Scorpius tiene el chip con la información de los agujeros de gusano, pero no puede salir del planeta sin que Talyn detecte el Merodeador y los destruya. Su nave está lejos y deben pasar desapercibidos hasta que llegue. Grunchlk, pensando en que Scorpius le traicionaría, ha despertado a un Scarran que tenía congelado.

Crichton está destrozado. Ha perdido el habla tras la operación, ha perdido a Sun, y para colmo, a pesar de que el chip ha sido removido, el clon neural de Scorpius ha estado tanto tiempo en su cabeza que de alguna manera ha forjado una unión muy profunda y sigue con vida, atacando a Crichton desde sus pensamientos. Le pide a sus amigos que terminen con su agonía quitándole la vida, pero no todos están dispuestos a hacerlo. Stark le dice que luche contra el clon, que sin el chip es Crichton quien domina su cabeza. Consigue controlarlo y arrinconarlo, mientras que Diagnosan logra devolverle el habla con otra operación.

Zhaan descubre que Sun no está completamente muerta, sino congelada en los últimos segundos de vida, y que uniéndose a su mente podría forzarla a regresar. Stark intenta impedir que realice tal sacrificio, pues el esfuerzo, la transferencia de energía, acabaría con Zhaan. Pero Zhaan lo hace por Crichton.

Scorpius envía el Merodeador solo con el piloto para que Talyn crea que han intentado huir y los destruya. Mientras, Crichton y demás consiguen escapar del Scarran y se largan creyendo que Scorpius ha muerto.

En una estación comercial una especie de tormenta solar provoca una catástrofe. Mientras intentan liberar a Moya y otros supervivientes los protagonistas lidian con sus problemas personales. D’Argo descubre que Chiana se ha liado con su hijo, y Jothee decide marcharse para no empeorar las cosas. Zhaan está moribunda por el esfuerzo de haberle dado la vida a Aeryn.

Mientras buscan un planeta fértil donde intentar sanar a Zhaan, un agujero de gusano aparece ante Moya. De repente, aparece una nave a toda velocidad, colisiona con la Leviatán y, unidas, se ven arrastradas a través del agujero de gusano. La vida de todos, incluida la de Moya, están en peligro. Deben intentar colaborar con los tripulantes de la otra nave para hallar una solución, pero la tarea no será fácil, y al parecer sólo una de las naves podrá sobrevivir.

Moya está moribunda. Los problemas que sufre se agravan. Se descubre que los tripulantes de la otra nave están saboteando la Leviatán para que sea imprescindible huir en su navío. Los compañeros de Moya colaboran como pueden en la caótica situación y llegan a una solución, pero alguien debe sacrificarse para poder llevarla a cabo. A pesar de las reticencias de los demás, Zhaan se ofrece, pues su vida estaba llegando a su fin de todas formas.

Visitando un monumento dedicado a una gran hazaña bélica entre Pacificadores y otras razas se produce una brecha temporal y varios de los protagonistas aparecen justo en los eventos que motivaron que se levantara dicho memorial. Allí intentan arreglar la situación para que la línea temporal no se vea afectada, intentan forzar la tregua que saben que se llevó a cabo y que lo hagan los supuestos héroes que mencionan los libros de historia, pero nada sale como esperan. Finalmente, cuando la cosa está bastante torcida hallan un pequeño resquicio de esperanza, se agarran él y vuelven al futuro creyendo que el cauce de acontecimientos se arreglará por su cuenta. Pero no es así, y muchos inocentes han perdido su vida.

Buscando suministros acaban en una Leviatán moribunda que era empleada como prisión para dementes. A bordo hay un loco que duplica a los supervivientes para usarlos como alimento. Cuando consiguen escapar de sus garras, los tripulantes de Moya se encuentran con que ahora tienen dos Crichton a bordo.

Escondidos en la atmófera de un planeta, Moya y sus tripulantes intentan reparar los daños que un escuadrón Pacificador ha infligido en Talyn. Mientras, deben lidiar con los políticos del planeta y con los dos Crichton.

Para huir y esconderse con mayor facilidad se separan en dos grupos, uno va con Talyn y otro con Moya, y en cada nave viaja uno de los Crichton.

Crais revela que el comando Pacificador enviado para capturara a Talyn y los fugados está dirigido por Xhalax Xun, la madre de Aeryn.

Talyn, con Crais, Areyn, Stark, Rygel y uno de los Crichton, es engullido por un budong, el famoso monstruo espacial gigante. Mientras los protagonistas confrontan sus problemas personales y los problemas que causa el asustado e incontrolable Talyn, deben tratar de escapar de las entrañas del monstruo.

Unos alienígenas constituidos por energía asaltan Moya y se introducen en el cuerpo de alguien. Intentan hallarlo mientras otro de la misma raza trata de hacer lo mismo pero de manera violenta.

Scorpius sigue vivo. Está en su enorme nave introduciendo su mente en el chip neuronal extraído del cerebro de Crichton para sacar los datos de los agujeros de gusano, pero se encuentra con un resquicio de la personalidad del humano y debe luchar contra él. Scorpius tiene prisa por hallar la tecnología, pues se prevé una guerra entre los Pacificadores y los temibles Scarran.

