El Comandante John Crichton se dispone a probar un nuevo diseño de lanzadera espacial cuando una anomalía de origen desconocido le arrastra lejos de la Tierra para aparecer en medio de una batalla entre naves alienígenas. Allí se ve forzado a unirse a una tripulación de presos en fuga en su propia nave prisión, que para colmo es un ser vivo.

Por culpa de un artefacto Pacificador Moya empieza a emitir una señal de localización. Para amortiguarla mientras la eliminan intentan una maniobra muy arriesgada: aterrizar en un planeta desconocido.

Rygel es secuestrado por una banda de mercenarios. El problema radica en que se ha llevado consigo una pieza sin la que Moya no puede maniobrar, así que la tripulación, muy a su pesar, debe intentar rescatarlo.

Tras el rescate de una nave de salvamento Crichton empieza a tener extrañas visiones que parecen ser el futuro. Mientras, la tensión crece tras el rescate de los supervivientes.

D’Argo decide quedarse en un planeta, pero a Crichton no le parece que esté en sus cabales. Zhaan se une a D’Argo y también se comporta de manera extraña, así que decide ir rescatarlos. Sun y Rygel deben hacer frente a una enfermedad que padece el segundo.

En su viaje por los Territorios Inexplorados Moya encuentra una nave Comando Pacificadora abandonada. Rygel la reconoce como la Celbinion, una reliquia de gran importancia histórica, donde fue torturado durante años. Mientras la investigan se topan con una Pacificadora en su interior y aparece una peligrosa raza que quiere tomar partido del saqueo.

En la visita a un planeta un mago atrapa a Crichton y mediante sus poderes lo enfrenta en ilusiones al Capitán Crais. Los demás deben averiguar los motivos de dicho secuestro y la forma de recuperar a Crichton.

Un científico da la posibilidad de hallar los hogares de algunos de los tripulantes de Moya, así que estos se enzarzan en una lucha por conseguir resultados y poner rumbo a su planeta antes que al de los demás. Sun sufre efectos inesperados en las pruebas de ADN para identificar las especies.

D’Argo sufre un accidente y comienza a tener alucinaciones donde recuerda cosas de su pasado: su relación amorosa con una Pacificadora, los crímenes que se le imputan (su asesinato), su hijo desaparecido… Moya actúa de forma muy extraña, volviéndose incluso contra la tripulación. Al final descubren que un proyecto secreto Pacificador que estaba bloqueado ha sido desbloqueado por accidente, y Moya, que es una nave viva, ha quedado embarazada.

En una parada en un planeta para estudiar agujeros de gusano, Sun y Crichton descubren que hay órdenes de búsqueda contra los tripulantes de Moya que atraen a cazarrecompensas.

Un grupo de la raza de Zhaan atrae a Moya hacia el planeta donde se encuentran. Pronto se descubre que las intenciones de algunos no son amistosas, y además se da a conocer el oscuro pasado de Zhaan.

Aeryn y Crichton quedan atrapados en una trampa mientras los demás deben lidiar con los piratas que la han preparado.

Crichton se queda abandonado durante varios meses en un planeta con unos colonos. Cuando los compañeros de Moya consiguen encontrarle la paz se rompe.

Tras un accidente Moya recoge a unos supervivientes entre los que está el mítico Durka, aquél que torturo a Rygel durante mucho tiempo, además de una prisionera de raza Nebari. A pesar de que Durka parece transformado Rygel intenta acabar con su vida… y en el proceso despierta de nuevo al terrible Pacificador.

Ante Moya se abre un agujero de gusano desde donde se vislumbra la Tierra. Crichton se lanza a través de él, pero el recibimiento en su supuesto hogar no es el esperado.

La realidad en Moya se ve truncada, dividida en tres, y algunas no son agradables para todas las especies. Crichton corre de una a otra realidad intentando arreglar el asunto, pero además hay una criatura peligrosa acechando.

Deben dejar subir a bordo a unos Pacificadores que van en misión secreta. Cuando el secreto de los mismos se escapa, una criatura va poseyendo a los tripulantes de Moya.

Crichton se ve obligado a infiltrarse en una base militar secreta de los Pacificadores para buscar medicinas para Aeryn Sun. Allí, el terrorífico líder llamado Scorpius sospecha de él y le hace preso. Durante la tortura a la que le somete, Scorpius halla en la mente de Crichton valiosa información sobre los agujeros de gusano; averiguar más se convierte en su objetivo principal.

La tripulación de Moya intenta rescatar a Crichton. Gelina y un preso llamado Stark también intentan ayudar. Crais aparece en busca de Crichton, pero Scorpius no pretende ceder a su valiosa presa. Mientras, Moya da a luz un bebé leviatán… pero es producto de un experimento Pacificador: está fuertemente armado.

Moya se oculta en un campo de asteroides. En uno de ellos hay un jardín botánico donde se encuentran con una peligrosa criatura. Scorpius mina la autoridad de Crais para tomar el mando de su nave y usarla en la persecución de Crichton. Mientras, el bebé de Moya resulta otro problema más, pues está asustado y se rebela contra su madre y quienes intentan entablar contacto con él.

Rygel desespera ante la persecución a la que son sometidos y huye hacia los Pacificadores para intentar hacer un trato con Scorpius. Sorprendentemente, regresa con un desgraciado Crais, quien ahora se ve forzado a huir también de su propio gobierno. Crichton urde un plan para destruir la base Pacificadora. Crais logra hacerse con el control de Talyn, el bebé de Moya.