Хотя нейро-чип Скорпиуса был, наконец, извлечён, но Крайтон полагает, что жить незачем: Айрин мертва, способность говорить пропала, и клон личности Скорпиуса остался в его разуме. Однако, у Заан другие идеи и планы… Блестящий эпизод для начала третьего сезона. Неизвестность, романтика и бескорыстная жертвенная любовь.

Команда Мойи направляется на Торговую Станцию, чтобы потратить добычу, но станция оказывается сильно поврежденной яростными штормами, которые, в свою очередь, запутывают Мойю в стыковочных кабелях. Когда становится ясно, что штормы — не естественный феномен, команда ищет способ благополучно смыться оттуда, но сначала Айрин должна спасти детей, попавших в ловушку, а остальная часть команды, освободить Мойю от опутавших её кабелей. Тем временем Д’Арго сталкивается с предательством тех, кто ему ближе всех.

В поисках планеты для исцеления умирающей Заан, Мойя сталкивается с маленьким исследовательским кораблём, серьёзно повредившим Мойю и затащившим оба корабля в ловушку чередующихся червоточин. Крайтон и Нийала, капитан второго корабля, вскоре понимают, чтобы все они могли выжить, нужно пожертвовать одним из кораблей.

Корабли плотно объединены друг с другом и команда Нийалы строит коварные планы, в надежде сохранить собственный корабль, пожертвовав Мойей. Они ускоряют распад левиафана, став невидимыми при помощи Фазтилионного Генератора. По счастью, Крайтон и компания узнают об этом. Но ситуация окончательно выходит из-под контроля, и единственной возможностью спасти Мойю становится самопожертвование одного из членов экипажа.

Крайтон с командой проводили время в мемориале миротворцев, когда, попали во временной разрыв и, благодаря Старку, были заброшены в прошлое во время великой осады Джакасианского монастыря ордой венэков. Крайтон, Айрин, Д’Арго, Старк и Джул стараются остаться в живых, чтобы вернуться в своё время, но осознают, что любое их действие меняет курс истории, с разрушительным влиянием на будущее планеты.

Из-за поломки транспортного челнока, Крайтон, Чиана, Д’Арго и Джул вынуждены сесть на старый, больной Левиафан, на который был одет Контрольный ошейник миротворцев. Их опасения столкнуться на борту с миротворцами вскоре сменяются до ужаса реальными врагами: мутантами-падальщиками, питающимися друг другом, пилотом левиафана и самим левиафаном… а также Каарвоком — сумасшедшим с ужасной привычкой питаться мозгами.

На прощание Каарвок сделал Джону подарок — сотворил из него второго, идентичного Крайтона. Теперь сложно разобрать, кто из них настоящий, а кто клон… Команда Мойи была втянута в беспощадную политическую игру на планете Карвия, где они пытались купить хромэкстин — стимулятор, необходимый для лечения раненного Талина. Тем временем, Айрин узнала, что на захват Талина была выслана поисковая команда миротворцев, которую возглавила её мать — Ксалакс Сун.

Когда Талин попал в пасть огромной космической твари, нервная связь Крайса с Талином дала сбой и он попросил Айрин принять «руку дружбы», чтобы помочь ему управлять боевым кораблём. Тем временем, Старк и Райджел придумали план, как Талину сбежать из утробы будонга, но ревность Крайтона усложнила его выполнение.

После прохода сквозь магнитный кластер команда испытывает странные провалы и периоды потери времени. Они обнаруживают, что Пилот одержим существом, которое преследует «энергетического беглеца». Существо внутри Пилота предупреждает команду, что Беглец спрятался в одном из них и если этого человека не найдут и не извлекут Беглеца, команда погибнет.

Поисковая Команда, под руководством матери Айрин — Ксалакс Сун — отслеживает Талин до Планеты Джунглей, где боевой корабль восстанавливает силы. Пока Крайтон, Айрин и Крайс отвлекают поисковую команду от Талина, выясняется, что целью является не только корабль, но и отступник Крайс. Побеседовав с глазу на глаз с мамочкой, Айрин убедилась, что пока та жива, она не оставит их в покое и не прекратит поиски.

Что-то не заладилось в исследованиях технологий червоточин и, отчаявшись, Скорпиус помещает нейрочип, извлеченный из головы Крайтона, себе в мозг. Он надеется установить контакт с клоном личности Джона, которая перешла в чип, пока тот был в мозгу Крайтона. Скорпиус показывает клону Крайтона историю своего появления на свет и детства и юности, которые он провёл в руках Скарран, надеясь убедить его декодировать уравнения червоточин. Тем временем, дезертировавшая учёная-миротворец предлагает настоящему Крайтону секрет путешествия через червоточины в обмен на Мойю.

Какая-то таинственной сила затягивает Талина в область, находящуюся в опасной близости от звезды. Одновременно с этим на борту корабля появляются два инопланетных существа: робкая Сирна и её захватчик Ма-Квилис. Крайтон вместе с остальными узнают, что именно Ма-Квилис ответственен за радиационные импульсы, которые заставляют Талина лететь прямо на солнце, и что 83 Левиафана уже нашли свою смерть на этом пути. Старк пытается помочь Сирне, освободить её дух от власти Ма-Квилиса и дать ей перейти в последующую жизнь. Однако, Старк действует на свой страх и риск, и его попытки спасти Сирну подвергают остальных членов экипажа страшной опасности.

