹底妨礙天使考試，使天使成為全校最後一名的猛攻作戰。百合考慮到若天使非神所創造之物而擁有人心的可能性，那麼藉由這個計畫讓身為學生會長的名譽盡失，到底會不會對天使的精神造成打擊。作戰成員為高松、日向、大山、竹山、音無，以及百合。

戰線成員因為繼任奏職位成為學生會長代理的直井的策略，在反省室被監禁了一晚。雖然隔天被平安釋放，百合仍然苦惱接下來該如何進行活動。首先為了要了解直井的底線，百合指示戰線成員在上課時隨意做點事情。戰線成員在上課時一下吃零食一下打麻將，自由的行動著。而直井身為學生會長代理也只會做出一些無害的行動。

直井曾對戰線成員嚴加考打，但被音無打動真心後，最後加入了戰線。某一天，百合要求直井使用他的特殊能力「催眠術」，希望能喚醒音無失去的記憶。音無雖然覺得恢復記憶後可能至今的生活可能都將結束而感到不安，仍然鼓起勇氣決定面對失去的記憶。於是，音無的記憶緩緩地復甦了。自己是個找不到活著意義，只是持續打工，簡直像是死人一般的人。

天使出現在剛用料理招待完一般學生，正在清潔收拾的戰線成員面前。但是，她卻以與平時不同的好戰言行襲擊戰線成員。然後，在那刀刃即將襲向音無的前一刻，本來與音無等人一同行動的另一個天使，與她互相刺傷了對方。隔天早上，戰線成員聚集在因傷沉睡的天使所在的保健室。百合解釋了這是因為天使使用了「合聲」的事情，並且開始尋找如何解除分身的方法。

音無開始與天使合作，目標讓戰線成員得從這個世界畢業進行作戰。音無最先考慮到的畢業對象是唯。他認為唯每天過得很快樂，只要稍微在背後推一把，應該就能從這個世界畢業了。但是了解之後，唯想做的事情似乎是特別地多。唯小時候遭遇車禍，導致身體完全不能動，就這樣在床上度過了人生，從電視上看到了「樂團」「棒球」「足球」「職業摔角」等等，對各種事情都充滿憧憬。

在思考著接下來該讓誰踏上旅程的音無面前，日向與直井現身了。兩人都搶著想當音無的助手，話題實在無法進展。就在這時，直井背後突然出現了像是影子一般的東西並且襲擊而來。音無與日向總算是用槍擊退了那個影子，但是仍然無法理解到底發生了什麼事情。百合認為起因也是奏的程式而前去質問她，但奏看起來也不了解事情經緯的樣子。談話過程中，槍聲再度響起。

天使全力殲滅持續增加的無數黑影的同時，音無、日向、直井也決定要奮戰。雖然他們因為影子實在太多了而一度退縮，野田、大山、TK、藤卷、松下五段、椎名等戰線成員都來協助參戰，開始了與黑影的總決戰。另一方面，百合為了阻止某個當作自己是神就把NPC變成影子襲擊大家的人，走向了公會深處。就在快抵達舊公會的時候，卻被突然襲來的黑影給吞噬…

百合破壞了放在公會深處的電腦室之後過了幾天，在保健室的床上醒來了。音無、奏、日向、直井圍繞在她身邊。他們得知長久以來困擾百合的心防已經蕩然無存，決定繼續進行某件事，並且將百合帶向了某個地訪。目的地是，體育館。他們將要在這裡，開始進行「死後世界戰線畢業典禮」。