Die Geschichte von Mai-Otome spielt in ferner Zukunft auf dem Planeten Earl, der vor Jahrhunderten von Einwanderern von der Erde kolonisiert wurde. Die "alte Technologie" hat in Form von Nanomaschinen überlebt, die es weiblichen Jungfrauen ermöglichen, hoch entwickelte Materialisierungsausrüstung (HiME) zu benutzen und Meister-Otome zu werden - Leibwächter und Krieger, die dem Königtum verschiedener Königreiche dienen.

Arika Yumemiya ist auf der Suche nach ihrer Mutter, von der Arika weiß, dass sie eine Otome war, ins Königreich Windbloom gekommen. Bei ihrer Ankunft trifft sie die Spitzenschülerin (Coral Otome), Nina Wáng, und die Thronfolgerin von Windbloom, Mashiro Blan de Windbloom. Die Serie folgt Arikas Fortschritten als Studentin an der Garderobe-Akademie und den Machenschaften derer, die die zerstörerische Kraft der alten Technologie für sich selbst begehren.

舞-乙HiME的舞台是以前地球人類移民的行星エアル，以及當時發生的兩大戰爭（十二王戰爭與龍王戰爭）。

某夜，風花王國的風華宮被入侵，國王與王妃被殺害，服侍國王的乙HiME也失蹤了。

14年後，以徒步穿越沙漠的少女愛莉卡．夢宮，為了找尋從出生就馬上分離母親而到了風花王國，並帶着母親的信物「蒼天之青玉」來到了世界唯一培養乙HiME的學校加爾德羅貝學園。

入境後，愛莉卡偶然遇見了加爾德羅貝學園的預科生妮娜．翁和風花王國的公主真白．布蘭．杜．溫德布倫，3人突然遭遇到黑團所操控的奴獸攻擊，愛莉卡身上的「蒼天之青玉」化解了危機。

愛莉卡想盡辦法入學，終於成為加爾德羅貝學園的預科生，但過的生活非常苦，有一名匿名的援助著解決了愛莉卡學費的問題，在那之後她不小心與真白闖入了風華宮的地底，發現了古代的超級兵器「古風琴」，緊接着又被黑團的奴獸襲擊，所以真白不得不用「蒼天之青玉」與愛莉卡定下契約，後來以蒼天之青玉的力量打敗了奴獸。

後來愛莉卡潛入真祖所在的靈廟，知道了被藏在華麗的乙HiME歷史背面的黑暗，「作為戰爭兵器分成敵我被迫作戰了的「乙HiME」的話擾亂了，更發現被妮娜的養父謝爾蓋．翁吸引的心情，而愛莉卡也開始猶豫了，另一方面真白遇到了日邦國年輕的君主鴇羽巧海頭忠賴，被指出自己沒做到的事，一時放棄了作為女王的責任和義務，但因為想起與愛莉卡的約定，看是愛莉卡先成為最優秀的乙HiME，還是自己先成為讓大家幸福的女王。

然而阿爾泰公國與黑團進行着計劃，先讓羅繆勒斯和萊姆斯雙方掀起乙HiME之間的戰鬥，之後又在新風華宮落成儀式時將風華宮動了手腳，畢業紀念舞鬥進行時，黑團的總攻擊開始進行，結果風花王國和加爾德羅貝學園都落到凪．戴．阿爾泰的手中，並將靜留．維奧拉俘虜，夏樹．庫魯卡不得已才逃出風花王國，逃跑的愛莉卡被她的好朋友埃爾斯特．霍所持有的奴獸擋下，那時愛莉卡才知道原來那位匿名援助她的人是謝爾蓋，妮娜的嫉妒之火頓時爆發，和失蹤已久的貴石「漆黑之金剛石」有了反應，和阿爾泰定下了契約，妮娜攻擊愛莉卡的時候，被埃爾斯特擋下攻擊，但埃爾斯特卻和她的奴獸一起消失了，愛莉卡無法容許殺了埃爾斯特的妮娜，結果互相憎恨……

14岁的爱莉卡·梦宫为了寻找母亲的下落来到了大都市。在那里有着一群被称作“乙HiME”的女性，她们专门为王族或政治家等掌权者提供帮助，成为他们的参谋，是华丽而优雅的社交之花，全世界少女的憧憬。有香被乙HiME们活跃的身影打动，决定成为在最高点的“舞乙HiME”的一员。

曾经孕育了许多“乙HiME”的伽尔德洛偑学院，是无数少女们寄托了梦想的所在，有香加入了想要努力争取进入这所学院的行列之中，并与少女妮娜等人相识。在萦绕着友情与恋情的竞争中，几位少女们渐渐成长着。

14歲的愛莉卡·夢宮為了尋找母親的下落來到了大都市。在那裡有著一群被稱作“乙HiME”的女性，她們專門為王族或政治家等掌權者提供幫助，成為他們的參謀，是華麗而優雅的社交之花，全世界少女的憧憬。有香被乙HiME們活躍的身影打動，決定成為在最高點的“舞乙HiME”的一員。曾經孕育了許多“乙HiME”的伽爾德洛偑學院，是無數少女們寄託了夢想的所在，有香加入了想要努力爭取進入這所學院的行列之中，並與少女妮娜等人相識。在縈繞著友情與戀情的競爭中，幾位少女們漸漸成長著。

La trama principal se centra en las "Otomes", guerreras entrenadas en la academia de "Garderobe" en la cual se les enseña, la elegancia, honestidad y tácticas de combate. Al ingresar a la nueva alumna se le otorga un pendiente y una gema que dependiendo su rango es la que controla sus nanomáquinas que son introducidas en su cuerpo y las cuales causan un desmayo de 2 a tres días (En el caso de Arika, la protagonista, su cuerpo soportó las nanomáquinas).

