L'équipage de Moya est encore très affecté par le décès de Aeryn. Crichton est toujours retenu prisonnier dans le laboratoire. Bien que l'implant ait été retiré de son cerveau, la conscience du clone de Scorpius domine tout de même celle de Crichton dont le seul moyen de s'en débarrasser est de mourir... Zhaan souhaite ramener Aeryn à la vie, mais le sacrifice à faire pour y arriver n'est pas des moindres...

L'équipage de Moya se rend sur une station commerciale où s'abat une violente tempête. Il s'agit de l'oeuvre de fanatiques religieux pour qui le commerce est une offense. Moya se retrouve prise au piège par des cables d'amarrage. D'Argo, qui comptait épouser Chiana, découvre qu'elle a une liaison avec Jothee. Déprimé, il prend la mission consistant à libérer Moya comme prétexte pour mettre fin à ses jours. La santé de Zhaan s'aggrave...

Moya entre en collision avec un autre vaisseau, ce qui cause de nombreux troubles à son système qui meurt peu à peu. Pour séparer les deux vaisseaux, il faut en détruire un. Les deux équipages vont avoir du mal à se mettre d'accord...

Moya et Pilot sont condamnées jusqu'à ce qu'on découvre que les dysfonctionnements de Moya ne sont pas dus à la collision avec l'autre vaisseau, mais à un pur sabotage ! L'équipe met tout en oeuvre pour la sauver...

L'équipage du Moya se rend sur les ruines d'un monastère et y trouve un mémorial en l'honneur de courageux Pacificateurs. Ils se retrouvent subitement dans le passé, au milieu de la bataille qu'ont mené les Pacificateurs, et vont changer le cours de l'Histoire pour l'améliorer...

Crichton, d'Argo et Chiana se retrouvent sur un Léviathan qui constituait une ancienne prison pour criminels aliénés. L'un d'eux, Kaarvok, qui a pris possession du vaisseau, s'adonne à de drôles d'expériences. Ils dupliquent d'Argo, puis Chiana. Crichton parvient à venir à bout de Kaarvok. Cependant, deux John sont de retour sur Moya...

L'équipage constate que leur réputation ne leur est pas d'un grand secours lorsqu'il leur faut négocier des médicaments au milieu de l'intrigue politique locale. Mais l'identité duelle de John s'avère utile...

Tandis que Rygel et Stark sont partis en mission, Talyn est avalé par une énorme créature de l'espace, surnommé le Budong. Il est pris au piège dans son oesophage et Crais décide de le rejoindre et de l'aider à sortir par le système digestif. Mais Stark les informe que l'estomac du monstre est un véritable brasier...

Lorsque Moya traverse un nuage électromagnétique, Crichton commence à souffrir d'étranges pertes de mémoire et d'hémorragies. Le reste de l'équipage pense que les symptômes de John sont la conséquence d'une grande fatigue...

Tandis que Talyn est en pleine guérison sur une planète inhabitée, un vaisseau de Pacificateurs arrive pour tenter de capturer Talyn et le rebelle Crais. Ce vaisseau agit sur les ordres de Xhalax, la mère d'Aeryn, que cette dernière n'a pas revu depuis son enfance...

Les chercheurs de Scorpius n'ont pas réussi à concrétiser les voyages dans les trous de ver. Les pilotes-testeurs ont connu des morts horribles. Pourtant un de ces chercheurs, Linfer, insiste pour piloter lors du prochain test, convaincue d'avoir la solution. Sceptique, Scorpius accepte...

Talyn se sent soudainement irrésistiblement attiré vers le soleil qui émet d'étranges radiations. Crais, Aeryn et Crichton se précipitent à son secours. Finalement Talyn tente de résister à l'attraction et se met en orbite autour de l'étoile...

Fatigué de supporter les querelles incessantes de Crichton et D'Argo, Pilot les chasse de Moya pour dix jours et les envoie sur une planète de loisirs appelée LoMo. Leur première soirée sur cette planète est plutôt arrosée, si bien qu'ils se réveillent dépouillés de leurs vêtements et de leur argent...

Talyn a une apparition d'un des Ancients, ayant pris la forme du père de Crichton, Jack. Ce dernier accuse Crichton d'avoir partagé la science de stabilisation des trous de ver avec les Charrids, considérés comme des individus vicieux et surtout alliés des Scarrans...

Le clone de Scorpius semble avoir pris le dessus dans l'esprit de Crichton. Aeryn est prête à tirer et à tuer Crichton, complètement possédé. Mais Jack, réalisant que le clone est sur le point de mourir, détourne le bras d'Aeryn à la dernière seconde, sauvant leur ami et sonnant le glas de l'ennemi...

D'Argo est furieux de découvrir que Chrichton s'est introduit sans sa permission à l'intérieur de son nouveau vaisseau et l'accuse d'y avoir causé un disfonctionnement. Ce dernier nie mais D'Argo ne le croit pas et le pousse violemment. Chrichton se cogne la tête et tombe dans le coma...

Attristée par la mort de Chrichton, Aeryn se rend sur une planète mystérieuse, où elle espère pouvoir entrer en contact avec lui, en vain. Mais dans sa chambre d'hôtel, elle a une apparition. Il s'agit d'un homme, Talyn Lyczac, affirmant être son père qu'elle croyait pourtant mort depuis des années...

Moya a détecté un vaisseau de transport avec qui elle a rendez-vous. Il semblerait que ce soit l'équipage de Talyn. Anxieux, Crichton, D'Argo, Chiana, and Jool attendent dans le hangar pour accueillir les voyageurs. Ils sont surpris de découvrir un Scarran, un Nebari et une Hynerian, accompagnés d'un technicien Pacificateur inconscient. Ces derniers leur demandent de l'aide...

Rygel et D'Argo dînent avec Scorpius sur une planète déserte afin de négocier leur liberté. Ils exigent l'immunité de Moya, de Talyn et du reste de l'équipage. En échange, Chrichton aidera Scorpius dans sa recherche sur les trous de ver...

En déclarant qu'il a choisit de faire équipe avec les Pacificateurs pour lutter contre les Scarrans, Chrichton tente de faire croire à Scorpius qu'il est à bord de son vaisseau pour lui enseigner la technologie des trous de ver. Ainsi Rygel et D'Argo obtiennent ce qu'ils avaient demandé, à savoir l'immunité diplomatique...

Ne parvenant pas à empêcher les recherches de Scorpius sur les Vortex, Crichton s'aperçoit qu'il ne lui reste plus qu'une seule option pour se débarrasser de cette technologie : détruire le vaisseau amiral. Reste à savoir comment y parvenir tout en épargnant le plus grand nombre des 50 000 personnes à bord...

Alors que tout l'équipage regrette la disparition de Talyn et tente de l'inhumer, John est hanté par des visions de ce que pourrait être sa vie s'il retournait sur Terre accompagnée d'Aeryn. Mais, grâce à l'aide d'une rescapée du vaisseau amiral, Crichton se rend compte qu'il devra choisir entre la Terre et Aeryn...