Lors d'une mission expérimentale dans l'espace, l'astronaute John Crichton est projeté dans l'univers et se retrouve au cœur d'un conflit intergalactique. Pris au piège au milieu de savants fous, d'auto-stoppeurs étranges et de créatures effrayantes, Crichton espère retrouver la trace de Moya...

Jool et D'Argo prévoient de faire écraser Elack, pour sauver la vie des membres du gang. Malheureusement, le plan ne fonctionne pas comme prévu et ils sont contraints de partir à la recherche de la sonde qui sauvera la planète...

Après un atterrissage forcé, un piège élaboré divise l'équipage. Crichton, D'Argo et Noranti se retrouvent dans une caverne pleine de lave, tandis qu'à l'extérieur, Chiana et Sikozu tentent de réactiver le vaisseau. Mais bientôt, des mercenaires invincibles débarquent pour le chasser...

L'équipage est enfin au complet mais on demande encore à Moya d'accorder l'asile à Scorpius, aux petits soins d'Aeryn, souffrant de fièvre délirante. Les débats sont soudainement clos avec l'arrivée d'un vaisseau et de Ullom, son capitaine...

L'équipage doit faire face à plusieurs problèmes simultanément : il doit élire un nouveau capitaine alors qu'une plante géante de l'espace vient de capturer le vaisseau. La seule solution pour repousser la plante est de faire appel à Scorpius ...

Tandis que Chiana et Crichton sont entraînés dans un monde de jeux virtuels où la seule échappatoire est de combattre d'anciens amis, Scorpius parvient à s'échapper de Moya, avec l'équipage à ses ordres...

Tandis que Moya est détourné par des chasseurs de primes et ses collègues pris en otage, John rampe dans les trachées du vaisseau pour leur porter secours. Il reçoit l'aide inattendue d'un ancien ennemi en cavale : Scorpius...

En s'aventurant dans Tormented Space, l'équipe de Moya ne met pas longtemps à se mettre les autochtones à dos. Le conflit empire lorsque Aeryn, victime d'hallucinations, tue leur chef. Pour Crichton, la planète souffre des machinations politiques de ses dirigeants...

Lors d'un arrêt technique, l'équipe décide de goûter à la cuisine locale. Mais rapidement, ils souffrent de problèmes physiques et réalisent qu'ils ont été empoisonnés. Pour obtenir l'antidote, ils vont devoir, eux aussi, donner en retour...

Une activité coutumière tourne au cauchemar pour Crichton : dans les limbes d'un trou de vers, il rencontre un être d'une autre dimension. Ce dernier est sur le point de découvrir les raisons pour lesquelles Crichton s'est vu confier cette mission particulière...

D'Argo et l'équipe parviennent à sauver John, mais il est déjà tombé dans le couloir du temps. Arrivé en 1985, l'équipage profite des célébrations d'Halloween pour rester dans l'anonymat. Mais Crichton s'efforce d'inverser le cours du temps...

L'équipage est de retour sur Moya, où l'attendent Jack et un contingent de dignitaires terriens. Ils sont alors présentés à la population mais très vite, la vie publique les repousse. Pendant ce temps, Grayza envoie un monstre, que rien ne semble pouvoir arrêter, à la poursuite de Crichton...

Chiana fait l'acquisition de Talikaa, une esclave abusée, lors du passage d'un navire de commerce. Mais lorsque le comportement de l'équipage devient étrange et que Talikaa disparaît, il s'avère évident que l'esclave est bien moins innocente qu'elle n'y paraît...

Scorpius fait venir Crichton, D'Argo et Rygel dans un camp d'entraînement où les étudiants apprennent la discipline intellectuelle. Mais D'Argo retrouve Macton, assassin de Lo'Lann, sa femme, et grand manipulateur. Tout le passé, avec les douleurs, refait surface...

En cours de route, Aeryn et Sikozu sont témoins de l'arrivée d'une équipe envoyée par Grayza. Au cours de leurs observations, elles découvrent que Grayza obtient une rencontre avec des émissaires Scarrans. Consciente du danger que cela implique, Aeryn décide d'éliminer Grayza...

Sikozu confirme à John que la base secrète des Scarrans est à Katratzi et que Aeryn y est détenue. Bien que les bases de données de Moya n'aient aucune référence sur ce lieu, John reste persuadé d'avoir déjà entendu ce nom...

Dans le but de découvrir si elle porte l'enfant de Crichton, Jenek, le capitaine du navire des Scarrans, garde Aeryn prisonnière. Crichton et Scorpius partent alors à son secours à travers un trou de vers, et arrivent dans des lieux fortement proches de Moya...

Afin de maintenir à quai le navire dans lequel Aeryn est retenue en quarantaine, Noranti confie à Rygel, les germes d'une maladie mortelle et contagieuse. L'équipage peut alors élaborer un plan de secours mais c'est sans compter sur la nature impitoyable de Jenek...

L'équipage voyage jusqu'à Katratzi mais une fois sur place, Scorpius est victime de tortures : les Scarrans tentent de lui extorquer des informations sur le trou de vers. Afin de créer une diversion, l'équipage prévoit un affrontement entre les deux factions habitant la base...

Après avoir déjouer les plans de fuite de Crichton, Scorpius doit prouver qu'il n'est pas un espion. Pour cela, il propose de détruire la caverne remplie de l'élément indispensable à la vie des Scarrans, prétextant ainsi une sortie de secours assurée...

De retour à Moya, John apprend que les Scarrans prévoient d'envahir la Terre. Aussi décide-t-il de boucher la voie d'accès à cette planète...