Talyn se esconde en un planeta con mucha vegetación para intentar recuperarse de sus constantes problemas. Mientras, Aeryn, Sun y Crais investigan los alrededores por si el escuadrón Pacificador aparece. Lo hace, y Aeryn debe enfrentarse a su madre. A pesar de que fue concebida en el amor, no según las normas de procreación, no es la mujer que recuerda, pues fue torturada hasta acabar convertida de nuevo en una cruel Pacificadora. No les queda más remedio que acabar con ella.

Scorpius intenta convencer al clon de Crichton que hay en el chip para que le permita acceder a los datos que necesita. Para ello le cuenta la historia de su vida, cómo su madre fue violada por un Scarran y cómo fue criado bajo estricta supervisión en una nave militar de esa terrorífica raza. Cuando fue creciendo consiguió escaparse con la determinación de unirse a la otra gran potencia de la galaxia, los Pacificadores, y desde ahí orquestar su venganza.

Una miembro del proyecto se escapa y da con Moya. Alerta a los famosos fugitivos de los planes de Scorpius, pero ella misma es la prueba de que el enemigo aún no domina los efectos secundarios: sus tejidos se deterioran por la exposición a los agujeros de gusano y pronto fallece.

Talyn se ve atraído hacia una estrella-sirena. La tripulación lucha contra los problemas técnicos de la nave y la voluntad del chiquillo. Aeryn y Crichton intiman y consuman su relación.

El Crichton que va en Moya, Jool, D’Argo y Chiana se ven envueltos en un jaleo de drogas, engaños y secuestros.

Furlow sólo trata de sacar tajada, y ahora resulta que quiere vender lo que tiene a los Scarran. Un acorazado se acerca al planeta y Crichton y el Anciano colaboran para crear un dispositivo que lo destruya con todos los datos que tengan.

Consiguen su propósito, pero la radiación ha afectado a este Crichton y su muerte no se hace esperar. Aeryn, que por fin había dado el paso de mantener una relación sentimental sin conflictos, está destrozada.

En Moya el otro Crichton y D’Argon se pelean constantemente. En un accidente Crichton cae inconsciente y en su mente lucha contra el luxano en forma de dibujos animados.

D’Argo intenta aprender el manejo de la nave que encontraron (Soles y amantes). Descubr que es luxana y responde a su ADN y a una versión algo antigua de su idioma.

Aeryn se aisla en un planeta de pirados y videntes para buscar soledad y consuelo en las falsas esperanzas que le ofrecen. Los demás intentan sacarla de ahí mientras ella lucha contra sus fantasmas personales (su padre, su madre, su relación con el humano…). Stark parte en una búsqueda personal.

Moya y Talyn se reencuentran, y las tripulaciones vuelven a unirse. Se topan con otros presos fugados y les dan cobijo temporalmente, pero uno de ellos resulta ser un traidor.

Crichton decide que los agujeros de gusano son demasiado peligrosos para que alguien como Scorpius los use como arma, así que decide ir en su busca para destruir el proyecto de cualquier manera.

D’Argo y Rygel se citan con Scorpius para negociar la entrega de Crichton. Afirman que el humano quiere colaborar con él a cambio de amnistía total para todos los fugados. El local donde se reúnen es atracado por un par de idiotas y la situación se complica momentáneamente, pero al final han pactado su viaje a la nave de Scorpius.

En el Transporte de Tropas de Scorpius los Pacificadores no ven con buenos ojos la presencia de fugados (D’Argo, Chiana, Rygel) y desertores (Aeryn, Crais), por lo que se producen atentados varios. Scorpius trata de poner paz mientras Crichton trabaja en los agujeros de gusano con intención de sabotear el proyecto.

Talyn está incontrolable, ataca incluso a Moya. El consenso es desconectar sus funciones y retirarle las armas, además de realizar una modificación de conducta para que sea menos hostil e irracional. Para hacerlo necesitan la ayuda de los Pacificadores.

Las cosas se han torcido mucho, de hecho un alto Comandante Pacificador ha aparecido minando la autoridad de Scorpius y poniendo en mayor peligro a Crichton, y el único plan que los chicos de Moya ven plausible es destruir la nave de Scorpius entera. Pero nadie quiere asesinar a cincuenta mil tropas inocentes, así que necesitan algo que les dé tiempo a evacuar el navío. Crais se ofrece para usar a Talyn, que estaba completamente fuera de control y se encuentra en el hangar, desconectado para sustraerle las armas. El plan de Crais es realizar un estallido dentro del hangar, con lo que la nave de Scorpius será destruida colapsándose poco a poco sobre el punto de salto.

Crais y Talyn mueren heróicamente, los demás huyen de la nave aprovechando el caos.

Viendo que ya nadie les persigue, los tripulantes de Moya se plantean seriamente el regreso a sus planetas. Crichton y Aeryn no se ponen de acuerdo con respecto a sus sentimientos: Crichton cree que ella no encajaría en la Tierra, y ella no sabe lidiar con sus emociones, sobre todo después de perder al Crichton con el que intimó. Durante esta indecisión, por accidente Crichton se queda solo en su módulo, abandonado en el espacio cuando Moya es repentinamente succionada por un inesperado agujero de gusano.