Крайтон, Д’Арго, Чиана и Джул весело проводят время на планете наслаждений, отдыхая и расслабляясь. Когда Чиана и Джул исчезают, коварная инопланетянка Рексил предлагает Крайтону и Д’Арго информацию об их местоположении. В награду она надеется на помощь в возвращении своего друга и ведет их к Фе’тору, печально известному изготовителю фреслина. Фреслин — это наркотик, который Фе’тор извлекает из живых существ — своих жертв, таких как Чиана и Джул…

Снова приняв вид отца Крайтона Джека, Древний появляется на Талине и обвиняет Крайтона в передаче технологий червоточин чаридам — порочной расе, вступившей в альянс со скарранами. Крайтон понимает, что ответственность за это несет Ферлоу, механик с Дам-Ба-Да, однажды ремонтировавшая его модуль и проявлявшая неподдельный интерес к технологии червоточин. Перед лицом угрозы приближающегося к Дам-Ба-Да дредноута скарран, Джек должен высвободить знания о технологии червоточин в мозгу Крайтона, чтобы создать уникальное оружие…

После удаления клона Скорпиуса, «Джек», наконец, высвобождает знания о технологии червоточин в мозгу Крайтона, позволяя ему построить Двигатель Перемещения, то самое оружие, которое позволит им уничтожить дредноут скарран. Видя какую ценность представляет это оружие, Ферлоу убивает Джека и пытается сбежать с этим оружием. В погоне за ней Крайтон получает смертельную дозу облучения партаниумом, которые составляет основу топлива для этого двигателя. Понимая, что ему более нечего терять, Крайтон берет на себя запуск оружия, первым испытывая смертельную силу технологии червоточин.

Стычка между Д’Арго и Крайтоном по поводу неисправности нового таинственного корабля Д’Арго заканчивается для Крайтона комой. Неисправность активизирует последовательность по самоуничтожению корабля, угрожая разорвать Мойю на куски. Клон Скорпиуса в мозгу Крайтона пытается убедить Джона, что месть Д’Арго — это единственный способ разрешить конфликт, но Джон предпочитает разрешить его в своей собственной голове, в сражении мультяшных Крайтона и Д’Арго….

Оплакивая Крайтона, Айрин отправляется на планету мистиков и мошенников и вступает в контакт с человеком, который называет себя Талином Лузчаком, её отцом. Талин сводит её с провидцем Кресусом, существом, способным устанавливать связь с мертвым Крайтоном. Тем временем, Старк и Райджел пытаются найти Айрин, но сперва сталкиваются со старым врагом. Это мать Айрин, Кселакс Сун, скрывается на планете вместе со злобными и коварными существами.

Недалеко от места встречи Мойи и Талина, Мойя подбирает сильно поврежденный транспортный модуль со скарранином, хайниркой и небари на борту, все сбежавшие заключенные, а также их заложником миротворцем, что делает более проблематичным столь долгожданное соединение экипажей Мойи и Талина. Когда кто-то ранит скарранина, становится ясно, что на борту находится предатель. А свидетель только один — ещё один член экипажа, существо разорванное на кусочки, но продолжающее жить.

Экипаж Мойи отправляется на борт Командного крейсера Скорпиуса под предлогом, что Крайтон собирается открыть ему тайны технологии червоточин, в действительности же — чтобы навсегда прикрыть этот проект. Заодно экипаж получает с миротворцев интересующие их данные о своих планетах, теперь они могут вернуться. Бывшие миротворцы Айрин и Крайс вынуждены столкнуться со своим прошлым, а Д’Арго, Райджел, Чиана и Джул сталкиваются с неприкрытой враждебностью со стороны команды крейсера. В историю вовлечен и Талин, он доставлен на борт крейсера для обновления личности. В то время как Крайтон ищет пути для саботажа исследования червоточин, он находится под пристальным вниманием Скорпиуса, который готов пойти на крайние меры в случае отказа Крайтона от сотрудничества…

На Командном крейсере Крайтон совершает необыкновенный прорыв в своих исследованиях червоточин, получив доступ к раннее закрытой для него информации. Однако у него появляются сомнения — не отдать ли и в самом деле технологию Скорпиусу (ведь она будет использована для борьбы с ещё более страшным противником — скаранами). Его товарищи не уверены в успехе его плана. Крайс идет к Скорпиусу и раскрывает ему истинные намерения Крайтона: устроить саботаж и уничтожить крейсер. План проваливается, экипаж Мойи немедленно арестовывают, и кажется, что все потеряно. Однако это был двойной ход со стороны Крайса.

Мойя переносит останки Талина в сакральное место погребения Левиафанов. Члены экипажа находятся на распутье, каждый желает идти своим путём. Крайтон мечтает о возвращении на Землю вместе с Айрин, но у Айрин другие планы. На подходе к месту погребения Мойю атакует огромная самка Левиафана. Чтобы спасти свой дом, команда должна снова объединиться, но похоже, что независимо от исхода этой битвы, их судьбы сплелись неразрывно…