Sun consigue rescatar a D’Argo y Crichton, pero debe hacer un pacto con Crais para poder ponerlos a salvo en una mina abandonada en un asteroide, donde se esconden de Scorpius mientras éste prosigue la búsqueda por la zona. A cambio, Sun se ve forzada a ayudar a Crais con Talyn, a suavizar al inquieto crío y facilitar el contacto entre él y Crais.

Moya se empeña en volver para buscar a su hijo, poniendo en peligro la vida de todos. Crichton y demás aprovechan para volver a bordo, pero cuando Scorpius aparece Talyn exige a Moya un capitán que le dirija: Crais. La única posibilidad para la salvación de todos es permitir que Crais tome el mando de la pequeña nave. Talyn le ofrece un control total, una conexión plena con sus sistemas, y a continuación producen una explosión estelar y huye por un camino distinto al de Moya.

D’Argo se encuentra con una anciana muy reverenciada en su cultura y se somete compleamente a ella. Esta mujer realiza un ritual de rejuvenecimiento, pero sin darse cuenta toma la energía de Moya en vez de la de D’Argo y está a punto de acabar con la nave.

Gracias a un implante que lleva, Chiana descubre que su hermano ha muerto y huye de Moya. Se une a un grupo de adolescentes que malviven en un planeta cementerio, y los intentos de D’Argo y Crichton por hacer que vuelva no son suficientes.

La tripulación permite la presencia de un alienígena que promete mejoras tecnológicas para Moya. Mientras llegan a destino deben pasar por una agrupación de estrellas, pero estas provocan un periodo de locura en los protagonistas. Pronto empiezan a intentar matarse por minucias como las provisiones de galletas. Crichton intenta poner orden entre tanta locura para echar al nuevo inquilino y cambiar de rumbo.

Un video oculto en los datos de Moya es hallado. En él se ve a Sun cuando todavía era Pacificadora, antes de ser piloto de cazas, colaborando para eliminar al piloto original de la nave y sustituirlo por otro más colaborador con los Pacificadores, el piloto actual. Sus compañeros exigen explicaciones y debe contar toda la historia, que incluye su relación amorosa con un Pacificador y sus estratagemas para ascender.

Chiana adquiere un cuadro que parece predecir el futuro, pero solo las muertes de los tripulantes de Moya. Zhaan descubre que es el mago Maltis intentando volver al plano real y vengarse de los que le eliminaron y debe luchar contra él.

En busca de alimentos Moya arriba a un asteroide que ha recomendado Chiana. En realidad es una gigantesca criatura muerta donde hay una mina y donde ella estuvo viviendo durante algunos años. La mina está cerrada por el ataque de una criatura muy peligrosa y al no haber trabajo no pueden conseguir comida, así que buscan otras estrategias, pero finalmente deben arriesgarse a entrar. D’Argo trata de que Chiana se interese por él, pero no será tarea fácil.

Zhaan recuerda el horrible juicio al que fue sometida hace un tiempo, cuando buscaban a Crichton, D’Argo y Sun después de destruir la base de Scorpius. Rygel y Chiana tuvieron que lidiar contra toda una comunidad de abogados para intentar evitar la pena de muerte, mientras Piloto intentaba que Moya no les dejase tirados para ir a buscar a su hijo.

Un malfucionamiento de la pantalla de defensa provoca un intercambio de cuerpos entre los tripulantes de Moya. Mientras intentan acostumbrarse a sus nuevas formas deben lidiar con una nave hostil y hallar la forma de volver a sus propios cuerpos.

Una extraña esfera de energía aborda Moya y atrapa a Crichton. Seguidamente escupe tres Crichton distintos: el original, una versión que representa un modelo muy antiguo de la evolución humana (casi simio) y un posible modelo del futuro de la raza, un ser muy inteligente. La esfera es un peligro para Moya y exige que se le devuelva uno de los ejemplares para completar su estudio y poder irse, así que se plante el dilema de quién es más prescindible de los tres Crichton.

