Pendant une mission expérimentale, le vaisseau du commandant John Crichton, un astronaute, est projeté à travers le temps et l'espace. John est catapulté dans un au beau milieu d'une bataille spatiale, où son vaisseau détruit celui d'un alien attaquant...

Alors que l'équipage de Moya tente de se cacher derrière un nuage d'astéroïdes pour échapper à une patrouille de Pacificateurs, des cafards géants envahissent le vaisseau. Ces cafards ont le pouvoir de reproduire d'autres formes de vie, et Moya se trouve rapidement énormément peuplée...

Moya arrive près d'un vaisseau qui est en danger. D'argo et Crichton sauvent les deux survivants, deux scientifiques ilanics, une race proche de celle des Luxans, et les ramènent à bord de Moya...

Rygel « emprunte » un cristal indispensable à Moya, et l'utilise afin d'impressionner les Tavleks dont le vrai business est le kidnapping de personnes très riches. Les autres sont pris par surprise lorsque Rygel est enlevé par les Tavleks. Ces derniers utilisent des drogues très puissantes pour empêcher qui que ce soit de les arrêter...

Ka D'Argo est en colère contre Crichton. Afin de se calmer, il part sur une planète nommée Sykar. Quand l'équipage de Moya part à sa recherche, D'Argo complètement changé : content de revoir Crichton et intégré au peuple de la planète...

Son système endommagé, Moya doit se poser sur une planète inconnue. Engluée dans un lac, Crichton, Ka D'Argo et Aeryn vont explorer la planète à la recherche de ressources pour Moya. Bien que les habitants de cette planète ressemblent étrangement aux humains, Crichton se rend rapidement compte qu'ici, c'est lui l'alien...

Maldis, un sorcier démoniaque, joue un tour à Crichton et Crais et les force à engager un duel à mort. Afin de sauver Crichton, Zhaan se voit contrainte de réveiller le côté sombre qui est en elle...

Le généticien Nam Tar offre à l'équipage de Moya des cartes pour localiser leurs planètes d'origine, en échange d'un membre de Pilote. D'Argo, Zhaan et Rygel n'hésitent pas à mutiler leur compagnon, mais ils se rendent rapidement compte qu'ils ne peuvent extraire qu'une seule carte des données de Nam Tar...

Lors d'un examen de maintenance sur Moya, D'Argo tombe par inadvertance dans un tunnel et provoque une explosion. Après son sauvetage, il s'aperçoit que sa mémoire lui revient, et que la vérité sur son passé refait surface...

Embarqués à bord du module de Crichton ce dernier, accompagné d'Aeryn, doit se poser sur une planète pour effectuer des réparations. Mais des chasseurs de prime s'y trouvent aussi, à la recherche de l'équipage de Moya...

Crichton et Aeryn sont pris dans un champ magnétique appelé « Flax » contrôlé en réalité par des pirates Zenetans. Un étranger dénommé Staanz vient à leur secours...

Une secte Delvienne tend un piège au Moya et attire l'équipage sur sa planète. Les adeptes espèrent ainsi, grâce aux pouvoirs de Zhaan, sauver Tahleen, la leader de leur groupe, avant que la folie ne l'emporte...

Crichton est abandonné accidentellement sur la planète Acquara, un petit paradis similaire à la Terre où cohabitent les membres d'une tribu pacifique. Les mois s'écoulent paisiblement jusqu'à ce que Crichton devienne le rival de Rokon, pour l'amour d'une femme...

Un vaisseau pacificateur demande l'autorisation d'atterrir sur Moya pour réparer un problème technique. Parmi l'équipage Rygel reconnaît son ancien tortionnaire : Durka, celui-ci semble complètement inoffensif mais Rygel reste sur ses gardes...

Moya s'arrête devant un vortex à travers lequel on peut apercevoir la Terre. Pilote prévient John qu'il se désagrège rapidement et que la seule chance de retrouver son monde est de partir immédiatement...

Moya interprète mal une conversation de l'équipage et décide de passer à la vitesse supérieure malgré sa faiblesse. Un incident survient, provoquant la disparition de Rygel, d'Argo et Aeryn...

Un vaisseau de Pacificateurs est contraint de se poser à bord du Moya. Ils sont en mission et doivent transporter un mystérieux caisson. Rygel et Chiana décident de découvrir son contenu...

Aeryn est blessée et si elle ne se fait pas greffer un nerf elle risque de mourir. John décide d'aller sur la base secrète des pacificateurs pour trouver un donneur...

Crichton est toujours retenu prisonnier par des Pacificateurs. Aeryn, tout juste remise de son opération, décide d'aller le sauver. D'Argo et Zhaan se joignent à elle...

Afin d'éviter d'être détectée par le vaisseau de Crais, Moya a coupé ses moteurs au beau milieu d'un champs d'astéroïdes, ce qui l'empêche de naviguer. Un message de détresse lui parvient, et toute l'équipe risque sa vie pour sauver une jeune fille mnacée par une créature effrayante...

Alors que l'équipe met au point un plan pour distraire Scorpius, toujours à la poursuite de Crichton, Rygel et le capitaine Crais révèlent une autre facette de leur personnalité...