L'histoire met en scène des jeunes filles, les Otomes, qui acquièrent des capacités particulières au cours d'un enseignement dans l'école de Garderobe, dans le but de protéger un pays, une personne. Le maintien de ces capacités exige une absence de relation charnelle avec les hommes, d'où leur appellation. Une fille peu ordinaire, Arika, va venir troubler la vie de l'école et du royaume de Mashiro-sama, la princesse, puis reine, de Windbloom.

Source: Icotaku.com

A történet valamikor a jövőben játszódik. Ebben a világban egy ország erejét az határozza meg, hogy milyen erős az adott ország Otoméja. De hogy mik is az Otomék? Az Otomék olyan nők, akikben a testükbe nanorobotokat ültettek és ezáltal képesek használni a páncéljaikat. A páncél egy különleges harci felszerelés, ami hatalmas erőt biztosít használójának. Az Otomék minden esetben valamely ország uralkodójának szolgálatában állnak és csak az ő engedélyükkel használhatják a páncéljaikat. Azonban egy Otome élete nagyon nehéz, ugyanis sosem lehetnek szerelmesek egy férfiba, mert ha egyszer is együtt töltenek egy éjszakát egy férfival, akkor elveszítik minden erejüket. A történet elején megismerkedhetünk Yumemiya Arika-val, ő egy kis faluból érkezett Wind Bloom királyságába, mert jelentkezni akar a Garderobe Akadémiára, ahol az Otomékat képzik ki. A városban találkozik Wáng Ninával, aki a Garderobe diákja. Találkozásuk nem gond nélküli, mert az országot egy sivatag választja el a többi országtól és mire Arika átkelt rajta (nem kell mondanom, hogy gyalog) addigra olyan szomjas lett, hogy rávetette magát az első pohár vízre, amivel sikerült kínos helyzetbe hoznia Ninát, márpedig egy Otoménak mindig elegánsnak és nőiesnek kell lennie. Ezek után Nina menne is a dolgára, de nem tudja lerázni magáról Arikát, aki mindenáron meg akarja hálálni a segítségét. Később megmentenek egy lányt az üldözőitől, akiről kiderül, hogy Wind Bloom hercegnője. Az üldözőkről pedig kiderül, hogy palotaőrség tagjai, akik a koronázásról elszökött hercegnőt keresték. Menekülés közben megtámadja őket egy hatalmas gépszörny, amit egy titkos csoport tagja idéz meg azért, hogy megölje a hercegnőt. Végül sikerül elmenekülniük és egy Otome látványos módon elintézi a gépszörnyet. Végül, nem egyszerűen, de sikerül Arikának bejutnia az Akadémiára és megkezdi tanulmányait Ninával, hogy Otome lehessen. Persze ahogy az lenni szokott, később jönnek a bonyodalmak és szép lassan egy ördögi összeesküvés bontakozik ki a háttérben.

In the distant future on the planet Earl, colonized by immigrants from Earth centuries ago. "Old technology" has survived in the form of nanomachines that allow female virgins wield Highly-advanced Materializing Equipment (HiME) and become Meister Otomes - bodyguards and warriors that serve the royalty of various kingdoms.

Arika Yumemiya has come to Windbloom Kingdom in search of her mother, whom Arika knows was an Otome. On her arrival she meets the top Coral Otome student, Nina Wáng, and Windbloom's heir to the throne, Mashiro Blan de Windbloom. The series follows Arika's progress as a student at Garderobe Academy and the machinations of those desiring the destructive power of the old technology for themselves.

アリカ・ユメミヤは、伝説のマイスターオトメだった生き別れの母親を捜してヴィントブルーム王国へやって来た。『オトメ』とは、国のために働く女性の専門職だが、オトメになるためにはオトメ養成学校ガルデローベをトップクラスで卒業しなければならない。少女たちの夢が交差するガルデローベで、新たな物語が始まる…！！

Akira Yumemiya viajou por muito tempo até chegar ao seu destino: a Academia Gualderobe. Nessa escola, jovens garotas são treinadas para serem "Otomes", protetoras de políticos importantes e da realeza. Akira faz muitas amizades, mas há alguns inimigos que parecem conhecer fatos do passado que ela própria não sabia. Mas não importa seu espírito e sua determinação sempre a manteve em seu caminho. Adaptado de seu predecessor, Mai-Hime, esta série não é uma sequela directa, mas um ajuste universo alternativo com alguns do elenco Mai-Hime (embora com diferentes personalidades).

Действие развивается на планете Эрл, заселенной колонистами с Земли за много столетий до начала событий.Обретя новый дом, люди разобрали звездные корабли и занялись любимым делом – борьбой за власть и истреблением себе подобных. На планете быстро выросли государства с новыми названиями, но узнаваемым устройством и бесконечными взаимными претензиями. Как и в земной истории, всеобщую бойню предотвратило создание абсолютного «оружия сдерживания», только не ядерного, а разумного. Отомэ, девы-полубогини, способные преобразовывать энергию силой мысли, стали связывать судьбу с сильными мира сего, становясь их советниками и защитниками. Огромные армии утратили смысл, а правители Эрла поняли, что на планете возник новый центр власти – академия Галдероб, единственная школа Отомэ, владеющая монополией на сверхсовременные технологии.