Durante la estancia en un planeta de sebáceos que hace siglos se separaron de los Pacificadores, los compañeros se ven involucrados en una trama de política y espionaje donde los miembros de la familia real intentan hacerse con el poder. Con ayuda de un Scarran, uno de los príncipes ha conseguido que ningún habitante de planeta sea compatible con la princesa para generar hijos, así que él heredaría el trono. Sin embargo, Crichton resulta ser compatible y es empujado a comprometerse con ella. No desea hacerlo, pero Scorpius, en su persecución, ha llegado al planeta, y será entregado a él si no accede a la boda.

Mientras, D’Argo y Chiana disfrutan de su relación y Aeryn no sabe cómo enfrentarse a sus sentimientos hacia Crichton, pero también rechaza sistemáticamente todos los intentos que hacen los lugareños por ligar con ella.

Crichton es objetivo primordial a eliminar en la carrera por el trono, y la seguridad que le han puesto no parece efectiva. Rygel tiene la idea de ocultarlo en una nave en órbita hasta la boda, pero el plan sale mal y Crichton acaba en manos de Braca, la mano derecha de Scorpius. Viendo que su fin está cerca, enloquece y consigue que los satélites de seguridad ataquen la nave. Consigue huir de pura suerte y sobrevive hasta la boda.

Moya se ve atraida por una señal que dice ser su creador. Éste afirma que Moya ha parido un arma de destrucción y le obliga a apagarse y morir. Zhaan intenta desesperadamente evitarlo.

Aeryn no sabe si luchar para recuperar a Crichton o dejarle en paz, hasta que éste le dice que proseguirá con la boda porque las otras opciones que le quedan son peores.

Crichton está casado y convertido en estatua, pero el Scarran, cabreado, le corta la cabeza. Todos la buscan desesperadamente, pero es Scorpius quien la encuentra. Sin embargo, la prometida del príncipe conspirador es una Pacificadora infiltrada para espiar en el planeta y cree que Crichton también lo es, así que le salva, le vuelve a unir la cabeza a su cuerpo y lo devuelve a forma humana . A cambio tiene que ayudarla a evitar que su prometido acceda al trono y establezca una alianza con los Scarran.

El Scarran secuestra a Chiana para torturarla y averiguar dónde está Crichton. En el enfrentamiento final, D’Argo y Crichton luchan contra el Scarran y Scorpius. Consiguen rescatar a Chiana y Crichton tiene a Scorpius a su merced… pero algo en su interior le impide acabar con su vida.

El complot se ha descubierto, los enemigos han sido destruidos. Solo queda volver proseguir con el matrimonio y el gobierno convirtiendo a Crichton en estatua, pero su biología no es sebácea y no sobreviviría a otra conversión, así que propone otra solución: el pueblo no le conoce y su esposa está ya embarazada por inseminación artificial, así que pueden convertir en estatua al verdadero amor de la Princesa y guardar el secreto.

Ante el temor de que las provisiones de comida que han comprado tengan parásitos se hacen también con una criatura que supuestamente los eliminará. La situación se complica cuando parece haber otra criatura a bordo, mientras que la primera no parece servir de nada.

Crichton tiene visiones de Scorpius y sus compañeros creen que está perdiendo el juicio.

Crichton despierta en un hospital de la Tierra. Le informan de que el experimento falló y se ha estrellado. Sin embargo, Crichton no olvida el tiempo que ha pasado en Moya y supone que lo que está ocurriendo es un engaño inducido por alienígenas. Pronto halla pruebas de ello, pero no sabe cómo salir de la situación, porque de vez en cuando todo vuelve a empezar.

Scorpius aparece en su mente afirmando que un Scarran le mantiene prisionero en una especie de realidad virtual donde pretende quebrar su mente para sacarle la información sobre los agujeros de gusano. Scorpius, o mejor dicho, un clon mental suyo anidado en un chip en la cabeza de Crichton puesto ahí cuando fue torturado en la silla Aurora, ayuda a Crichton a sobrevivir.

