自从得知霸天虎不是近来连串攻击时间的主谋后，汽车人决心要找出个究竟来。咨询过母体电脑以后，补天士得出了一个惊人的结论：这很可能是所有变形金刚的末日。

The Autobots make it out of Charr, but Rodimus is down and looks out. In reality, he has made a trip to the Matrix and learns the Quintessons are behind the kidnapping. After Rodimus is revived, a rescue mission is soon underway. Also, Scourge and Cyclonus finally track down a battle hungry Galvatron.

Arcee et Springer volent au secours de Rodimus et de Grimlock restés sur Charr, mais Rodimus apparaît mort. En réalité, son inconscient voyage dans la Matrice où il découvre que les Quintessons sont les véritables ravisseurs. Il se réveille et prépare une expédition sur Quintessa. Pendant ce temps, Scourge et Cyclonus retrouvent Galvatron, parfaitement régénéré et prêt à reprendre le combat contre les Autobots. Les Quintessons sont sur le point de donner Kup, Spike et Ultra Magnus en pâture aux Sharkticans pour un crime toujours inconnu mais les autres Autobots arrivent et les tirent de ce mauvais pas. Les Quintessons décident alors de détruire Quintessa si cela peut éliminer les Autobots.