Crais pide ayuda a los tripulantes de Moya para quitar el peligroso cañón del agresivo Talyn. Cuando se acerca la nave alienígena que va a proveer un arma menos dañina, el cañón dispara y la destruye. Crais echa a los que habían subido a bordo para poder huir, y mientras estos intentan llegar a Moya otra nave de esa raza los atrapa y son sometidos a un juicio. Cada uno da su versión, pero cuando es evidente que pretenden culpar a alguien a toda costa Stark se ofrece como chivo expiatorio. Afirma que, al ser de energía, podría volver a unir su cuerpo.

Dos nebari de los muchos que buscan a Chiana dan con ella. Con drogas inducen un lavado de cerebro temporal en sus amigos mientras intentan que ella les indique el paradero de su hermano, que fingió su muerte y ahora forma parte de una resistencia contra los planes del gobierno Nebari: esparcir un virus para conquistar la Galaxia.

El clon de Sorpius en la mente de Crichton vuelve a protegerle, impidiendo que el lavado de cerebro sea efectivo. Rygel, debido a su metabolismo tan rápido, se ve librado pronto de los efectos de la droga. Entre ellos y Piloto intentan arreglar la situación.

Stark ha conseguido volver a unir su cuerpo, y antes de volver a Moya ha trazado un plan para atracar un banco/depósito habitualmente empleado por delincuentes para conseguir con qué pagar el lote de esclavos donde se encuentra el hijo de D’Argo.

El plan se va al traste cuando Scorpius aparece en el lugar y descubre a Crichton. El humano debe entonces enfrentarse a Scorpius, pero también a su clon mental, que cada vez está más metido en su cabeza.

D’Argo intenta comprar el paquete de esclavos donde se encuentra su hijo, pero de alguna forma Scorpius ha descubierto su objetivo y se ha adelantado. Exige que se le entregue a Crichton o Ka Jothee, el hijo de Ka D’Argo, será ejecutado.

El dinero robado en realidad son unas criaturas que se alimentan de metal; fueron puestas en el contenedor como trampa de Natira, la dueña del banco, para Scorpius, y por desgracia ahora devoran a Moya rápidamente. La única solución que Zhaan encuentra es terrible: quemar las zonas afectadas de la nave.

Un nuevo plan se pone en marcha: reunir ayuda de personas que han ido encontrando por los Territorios Inexplorados y atacar a Scorpius en el depósito. Pero Crichton, viendo que Scorpius tiene finalmente a Jothee, decide entregarse.

Scorpius comprueba si el chip con el clon neural ha adquirido la información sobre agujeros de gusano.

Con ayuda de los mercenarios, piratas y demás, asaltan el depósito para rescatar a Crichton e intentar acabar con Scorpius. La batalla es cruenta y si no llega a ser por la aparición de Talyn en el último momento no habrían sobrevivido.

Scorpius no ha conseguido llevarse la información que tanto ansía, pero el clon está muy arraigado en la mentre de Crichton y el humano está completamente enloquecido. Sin embargo, ha descubierto que podría quitarse el implante sin acabar con su vida.

Los chicos de Moya han buscado un curandero de especies de bastante fama para ver si puede sanar a la nave y remover el chip de Crichton. Lo primero se lleva a cabo, aunque será una recuperación lenta, pero la operación de Crichton es muy compleja y podría no salir bien.

Crichton, dominado completamente por el clon de Scorpius, siembra el caos entre sus amigos y, lo peor, trata de enviar una señal para que Scorpius venga a por él. Cuando Aeryn sale a perseguirle con su merodeador Crichton consigue derribarla con un golpe de su nave y Sun cae en un lago helado, hundiéndose en el agua. Una vez recuperado el cuerpo, le dedican un sentido funeral.

El habilidoso Diagnosan trata de eliminar la maldición de Crichton, pero el chip está tan arraigado que podría dejar secuelas como la pérdida del habla. En plena operación aparece Scorpius, que ha descendido al planeta sin ser visto y llega en el momento justo para llevarse el chip. Decide dejar a Crichton con su mísera vida para que la sed de venganza le torture aún más.